Single cell исследования на платформе 10x Genomics

Хотите выйти за рамки традиционного анализа экспрессии и выйти на уровень единичных клеток?

Single-cell исследование необходимо, если вы хотите:

1. Охарактеризовать, идентифицировать и каталогизировать смешанные клеточные популяции из разнообразных тканей и органов;
2. Идентифицировать новые биомаркеры и регуляторные пути, вовлечённые в сложные клеточные процессы;
3. Определить новые типы клеток и их состояния в смешанных образцах.

В чём отличие от традиционного анализа экспрессии генов?

Возможности технологии 10x Genomics для исследований на уровне единичных клеток

Прибор Chromium Controller способен быстро разделять клетки по отдельным каплям и баркодировать их, что позволяет проводить параллельный высокопроизводительный анализ десятков тысяч клеток.

Прибор компактен и очень прост в использовании, всё что требуется пользователю - это правильно загрузить чип и поместить его в прибор. В чип вносят непосредственно клетки, реагенты (гелевые частицы) и масло.

Принцип работы прибора Chromium Controller

Весь эксперимент можно разделить на 5 этапов:

1. Любой протокол начинается с гелевых частиц, покрытых уникальными олигонуклеотидами-баркодами.
2. При помощи прибора Chromium Controller баркодированные гелевые частицы смешиваются с клетками или ядрами клеток, ферментами и маслом, образуя десятки тысяч эмульсионных капель с одной клеткой и гелевой частицей (GEM - gel bead in emulsion).
3. Внутри каждой такой капли осуществляется реакция, в ходе которой гелевая частица растворяется, и интересующие молекулы из каждой клетки баркодируются.
4. После баркодирования, всем фрагментам одной клетки или ядра присваиваются общие 10x баркоды. Теперь все эти баркодированные фрагменты пулируются для последующих реакций для подготовки библиотек для секвенирования коротких фрагментов (например, на платформе Illumina).
5. После секвенирования специальное ПО идентифицирует баркоды и выдаёт результаты для отдельных клеток или ядер.

Эмульсионная капля GEM

Каждая капля содержит гелевую частицу с олигонуклеотидами, несущими баркоды, живую клетку и реагенты для лизиса и обратной транскрипции.

Доступные протоколы

Данный протокол позволит: Идентифицировать редкие типы клеток Характеризовать мультикомпонентные клеточные популяции Понять клеточную гетерогенность Открыть новые биомаркеры	Данный протокол позволит: Профилировать репортеров иммунных клеток Определить антиген-специфичность Т- и B-клеток Характеризовать тканевое микроокружение Выйти за рамки традиционной цитометрии	Данный протокол позволит: Определить клеточные типы и состояния Каталогизировать клеткоспецифичные регуляторные элементы Идентифицировать важные транскрипционные факторы Охарактеризовать сети генной регуляции
Образец Клетки или ядра Отсортированные клетки Клетки, помеченные антителами к поверхностным белкам Клетки, экспрессирующие совместимые элементы CRISPR	Образец Клетки или ядра Отсортированные клетки Клетки, помеченные антителами к поверхностным белкам Клетки, помеченный для анализа антигенной специфичности	Образец Ядра, обработанные транспозазой
Баркодирование Захват и амплификация 3'-конца мРНК Захват и идентификация поверхностных белков или CRISPR-опосредованных изменений	Баркодирование Захват и амплификация 5'-конца мРНК Захват и характеризация BCR/TCR генов Захват и идентификация поверхностных белков и антиген-специфичных рецепторов	Баркодирование Захват и амплификация ДНК фрагментов, доступных транспозазе