Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
0

Станция Chromium™ Controller для работы с единичными клетками и молекулами

10X Genomics, Inc.
Артикул Название товара Цена*
120223 Станция для работы с единичными клетками и молекулами Chromium™ Controller по запросу
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.

Chromium™ ControllerСистема, разработанная компанией 10x Genomics, предназначена для пробоподготовки к высокопроизводительному анализу генома, экзома, транскриптома, CNV и др. единичных клеток методом NGS на платформе Illumina.

В основе системы лежит уникальная технология баркодирования индивидуальных молекул нуклеиновых кислот отдельных клеток.

Компоненты системы 10x Genomics

  • Станция Chromium™ Controller
  • Чипы, аксессуары и реагенты для создания эмульсии единичных клеток и обратной транскрипции
  • Реагенты для подготовки библиотек к NGS
  • Программное обеспечение для обработки и визуализации данных Single Cell анализа

Станция Chromium™ Controller

Станция Chromium™ Controller позволяет быстро инкапсулировать одиночные клетки или молекулы геномной ДНК в тысячи индивидуальных эмульсионных капель с гелевыми частицами (GEMs), каждая из которых содержит уникальный баркод для мультиплексирования.

В качестве исходного образца используется суспензия живых клеток в буферном растворе (PBS или аналогичный, сохраняющий жизнеспособность клеток). Она помещается на чип, который, в свою очередь, процессируется в приборе.

Устройство чипа для станции Chromium™ Controller

Устройство чипа для станции Chromium™ Controller

В микроканалах чипа живые клетки из суспензии, проходя через масляный барьер, распределяются по индивидуальным эмульсионным каплям.

Распределение клеток по индивидуальным эмульсионным каплям

Каждая такая капля будет содержать:

  • гелевую частицу с олигонуклеотидами, несущими баркоды,
  • живую клетку,
  • реагенты для лизиса клетки и обратной транскрипции.

Эмульсионная капля с гелевой частицей (Gel Bead-in-Emulsion, GEM)

Эмульсионная капля с гелевой частицей

Полученные суспензии отбирают из лунок чипа и помещают в амплификатор для проведения обратной транскрипции. При этом гелевые частицы и клеточные структуры разрушаются, закреплённые на них олгонуклеотиды высвобождаются, а свободная мРНК связывается с поли-dT-хвостом каждого олигонуклеотида, несущего баркод.

Баркодирование нуклеиновых кислот единичных клеток

Структура баркодов, используемых в системе 10X Genomics, достаточно проста. Каждый олигонуклеотид на гелевой частице несёт:

  • баркод 10X (16 нуклеотидов, одинаковый в пределах одной гелевой частицы),
  • метку UMI (Unique Molecular Identifier, 12 нуклеотидов, уникальна для каждого нуклеотида),
  • поли-dT-хвост (30 нуклеотидов).

Такая структура обеспечивает индивидуальной меткой каждую клетку (с помощью 10x-баркода) и каждый транскрипт, включая копии, в пределах этой клетки (за счёт UMI).

Баркодированные нуклеиновые кислоты единичных клеток служат объектом для последующей подготовки NGS-библиотек, совместимых со всеми моделями секвенаторов Illumina. Реагенты для подготовки библиотек также входят в состав набора для процессирования клеток. Полученная библиотека имеет все необходимые баркоды и вставку с транскриптом:

Результат баркодирования нуклеиновых кислот единичных клеток

Подобная технология распределения и баркодирования клеток может быть использована для анализа 5’- и 3’- экспрессии генов (рекомендуемая глубина прочтения – порядка 20 000 ридов на 1 клетку), CNV (события размером до 2 Mb – в одиночных клетках и до 10 0kb – в клеточной популяции), V(D)J-рекомбинаций в Т- и B-клетках, доступности хроматина (протокол ATAC-seq), а также высококачественной сборки de novo с использованием технологии меченых ридов (Linked-reads).

Программное обеспечение 10X Genomics

С помощью бесплатного программного обеспечения, размещенного на портале поддержки 10X Genomics, вы cможете обработать демонстрационные или реальные данные секвенирования и визуализировать всю полученную информацию. Там же вы найдете примеры проведенных экспериментов, исходные данные секвенирования (FASTQ) и протоколы.

Перейти на портал ⇒

Наборы и чипы для станции Chromium™ Controller

3'-экспрессия единичных клеток
5'-экспрессия и профилирование иммунных клеток (V(D)J-регионы)
Геномный протокол на основе меченых ридов (Linked-Reads)
Экзомный протокол на основе меченых ридов (Linked-Reads)
Исследование доступности хроматина на уровне единичных клеток (ATAC-Seq)
Исследование профиля CNV на уровне единичных клеток
Совместимые платформы для NGS Illumina
Производительность До 8 образцов клеточных суспензий за запуск
Процессивность До 80 000+ клеток за запуск
Время обработки клеток 10 - 20 мин
Уровень дупликации 0.9% на 1 000 клеток
Программное обеспечение, входящее в комплект поставки прибора Cell Ranger™ – ПО для обработки данных

Loupe™ Cell Browser – ПО для визуализации результатов

Обратная связь

© 2012-2019 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает.
ОK