Технологии Oxford Nanopore Technologies и Bio Molecular Systems помогают бороться со вспышкой пневмонии, вызванной коронавирусом 2019-nCoV

О первых случаях заболевания атипичной пневмонией нового вида в китайском городе Ухань стало известно в конце декабря 2019 года, а уже 5-го января 2020 года последовательность генома коронавируса 2019-nCoV, ставшего причиной этой вспышки, была размещена в базе данных GeneBank под названием «Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1».

Столь эффективная и быстрая работа по изоляции и секвенированию полного генома вируса позволила столь же быстро начать разрабатывать и внедрять в клиническую диагностику тест-системы для обнаружения возбудителя.

Безусловно, добиться подобного прогресса в понимании причин заболевания и поиске диагностических средств было бы невозможно без современных технологий. И наши партнеры - Oxford Nanopore Technologies и Bio Molecular Systems - принимают активное участие в решении этой проблемы.

Компактный и портативный нанопоровый секвенатор MinION от компании Oxford Nanopore Technologies позволяет буквально за один день и в полевых условиях провести полноценное секвенирование вирусного генома. Во время предыдущих вспышек лихорадок Эбола, Зика и др. эта технология внесла существенный вклад в борьбу с инфекцией.

Рис. 1. Нанопоровый секвенатор MinION от компании Oxford Nanopore Technologies.

Для понимания того, насколько быстро вирус мутирует и относятся ли возбудители заболевания в разных очагах к одному и тому же штамму, необходимо секвенировать разные изоляты.

24 января 2020 года в New England Journal of Medicine вышло краткое сообщение о новом коронавирусе «A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019», в котором нанопоровое секвенирование упоминается как использованный в работе метод.

В этот же день журнал The Lancet опубликовал исследование, в ходе которого авторы подтвердили возможность передачи инфекции от человека к человеку. Полногеномное секвенирование изолятов вирусов от пациентов они выполняли на платформе MinION и методом Сэнгера.

В нескольких своих сообщениях Центр по контролю и профилактике заболеваний Китая подчеркивал вклад технологии нанопорового секвенирования в изучение нового штамма коронавируса.

Рис. 2. Премьер Госсовета КНР Ли Кэцян посещает лабораторию Центра по контролю и профилактике заболеваний Китая во время секвенирования коронавируса 2019-nCoV на платформе MinION (на столе слева).

В конце января в New England Journal of Medicine появилось сообщение о первом случае заболевания 2019-nCoV пневмонией в США. Его авторы также использовали MinION для секвенирования генома вируса, инфицировавшего 35-летнего пациента.

Техническая поддержка Oxford Nanopore Technologies находится в постоянном контакте с исследователями нового возбудителя, помогает оптимизировать протоколы и обработку данных. А 31 января компания начала отправку в Китай 200 дополнительных секвенаторов MinION и соответствующих расходных материалов.

Важным способом борьбы с распространением инфекционного заболевания является его ранняя диагностика и идентификация возбудителя. Именно поэтому сразу после полногеномного секвенирования нового коронавируса несколько биотехнологических компаний занялись созданием соответствующих тест-систем.

Корпорация Liferiver Bio-Tech разработала набор для идентификации 2019-nCoV методом ПЦР в реальном времени всего за 10 дней и вскоре получила лицензию от Национального управления лекарственных средств Китая на использование его в качестве диагностического средства.

Это стало возможным, в том числе, благодаря использованию высокотехнологичного оборудования. Например, амплификатор в реальном времени Mic от компании Bio Molecular Systems, будучи самым быстрым прибором такого типа в мире, существенно ускорил протоколы ПЦР.

Рис. 3. Амплификатор в реальном времени Mic на рабочей платформе роботизированной станции в лаборатории компании Liferiver Bio-Tech.

В настоящий момент производственных мощностей Liferiver Bio-Tech достаточно для производства 200 000 наборов в день. А компания Bio Molecular Systems мобилизует свои ресурсы, чтобы, в случае высокого спроса обеспечить пользователей набора необходимым оборудованием и расходными материалами.

Компания SkyGen – эксклюзивный дистрибьютер продукции Oxford Nanopore Technologies и Bio Molecular Systems на территории России и СНГ.