Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
8 (800) 333-12-26 info@skygen.com
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК

Нанопоровый секвенатор GridION

GridION – нанопоровый секвенатор производства компании Oxford Nanopore Technologies с максимальной производительностью до 150 млрд. нуклеотидов за один запуск и без ограничений по длине прочтений!

Брошюра ↓

Нанопоровый секвенатор GridION

Главные преимущества GridION

  • Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов,
  • Одновременный и независимый процессинг от 1 до 5 проточных ячеек,
  • На разных ячейках можно секвенировать образцы, подготовленные по разным протоколам,
  • Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации,
  • Длинные прочтения без ограничения по длине,
  • Низкая стоимость прочтения одного нуклеотида,
  • Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени,
  • Небольшие размеры и вес прибора (36 х 36 х 20 cм, 11 кг),
  • Для работы не требуется внешней управляющей станции – она уже встроена в прибор,
  • Программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных установлено в приборе,
  • Встроенная управляющая станция обрабатывает данные в десятки раз быстрее, чем станционарный компьютер или ноутбук,
  • Возможность остановки запуска в любой момент времени,
  • Прибор не требует специального источника бесперебойного питания.

Запросить цену→

Видеообзор нанопорового секвенатора GridION

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом и основным расходным материалом нанопровых секвенаторов является проточная ячейка (обозначены на рисунке ниже X1, X2, X3, X4 и X5).

Пять проточных ячеек, установленных в нанопоровый секвенатор GridION

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Принцип нанопорового секвенирование

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Принцип нанопорового секвенирование

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

Первичные данные нанопопрового секвенирования

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Видеообзор принципа нанопопрового секвенирования

Управление GridION

В отличие от младшей модели нанопоровых секвенаторов MinION, в корпус GridION уже встроены все компоненты, необходимые для управления секвенированием и обработки данных:

  1. SSD-диск: 4 Тб,
  2. Оперативная память: 64 Гб,
  3. Центральный процессор последнего поколения,
  4. Ускорители на основе графического процессора (видеокарта Nvidia GV100, 100 Тфлопс),
  5. ОС Linux,
  6. Программное обеспечение для секвенирования и обработки данных.

Дополнительно к прибору требуется подключить только периферические устройства: монитор, мышь и клавиатуру.

Программное обеспечение

Программное обеспечение, необходимое для первичной и вторичной обработки данных (GridION Software и EPI2ME) уже установлено на приборе. Оно работает на ресурсах графического процессора, что позволяет в десятки раз ускорить сбор данных и бейсколлинг в реальном времени (по сравнению, например, с программой MinKNOW для MinION, работающей на ресурсах центрального процессора).

Интерфейс ПО, установленного на GridION, идентичен интерфейсу программ, используемым с другими секвенаторами Oxford Nanopore Technologies.

Области применения GridION

  • Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
  • Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
  • Детекция хромосомных аберраций,
  • Исследование альтернативного сплайсинга,
  • Определение копийности определенных последовательностей,
  • Анализ экспрессии генов,
  • Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
  • Детекция модифицированных нуклеотидов,
  • Анализ профиля метилирования и др.

Запросить цену→

Другие секвенаторы Oxford Nanopore Technologies


С этим товаром покупают

Мы используем файлы cookie для улучшения работы сайта. Узнать больше.

Настройки файлов cookie

Мы используем файлы cookie для улучшения работы сайта, анализа трафика и показа персонализированной рекламы. Вы можете изменить настройки в любой момент.

Категории файлов cookie:

Необходимые

Эти cookie обеспечивают базовую функциональность сайта — вход в аккаунт, безопасность, оформление заказов. Отключение невозможно.

Функциональные

Функциональные cookie используются для обеспечения работы отдельных функций сайта, а также для запоминания ряда пользовательских предпочтений (например, выбранный язык, товары в корзине), с целью улучшения качества предоставляемого сервиса.

Отключение этого типа файлов cookie может привести к тому, что некоторые сервисы или функции сайта станут недоступны или будут работать некорректно. В результате, вам может потребоваться повторно вводить определённую информацию или настраивать предпочтения при каждом посещении сайта вручную.

Аналитические

Аналитические файлы cookie, включая сторонние аналитические cookie, помогают нам понять, как вы взаимодействуете с нашим сайтом. Эти файлы не собирают информацию, позволяющую установить вашу личность. Все данные обрабатываются в агрегированной и анонимной форме.

Рекламные

Рекламные cookie, включая сторонние, используются для создания пользовательских профилей и показа рекламы, соответствующей вашим интересам и предпочтениям при просмотре сайтов.

Эти cookie позволяют персонализировать рекламные сообщения, которые вы видите, делая их более релевантными. Они также могут использоваться для ограничения количества показов одной и той же рекламы и для оценки эффективности рекламных кампаний.