Для каких задач исследователи выбирают реагенты Nimagen

Nimagen – голландская компания, основанная Йупом Тееленом, бывшим специалистом по применению и разработке продуктов в Applied Biosystems, который хотел расширить возможности сообщества по секвенированию.

Сейчас продукты Nimagen – доступная и качественная альтернатива оригинальным реагентам ABI, а в портфолио бренда вы найдёте всё для секвенирования ДНК и фрагментарного анализа методом капиллярного электрофореза. Подробнее изучить продукты Nimagen вам поможет наш обзор «Секвенирование ДНК и фрагментарный анализ методом капиллярного электрофореза» или запись вебинара «Nimagen навигатор: дорогой Сэнгера к геномным открытиям!», а в этом обзоре мы расскажем вам о недавних исследованиях, в которых учёные использовали решения от Nimagen.

STR генотипирование и тестирование на чувствительность к противогрибковым препаратам латиноамериканских изолятов Candida tropicalis

Candida tropicalis становится одним из наиболее распространенных видов Candida, вызывающих оппортунистические инфекции в Латинской Америке, а его устойчивость к противогрибковым препаратам растет. Чтобы исследовать геномику популяции и изучить противогрибковую устойчивость, учёные из Голландии, Бразилии, Аргентины и Колумбии применили метод генотипирования STR, а также провели тестирование на чувствительность к противогрибковым препаратам у 230 изолятов C. tropicalis из стран Латинской Америки.

Исследователям удалось выявить 164 генотипа, идентифицировать мутацию, приводящую к устойчивости к анидулафунгину и определить изоляты с устойчивостью к азолам. В целом, эта схема генотипирования для C. tropicalis оказалась полезной для выявления неопознанных вспышек и лучшего понимания геномики популяции, включая распространение изолятов, устойчивых к противогрибковым препаратам.

В этой работе использовался набор D-pure для очистки секвенирующей реакции, а также стандарт длин ДНК Orange 600.

Spruijtenburg, B.; Baqueiro, C.C.S.Z.; Colombo, A.L.; Meijer, E.F.J.; de Almeida, J.N., Jr.; Berrio, I.; Fernández, N.B.; Chaves, G.M.; Meis, J.F.; de Groot, T.; et al. Short Tandem Repeat Genotyping and Antifungal Susceptibility Testing of Latin American Candida tropicalis Isolates. J. Fungi 2023, 9, 207. https://doi.org/10.3390/jof9020207

Разработка NGS протокола на основе мультиплексной ПЦР для секвенирования полного генома вируса Западного Нила непосредственно из биологических образцов с использованием платформы Oxford Nanopore

Вирус Западного Нила (ВЗН) может поражать людей, птиц, лошадей и других млекопитающих, вызывая бессимптомную инфекцию, легкую лихорадку, неврологические и систематические заболевания или даже смерть.

Для того чтобы получить представление о распространенности ВЗН, исследователи из Сербии создали программу мониторинга. Секвенирование полного генома имеет важное значение для молекулярного эпизоотологического анализа путей передачи вируса, особенно в регионах с высоким риском заболевания.

В этой статье описывается разработка NGS протокола на основе мультиплексной ПЦР для секвенирования всего генома ВЗН непосредственно из биологических образцов с использованием платформы Oxford Nanopore. Результаты, полученные с использованием этой платформы, подтвержденные секвенированием по Сэнгеру, указывают на то, что этот протокол может быть применен для получения полных последовательностей генома ВЗН, даже когда концентрация вируса в образце средняя. Использование этого протокола не требует предварительного выделения вируса на культуре клеток или деплецию нуклеиновых кислот хозяина.

В данной работе использовали набор AmpliClean для очистки ПЦР реакции, набор iX-Pure для очистки секвенирующей реакции и решения от Oxford Nanopore Technologies.

B.Tešović, J.Nišavić, B.Banović Đeri, T.Petrović, A.Radalj, M.Šekler et al, Development of multiplex PCR based NGS protocol for whole genome sequencing of West Nile virus lineage 2 directly from biological samples using Oxford Nanopore platform, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, Vol. 105, Issue 2, 2023, https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2022.115852

Роль элемента-энхансера эпидермиса в положительной и отрицательной регуляции транскрипции гена ebony у Drosophila melanogaster

Паттерны пигментации у дрозофилы определяются пигментами, синтезируемыми в развивающемся эпидермисе, и цис-регуляторные элементы генов, участвующих в этом процессе, хорошо охарактеризованы на данный момент.

В этой статье японские исследователи показали, что известный первичный эпидермальный энхансер не требуется для активации транскрипции гена ebony (он участвует в синтезе светлого пигмента) в развивающемся эпидермисе Drosophila melanogaster. Также учёные продемонстрировали, что анализ делеции в сочетании с репортерным анализом высокоэффективны при обнаружении положительно и отрицательно регулирующих последовательностей внутри цис-регуляторных элементов.

В данной работе ученые использовали набор BrilliantDye для проведения секвенирующей реакции.

N.Akiyama, S.Sato, K.M. Tanaka, T.Sakai, A.Takahashi, The role of the epidermis enhancer element in positive and negative transcriptional regulation of ebony in Drosophila melanogaster, G3 Genes|Genomes|Genetics, Vol. 12, Issue 3, March 2022, jkac010, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac010

Сохранение генетического разнообразие чилийского томата (Solanum lycopersicum L.) in situ в течение 20 века

Чтобы улучшить понимание происхождения вида чилийского томата, его одомашнивания, динамики популяции и разнообразия, исследователи из Чили оценили генетическую изменчивость между образцами местных сортов томатов, выращенных в Чили в период с 1938 по 2016 год. Их результаты показали отличия генетической структуры у чилийских томатов, выращенных до 1938 года, и сортов, выращенных в Европе и США.

В своей работе исследователи использовали полимер для капиллярного электрофореза NimaPOP 7.

Donoso Adolfo, Carrasco Basilio, Araya Carolina, Salazar Erika, Genetic diversity and distinctiveness of Chilean Limachino tomato (Solanum lycopersicum L.) reveal an in situ conservation during the 20th century. Frontiers in Conservation Science, Vol. 4, 2023. https://doi.org/10.3389/fcosc.2023.1156786   

Как видите, многообразие приложений и задач, для которых можно использовать реагенты Nimagen достаточно велико. Если вам нужна консультация или помощь с подбором продукции, обратитесь к нашей поддержке.

Отправьте свою заявку на sales@skygen.com и мы подберём идеальное решение для ваших задач.

Смотреть весь каталог Nimagen