Проточная ячейка – ключевой компонент и основной расходный материал, необходимый для работы нанопопровых секвенаторов Oxford Nanopore Technologies.
Ячейки R9.4.1 и R9.5.1, представленные в данном разделе каталога, совместимы с секвенаторами MinION и GridION и предназначены для 1D и 1D2 секвенирования соответственно.
Характеристика | Значение |
Максимальное количество пор | 2 048 шт. |
Количество электронных каналов контроля пор | 512 шт. |
Среднее количество пор (на момент первого запуска) | 1 000-1 500 шт. |
Производительность (зависит от протокола) | до 30 млрд. нуклеотидов |
Совместимость с приборами | MinION, GridION X5 |
Объем наносимой библиотеки | 75 мкл |
Общий срок годности при соблюдении условий хранения (до запуска) | 3 месяца |
Общее время работы при соблюдении условий хранения и промывки | до 96 часов |
Температура хранения | +4°C |
Перед проведением эксперимента необходимо с помощью программного обеспечения провести проверку количества пор на ячейке (Flow Cell QC). Это не требует внесения каких-либо реагентов и не влияет на общий срок годности ячейки.
Количество данных секвенирования, получаемых с помощью одной ячейки, зависит от типа эксперимента, количества рабочих пор в момент запуска, количества библиотеки и длины фрагментов нуклеиновых кислот.
Каждая проточная ячейка состоит из двух систем: проточной и детектирующей.
Проточная система предназначена для внесения в ячейку буферных растворов для прайминга (промывки ячейки и активации пор) и библиотек, а также удаления отходов.
Основные элементы проточной системы:
Детектирующая система представлена двумя основными компонентами: сенсорной матрицей и интегральной микросхемой (ASIC).
Сенсорная матрица, в свою очередь, состоит из мембраны с отверстиями, с одной стороны которых закреплены нанопоры, а с другой – платиновые электроды.
Нанопора ячейки R9 представляет собой модифицированную молекулу липопротеина CsgG E.coli, способную пропускать через себя молекулы нуклеиновых кислот. Отверстия мембраны устроены таким образом, чтобы надежно удерживать 9 субъединиц этой белковой структуры.
При изготовлении ячейки нанопоры вносят в камеру для образца в виде суспензии и закрепляют на сенсорной мембране путем подачи напряжения. Уровень напряжения подобран таким образом, чтобы итоговое количество нанопор в каждой ячейке составляло 2 048 штук (теоретический максимум).
Количество электродов в сенсорной матрице также равняется 2 048. И в идеальном случае одному электроду соответствует одна рабочая нанопора.
Каждые 4 электрода объединены в один электронный канал для контроля напряжения и детекции ионного тока на каждой из 4-х соответствующих нанопор. Таким образом, общее количество электронных каналов (и групп нанопор) в проточной составляет 512 штук.
Нанопоры в группе расположены в определенном порядке и позициях (Mux 1, Mux 2, Mux 3 и Mux 4). В любой момент времени секвенирование происходит только на одной поре из четырех. Внутри одного канала поры используются по очереди.
Закрепленная под сенсорной матрицей интегральная микросхема ASIC предназначена для усиления и передачи сигнала от электронных каналов к управляющей станции, а также контроля параметров детекции в соответствии с командами, поступающими от программного обеспечения.
Присоединяйтесь к нам в Telegram!
Акции
Обзоры
Особенности выделения ДНК под разные платформы секвенирования
Мы в соцсетях