Компания SkyGen рада представить новинки от Oxford Nanopore Technologies!

Дорогие друзья!

Компания SkyGen рада представить Вашему вниманию две последние новинки от Oxford Nanopore Tecnologies.

Нанопоровый секвенатор со встроенным вычислительным модулем MinION Mk1C

Oxford Nanopore Technologies – это компания, которая смогла доказать, что глубокий биологический анализ можно провести не только при помощи сложных в использовании приборов. Так в 2015 году научный мир увидел первый нанопоровый секвенатор. Друзья, речь идет об уже хорошо знакомом вам MinION.

MinION быстро стал популярен благодаря своим универсальности, мобильности и невысокой стоимости, а возможность быстрого получения данных показала преимущество этой системы в таких областях, как: геномика человека, онкология, микробиология, исследования окружающей среды, здравоохранение, контроль качества продуктов питания, сельское хозяйство.

MinION получил прекрасные отзывы пользователей. Компания Oxford Nanopore Technologies не остановилась на достигнутом и продолжила развивать технологию нанопорового секвенирования, в результате чего уже сегодня мы рады анонсировать новую систему одномолекулярного секвенирования MinION Mk1C, которая является усовершенствованной версией MinION.

В сравнении со своим предшественником новый MinION Mk1C стал еще более мобильным за счет полностью интегрированного вычислительного модуля и сенсорного экрана. Таким образом, MinION Mk1C совершенно автономен и не требует персонального компьютера для запуска эксперимента и обработки результатов. Для прохождения эксперимента с оптимальной скоростью используется встроенный вычислительный модуль с графическим процессором.

Пользователю доступен запуск прибора как в режиме онлайн, так и оффлайн. При работе в режиме онлайн передача данных возможна через Wi-Fi или встроенный GSM-модуль. Новый секвенатор совместим с проточными ячейками MinION.

На MinION Mk1C уже предустановлены:

• операционная система Linux,
• программное обеспечение MinKNOW для контроля и запуска эксперимента, а также бейсколлинга,
• программное обеспечение EPI2ME для вторичной обработки данных.

В прибор встроен SSD-накопитель с объемом памяти 1 Тб, которой хватает для хранения информации о 30 млрд. п.н. в формате fast5 и/или FASTQ.

Высокая мобильность системы и отсутствие таких хрупких элементов, как оптика, позволяют проводить метагеномный анализ в полевых условиях. Полная автономность избавляет от необходимости приобретения дополнительного вычислительного оборудования со всей периферией, которое может играть роль балласта.

Новая система MinION Mk1C позволяет получить данные полногеномного анализа в режиме оффлайн, перенести данные на внешний накопитель и продолжить проводить исследования. При появлении интернет-соединения можно отправить полученные данные в лабораторию для хранения и анализа.

Выбирайте MinION Mk1C, если Вы хотите автономное решение для:

• получения длинных прочтений с высокой точностью,
• эффективной работы вне лаборатории,
• экономии рабочего пространства и бюджета.

Новые проточные ячейки R10 для MinION/GridION с улучшенной точностью прочтения

Проточная ячейка – это ключевой компонент нанопоровых секвенаторов Oxfrod Nanopore Technologies. Именно в ней происходит непосредственный сбор первичных данных секвенирования. Главным элементом проточных ячеек является сенсорная матрица, состоящая из мембраны с нанопорами и детекторными элементами.

В нанопорах проточных ячеек для MinION/GridION предыдущей версии R9 имеется всего один участок, в котором происходит детекция ионного тока. И размеры его таковы, что основной вклад в итоговый сигнал вносят только 5 ближайших к участку нуклеотидов.

Ячейки R9 и продвинутые алгоритмы обработки сигнала позволяют секвенировать ДНК по протоколу 1D с точностью 95%. Однако устройство нанопор накладывает ограничения на способность прочтения таких простых последовательностей, как гомополимеры. Максимальная точность консенсуса, которую удалось достичь с помощью ячеек R9 составляет Q44.

Чтобы решить эту проблему, компания Oxfrod Nanopore Technologies разработала новое поколение проточных ячеек R10, нанопоры которых имеют два участка детекции сигнала.

Во время бета-тестирования для модельного организма S. aureus удалось достичь точности гомополимерных областей Q54. Это значение превышает лучший показатель Q, полученный на ячейках R9 при секвенировании ДНК таких видов микроорганизмов, как S. aureus, L. monocytogenes, B. subtitlis, E. faecalis, S. enterica, E. coli.

При секвенировании на проточной ячейке R10 библиотек, подготовленных с помощью набора Ligation Sequencing kit 1D (арт. SQK-LSK109) можно прочитать до 26 млрд. нуклеотидов за 72 часа. Требования к количеству исходного образца при этом несколько выше, чем для ячеек R9, - 5-10 фмоль.

В настоящее время компания Oxfrod Nanopore Technologies продолжает адаптировать наборы для пробоподготовки, протоколы и программное обеспечение к ячейкам R10. Но уже сейчас у исследователей имеются следующие возможности по использованию новинки:

Напоминаем Вам о том, что компания SkyGen является официальным дистрибьютором продукции Oxford Nanopore Technologies в России и странах СНГ. Наши высококвалифицированные специалисты прошли обучение и неоднократное повышение квалификации в штаб-квартире Oxford Nanopore в Великобритании, а также успешно провели уже более 100 инсталляций MinION в передовых научно-исследовательских центрах России.