Нанопоровый секвенатор PromethION 24/48

PromethION – самый высокопроизводительный нанопоровый секвенатор производства Oxford Nanopore Technologies и самый высокопроизводительный секвенатор в мире!

Главные преимущества PromethION

• Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов,
• Максимальная производительность - до 9,6 трлн. нуклеотидов (до 4,8 трлн. нуклеотидов – в случае PromethION 24, до 200 млрд. нуклеотидов с одной ячейки),
• Одновременный и независимый процессинг от 1 до 48 (модель PormethION 48) или до 24 (модель PromethION 24) проточных ячеек,
• Очень низкая стоимость прочтения одного нуклеотида,
• Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации,
• Длинные прочтения без ограничения по длине,
• Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени,
• Прибор поставляется со станцией для сбора, обработки и хранения данных,
• Программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных установлено в приборе,
• Прибор обрабатывает данные в десятки раз быстрее, чем станционарный компьютер или ноутбук,
• Возможность остановки запуска в любой момент времени.

Запросить цену→

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом (и основным расходным материалом) нанопровых секвенаторов является проточная ячейка. На рисунке ниже показаны проточные ячейки, установленные в секвенирующий модуль PromethION 48.

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Характеристики секвенаторов PromethION

Стартовая комплектация прибора

Ниже представлена стартовая комплектация секвенаторов PromethION. Для подготовки библиотек также необходимо приобрести приобрести комплект ферментов и реагентов. Состав комплекта зависит от типа исследуемых образов (ДНК, РНК, кДНК, ампликоны и др.) и выбранного протокола работы.

Запросить цену→

Области применения PromethION

• Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
• Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
• Детекция хромосомных аберраций,
• Исследование альтернативного сплайсинга,
• Определение копийности определенных последовательностей,
• Анализ экспрессии генов,
• Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
• Детекция модифицированных нуклеотидов,
• Анализ профиля метилирования и др.