расходные материалы
для лабораторий
#52 Обзор по гликобиологии
Данный обзор представляет класс продуктов от компании New EnglandBiolabs, решающих задачи гликобиологии и модификации протеинов. Все реагенты проходят несколько этапов контроля, что гарантирует высочайшее качество реактивов. Компания SkyGen предлагает большой спектр ферментов, обеспечивающих решение всех возможных задач.
Гликозилирование является одним из самых распространённых посттрансляционных модификаций белков (см. Рис.1). N-связанное гликозилирование возникает, когда гликаны присоединяются к остаткам аспарагина. O-связанное гликозилирование происходит по остаткам серина и треонина.
Рис. 1. Схема гликопротеина с N- и O-связанным гликозилированием.
Существует два способа отделения олигосахаридов от гликопротеинов: химический и ферментативный. Химические методы зачастую удаляют не все олигосахариды или приводят к частичной деградации гликопротеинов, в то время как ферментативное удаление гликанов проходит в более мягких условиях и его эффективность выше.
В портфеле NEB есть несколько больших семейств ферментов:
- Дегликозилирующие энзимы - поставляются как в виде готовой смеси для дегликозилации, так и в виде отдельных ферментов.
- Для удаления N-связанных гликанов можно воспользоваться пептид-N-гликозидазой F (PNgase F), серией Remove-lt эндогликозидазами (Endo S, Endo D, PNgase F), эндогликозидазой Н, а для удаления О-связанных гликанов - O-эндогликозидазой.
- Экзогликозидазы: нейроаминидаза, ~N-ацетилглюкозаминидаза, а1 -2-фукозидаза, различные варианты маннозидаз, галактозидаз и ацетилгексоаминидаз.
- Гепариназы (bacteroides гепариназы 1, 11, 111) для дегликозилации гликозаминогликанов.
- И, наконец, широко представлены такие ферменты как протеазы, протеиновые фосфатазы (и ингибиторы), протеинкиназы, маркеры для белковых гелей, а также наборы для работы с фаговым дисплеем.
Сравнение специфичности эндогликозидаз от компании NEB
| Эндогликозидаза | Источник | Специфичность |
|---|---|---|
| Эндогликозидаза H | Streptomyces picatus |
|
| Эндогликозидаза Hf | ||
| Пептид-N-гликозидаза F | Elizabethkingia miricola |
|
| Remove-iT® пептид-N-гликозидаза F | ||
| Пептид-N-гликозидаза F рекомбинантная | Elizabethkingia miricola |
|
| Пептид-N-гликозидаза А | Oryza sativa |
|
| Rapid™ пептид N-гликозидаза F |
|
|
| Rapid™ пептид N-гликозидаза F (невосстанавливающая) | ||
| Эндогликозидаза S | Streptococcus pyogenes |
|
| Эндогликозидаза D | Streptococcus pneumoniae |
|
| Эндогликозидаза F2 | Elizabethkingia miricola |
|
| Эндогликозидаза F3 | Elizabethkingia miricola |
|
|
||
| O-гликозидаза | Enterococcus foecalis |
|
| Смесь для дегликозилирования белков II |
Смесь эндогликозидаз позволяет удалить все N- и O- связанные гликаны |
|
Легенда: 
Сравнение специфичности экзогликозидаз от компании NEB
| Эндогликозидаза | Источник | Специфичность |
|---|---|---|
| α2-3,6,8 Нейраминидаза | Clostridium perfringens |
|
| α2-3,6,8,9 Нейраминидаза А | Arthrobacter ureafaciens |
|
| α2-3 Нейраминидаза S | Streptococcus pneumoniae |
|
| β-N-Ацетилгексозаминидаза F | Streptomyces plicatus |
|
| β-N-Ацетилглюкозоаминидаза S | Streptococcus pneumoniae |
|
| α1-2 Фукозидаза | Xanthamonas manihotis |
|
| α1-2,3,4,6 Фукозидаза | Bovine kidney |
|
| α1-2,4,6 Фукозидаза О | Omnitrophica bacterium |
|
| α1-3,4 Фукозидаза | Almond meal |
|
| β1-3 Галактозидаза | Xanthamonas manihotis |
|
| β1-4 Галактозидаза S | Streptococcus pneumoniae |
|
| β1-3,4 Галактозидаза | Bovine testis |
|
| α1-6 Маннозидаза | Xanthamonas manihotis |
|
| α1-2,3 Маннозидаза | Xanthamonas manihotis |
|
| α1-2,3,6 Маннозидаза | Jack Bean |
|
| α1-3,6 Галактозидаза | Xanthamonas manihotis |
|
| α1-3,4,6 Галактозидаза | Green coffee bean |
|
| α-N-Ацетилгалактозаминидаза | Chryseobacterium meningosepticum |
|
Легенда: 
