ДНК полимеразы — это ферменты, катализирующие синтез новой цепи ДНК по принципу комплементарности на основе одной из цепей материнской ДНК или РНК.
New England Biolabs предлагает широкий выбор ДНК-полимераз и непрерывно продолжает разработку инновационных продуктов для ДНК амплификации высочайшего качества, так как компания ориентирована на клиентов с исследовательскими целями. В таблице ниже перечислены основные свойства, которые необходимо учитывать при выборе полимеразы. Стоит учитывать, что эти свойства могут зависеть от условий реакции. Здесь собраны доступные виды ПЦР полимераз и реагентов от NEB для стандартной и высокоточной амплификации, а также специфичных ПЦР. Для начала работы рекомендуем рассмотреть один из выделенных оранжевым ферментов: OneTaq для сочетающаяся со стандартной или рутинной ПЦР и Q5 полимеразы, обеспечивающие непревзойденную точность и самый низкий уровень ошибок.
В основе большого количества методов молекулярной биологии лежит использование полимеразной цепной реакции (ПЦР). Например, подход к детекции SARS-CoV-2 основан на применении ПЦР с обратной транскрипцией. В зависимости от целей выбираются разные полимеразы для ПЦР.
ДНК-полимераза I Escherichia coli - первая выделенная ДНК-полимераза, которую применяли при разработке технологии ПЦР. Однако оптимальная температура для этого фермента - 37°C, в то время как для плавления двухцепочечной ДНК необходимо 94°C и более. Кроме того, полимераза обладает экзонуклеазной активностью, которая может мешать получению желаемого продукта.
Для избавления от нежелательной активности вместо целой ДНК-полимеразы в реакционную смесь добавляют фрагмент, лишенный экзонуклеазной активности и известный как {фрагмент Кленова} [https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_p.... С его помощью можно синтезировать меченые ДНК-пробы или достраивать вторую цепь ДНК.
Стандартный фермент, используемый для ПЦР - Taq, ДНК-полимераза I, впервые выделенная из Thermus aquaticus. Так как носитель белка - экстремально термофильная бактерия, Taq - термостабильный фермент, не инактивирующийся при высокотемпературной денатурации ДНК. Сейчас используется рекомбинантная полимераза, получаемая при экспрессии соответствующего гена в E.coli, а не нативный белок.
Taq-полимераза в ПЦР отличается высокой процессивностью и широко используется для рутинных задач, не требующих специальных условий. Купить ДНК-полимеразу Taq можно на сайте, выбрав из {каталога} доступных ферментов от New England Biolabs [https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_ptsr/dnk-polimerazy/?sphrase_id=32764]. Там же можно найти различные варианты ПЦР-буфера для полимеразы: без магния, позволяющий добавлять нужное количество соли (актуально для ДНК-микрочипов) или особого состава - ThermoPol, увеличивающий стабильность сложных матриц.
Поиск новых ферментов не останавливается: постоянно находят и конструируют новые полимеразы, используемые в ПЦР. Например, ДНК-полимераза {Deep Vent}, выделенная из термофильной бактерии Pyrococcus, обладает повышенной точностью и термостабильностью и подходит для GC-богатых последовательностей [https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_p.... Рекомбинантная полимераза {Phusion Hot Start Flex} сочетает в себе одновременно высокую точность и процессивность и способность активироваться только при повышенной температуре (Hot start), что увеличивает специфичность [https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/new_england_biolabs/amplifikatsiya_i_p.... Свойство Hot start достигается за счет использования термочувствительных аптамеров и снижает количество побочных продуктов, которые могут образовываться во время нагрева реакционной смеси.