Oxford Nanopore Technologies объявили о сотрудничестве с 10x Genomics

Oxford Nanopore Technologies объявили о сотрудничестве с 10x Genomics, чтобы сделать одноклеточное и пространственное секвенирование изоформ транскриптов доступным для любой лаборатории! 

Сочетание секвенирования длинных прочтений с анализом единичных клеток позволяет идентифицировать альтернативный сплайсинг с разрешением в одну клетку. Традиционный анализ единичных клеток основан на секвенировании коротких прочтений, при котором теряется ценная информация об изоформах транскрипта, имеющих отношение к процессу развития заболевания. Библиотеки для секвенирования длинных прочтений были подготовлены приложениями для анализа единичных клеток от 10x Genomics - Chromium Single Cell и Visium Spatial и секвенированы на платформе PromethION от Nanopore Technologies. 

Параллельно были подготовлены библиотеки коротких прочтений для секвенирования на платформе Illumina. Было обнаружено, что данные по идентификации и кластеризации клеток, полученные при секвенировании длинных прочтений были сопоставимы с данными секвенирования коротких прочтений, и при дальнейшем анализе данных длинных прочтений идентифицировали изоформы, дифференциально экспрессируемые между типами клеток.

Проект эксперимента: кДНК, полученную при использовании приложений Chromium Single Cell 3’, Chromium Single Cell 5’ и Visium Spatial Gene Expressionразделили для создания соответствующих библиотек секвенирования с коротким и длинным прочтениями, которые затем секвенировали на платформах NovaSeq и PromethION соответственно.

Анализ транскриптомной гетерогенности на одноклеточном уровне позволил по-новому взглянуть на многие области исследований, включая исследования рака, клеточную биологию, эмбриональное развитие и иммунологию.

Объединяя возможности одноклеточного и пространственного анализов 10x Genomics с секвенированием на платформе Oxford Nanopore Technologies, исследователи получают новый мощный инструмент для выявления уникальных различий в экспрессии изоформ, альтернативном сплайсинге, подтипах клеток, профилировании иммунных рецепторов, пространственной транскриптомике и других новых приложениях.

• Секвенирование на платформе Oxford Nanopore Technologies совместимо с Chromium Single Cell 3’, Chromium Single Cell 5’ и Visium Spatial
• Баркодирование клеток и распределение UMI может быть проанализировано с данными Oxford Nanopore Technologies
• Полноразмерные прочтения позволяют группировать изоформы по экспрессии и обнаруживать альтернативные транскрипты с разрешением в одну клетку и пространственным разрешением.