Первое в России секвенирование полного генома коронавируса!

Дорогие друзья!

С гордостью хотим сообщить, что наши коллеги из ФГБУ «НИИ гриппа им. А. А. Смородинцева» Минздрава России первыми в России осуществили секвенирование полного генома коронавируса SARS-CoV-2 из материала от пациента с COVID-19.

Полученный геном, получивший название hCoV-19/Russia/StPetersburg-3524/2020, доступен в международной базе данных по мониторингу глобальной эволюции коронавируса нового типа GISAID.

Данный эксперимент был реализован с помощью протокола ARTIC на нанопоровом секвенаторе MinIon (Oxford Nanopore Technologies, UK).

Портативный нанопоровый секвенатор MinION от компании Oxford Nanopore Technologies с использованием протокола ARTIC позволяет менее чем за 8 часов получить полную последовательность генома вируса. За основу протокола взят результат и опыт работы с вирусом Эбола в период эпидемии 2013-2016 гг.

• Протокол ARTIC доступен для скачивания пользователями в Nanopore Community (протокол PCR tiling of COVID-19 virus).
• Для реализации протокола требуются праймеры к COVID-19, набор SQK-LSK109, а также ферменты для проведения реакций пробоподготовки.
• Анализ полученных результатов осуществляется в режиме реального времени с помощью программного обеспечения RAMPART.
• Для амплификации генома вируса используется самая точная в мире полимераза Q5 от компании New England Biolabs.