Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

Нанопоровый секвенатор GridION

GridION – нанопоровый секвенатор производства компании Oxford Nanopore Technologies с максимальной производительностью до 150 млрд. нуклеотидов за один запуск и без ограничений по длине прочтений!

Брошюра ↓

Нанопоровый секвенатор GridION

Главные преимущества GridION

  • Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов,
  • Одновременный и независимый процессинг от 1 до 5 проточных ячеек,
  • На разных ячейках можно секвенировать образцы, подготовленные по разным протоколам,
  • Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации,
  • Длинные прочтения без ограничения по длине,
  • Низкая стоимость прочтения одного нуклеотида,
  • Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени,
  • Небольшие размеры и вес прибора (36 х 36 х 20 cм, 11 кг),
  • Для работы не требуется внешней управляющей станции – она уже встроена в прибор,
  • Программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных установлено в приборе,
  • Встроенная управляющая станция обрабатывает данные в десятки раз быстрее, чем станционарный компьютер или ноутбук,
  • Возможность остановки запуска в любой момент времени,
  • Прибор не требует специального источника бесперебойного питания.

Запросить цену→

Видеообзор нанопорового секвенатора GridION

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом и основным расходным материалом нанопровых секвенаторов является проточная ячейка (обозначены на рисунке ниже X1, X2, X3, X4 и X5).

Пять проточных ячеек, установленных в нанопоровый секвенатор GridION

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Принцип нанопорового секвенирование

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Принцип нанопорового секвенирование

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

Первичные данные нанопопрового секвенирования

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Видеообзор принципа нанопопрового секвенирования

Управление GridION

В отличие от младшей модели нанопоровых секвенаторов MinION, в корпус GridION уже встроены все компоненты, необходимые для управления секвенированием и обработки данных:

  1. SSD-диск: 4 Тб,
  2. Оперативная память: 64 Гб,
  3. Центральный процессор последнего поколения,
  4. Ускорители на основе графического процессора (видеокарта Nvidia GV100, 100 Тфлопс),
  5. ОС Linux,
  6. Программное обеспечение для секвенирования и обработки данных.

Дополнительно к прибору требуется подключить только периферические устройства: монитор, мышь и клавиатуру.

Программное обеспечение

Программное обеспечение, необходимое для первичной и вторичной обработки данных (GridION Software и EPI2ME) уже установлено на приборе. Оно работает на ресурсах графического процессора, что позволяет в десятки раз ускорить сбор данных и бейсколлинг в реальном времени (по сравнению, например, с программой MinKNOW для MinION, работающей на ресурсах центрального процессора).

Интерфейс ПО, установленного на GridION, идентичен интерфейсу программ, используемым с другими секвенаторами Oxford Nanopore Technologies.

Области применения GridION

  • Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
  • Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
  • Детекция хромосомных аберраций,
  • Исследование альтернативного сплайсинга,
  • Определение копийности определенных последовательностей,
  • Анализ экспрессии генов,
  • Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
  • Детекция модифицированных нуклеотидов,
  • Анализ профиля метилирования и др.

Запросить цену→

Другие секвенаторы Oxford Nanopore Technologies


С этим товаром покупают

Артикул Название товара Цена*
EXP-PBC096 Набор для мультиплексирования "PCR Barcoding Expansion 1-96" (10 реакций) по запросу
SQK-RBK004 Набор реагентов для мультиплексирования "Rapid Barcoding Kit" (6 реакций для мультиплексирования 12 образцов) по запросу
SQK-16S024 Набор реагентов для анализа бактериального метагенома "16S Barcoding Kit 1-24" (6 реакций) по запросу
EXP-NBD114 Набор для PCR-free мультиплексирования "Native Barcoding Expansion 13-24" (6 реакций) по запросу
EXP-NBD104 Набор для PCR-free мультиплексирования "Native Barcoding Expansion 1-12" (6 реакций) по запросу
SQK-PCS109 Набор реагентов для синтеза кДНК "PCR-cDNA Sequencing Kit" (6 реакций) по запросу
SQK-DCS109 Набор реагентов для подготовки библиотек кДНК "Direct cDNA Sequencing Kit" (6 реакций) по запросу
SQK-LSK109 Набор реагентов для подготовки образцов "Ligation Sequencing kit 1D" (6 реакций) по запросу
FLO-MIN106D Проточная ячейка для нанопорового секвенирования R9.4.1 (1 шт.) по запросу
T3010 L Набор Monarch® для выделения геномной ДНК (150 выделений) по запросу
E7180 S Модуль NEBNext® для подготовки библиотек Oxford Nanopore Technologies® (24 реакции) по запросу
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.
© 2012-2023 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
$HTTP_RAW_POST_DATA