расходные материалы
для лабораторий
#61 Обновления ассортимента продукции New England Biolabs
За последнее время в ассортименте продукции New England Biolabs произошло несколько существенных изменений. Например, в линейке NEBNext® появились реагенты для пробоподготовки к NGS-секвенированию метилированной ДНК, а в линейке Monarch® - набор для выделения геномной ДНК из широкого спектра образцов.
Из этого обзора вы узнаете обо всех последних новинках New England Biolabs, а также о продуктах, снятых с производства.
Новые продукты New England Biolabs
Набор Monarch® для выделения геномной ДНК (арт. T3010 L/S)
Линейка реагентов Monarch® для выделения и очистки нуклеиновых кислот появилась в портфолио New England Biolabs почти 4 года назад. Но только сейчас компания порадовала нас набором для выделения геномной ДНК. Такое томительное ожидание сполна окупилось отличными характеристиками нового продукта.
Мы подготовили для вас подробный обзор долгожданной новинки, и в данный момент вы можете заказать пробник этого набора.
При необходимости все компоненты набора можно приобрести отдельно:
| Артикул | Наименование компонента |
| T3011 L | Буфер Monarch® для лизирования тканей при выделении геномной ДНК (34 мл) |
| T3012 L | Буфер Monarch® для лизирования клеток при выделении геномной ДНК (20 мл) |
| T3013 L | Буфер Monarch® для лизирования крови при выделении геномной ДНК (20 мл) |
| T3014 L | Буфер Monarch® для связывания при выделении геномной ДНК (65 мл) |
| T3015 L | Буфер Monarch® для промывки при выделении геномной ДНК (60 мл) |
| T3016 L | Буфер Monarch® для элюции при выделении геномной ДНК (34 мл) |
| T3017 L | Колонки Monarch® для выделения геномной ДНК (100 шт.) |
| T3018 L | Monarch® РНКаза A (20 мг/мл, 1 мл) |
| T2018 L | Пробирки Monarch® для сбора фильтрата II (100 шт.) |
| P8107 S | Протеиназа К высокой степени очистки (800 е.а./мл, 2 мл) |
Набор Exo-CIP™ для быстрой ферментативной очистки продуктов ПЦР (арт. E1050 L/S)
Набор предназначен для быстрой ферментативной деградации остатков олигонуклеотидных праймеров и дефосфорилирования избыточных дНТФ в реакционной смеси после ПЦР. В состав набора входят термолабильная Экзонуклеаза I и щелочная фосфатаза из кишечника теленка. Процесс очистки занимает всего 5 минут. В последующем очищенный образец можно использовать в таких приложениях, как детекция SNP, секвенирование по Сэнгеру и NGS.
Q5U™ Hot Start HF ДНК-полимераза (арт. M0515 L/S)
Представляет собой модифицированную версию Q5® Hot Start HF ДНК-полимеразы. За счет мутации в урацил-связывающем кармане фермент способен амплифицировать матрицы, содержащие урациловые и инозиновые основания, и включать в растущую цепь дУТФ.
Эти свойства Q5U™ Hot Start HF ДНК-полимеразы позволяют использовать ее для амплификации ДНК после бисульфитной конверсии, для амплификации дезаминированной и поврежденной ДНК (FFPE-образцы), для клонирования методом USER®, а также для борьбы с контаминацией вследствие переноса продуктов ПЦР.
Смесь ферментов для обратной транскрипции со сменой матриц (арт. M0466 L/S)
Обратная транскриптаза, входящая в состав смеси ферментов, способна добавлять на 3’-конец кДНК несколько нуклеотидов при достижении 5’-конца мРНК-матрицы в ходе обратной транскрипции. Если на этот образовавшийся 3'-конец отжечь специальный праймер (TSO, template-switching ologo), то произойдет смена матриц и обратная транскриптаза продолжит синтез кДНК до 5’-конца TSO.
Таким образом, с помощью обратной транскрипции со сменой матриц можно синтезировать полноразмерную кДНК, на обоих концах которой имеются адаптеры с известной последовательностью. Этот метод можно использовать, прежде всего, для 5’RACE, а также для проподготовки к секвенированию транскриптома, амлификации кДНК или синтеза второй цепи.
Быстрая щелочная фосфатаза из кишечника теленка (арт. M0525 L/S)
- Представляет собой термолабильную рекомбинантную версию щелочной фосфатазы из кишечника теленка;
- Быстрая и необратимая инактивация нагреванием при 80°С (в отличие от фермента дикого типа);
- Активна во всех буферах для эндонуклеаз рестрикции New England Biolabs;
- Отщепляет фосфатные группы с 5’- и 3’-концов ДНК и РНК, гидролизует дНТФ и НТФ.
Набор NEBNext® для ферментативной конверсии метилированной ДНК и создания библиотек для платформы Illumina® (арт. E7120 L/S)
Хотя бисульфитное секвенирование считается золотым стандартом анализа метилома, обработка ДНК бисульфитом приводит к ее повреждениям, фрагментации, потере и, как следствие, к неравномерному покрытию при секвенировании.
В новом наборе NEBNext® используется более щадящий, но не менее эффективный ферментативный метод конверсии метилированной ДНК.
В комплект также входят реагенты для подготовки библиотеки к NGS на платформе Illumina и индексированные праймеры.
Модуль NEBNext® для ферментативной конверсии метилированной ДНК (арт. E7125 L/S)
Является частью предыдущего набора. Включает в себя реагенты, необходимые для ферментативной конверсии метилированной ДНК.
Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек метилированной ДНК с комплектом дважды индексирующих праймеров (арт. E7140 L/S)
Набор предназначен для мультиплексирования библиотек, созданных после ферментативной или бисульфитной конверсии метилированной ДНК с целью NGS-секвенирования. Включает в себя уникальный NEBNext® EM-seq™ адаптер и набор праймеров, которые позволяют дважды индексировать подготовленные библиотеки. Также входит в состав набора для ферментативной конверсии метилированной ДНК и создания библиотек для платформы Illumina® (арт. E7120).
Готовая смесь NEBNext® c Q5U™ HF ДНК-полимеразой для амплифицирования участков, содержащих урацил (арт. M0597 L/S)
Готовая смесь содержит Q5U™ HF ДНК-полимеразу (см. выше) и оптимизована для высокоточной амплификации урацил-содержащих NGS-библиотек, в том числе библиотек, подготовленных после бисульфитной конверсии ДНК. Hot Start формат полимеразы позволяет собирать реакционную смесь при комнатной температуре.
Модуль NEBNext® для выделения поли(А)+ мРНК с помощью магнитных шариков (арт. E7490 L/S)
Предназначен для выделения поли(А)+ мРНК из предварительно подготовленных образцов тотальной РНК (1-5 мкг). Принцип очистки основан на связывании поли(А) с олигонуклеотидом д(T)25, покрывающим парамагнитные частицы диаметром 1 мкм, последующей промывке и элюции.
Маркеры молекулярной массы белков
Важные обновления коснулись и продукции для анализа белков. В конце весны New England Biolabs полностью заменил маркеры молекулярной массы белков и снял с производства прежние продукты (арт. P7704, P7706, P7712).
Новая линейка маркеров представлена тремя позициями:
| Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (10-200 кДа), неокрашенный (арт. P7717 L/S) | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (11-250 кДа), предокрашенный синий (арт. P7718 L/S) | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (10-250 кДа), предокрашенный разноцветный (арт. P7719 L/S) | |||
|
· Замена для P7704 · 13 бэндов · 10-200 кДа · 3 мкл на дорожку · 750/150 дорожек · Точное определение молекулярной массы белков, окраска Coomassie Brilliant Blue R-250 или другими красителями |
|
· Замена для P7706 · 11 синих бэндов · 11-250 кДа · 3 мкл на дорожку · 750/150 дорожек · Наблюдение за разделением белков в ходе SDS-ПААГ, оценка эффективности вестерн-блоттинга, флуоресцентная окраска белковых гелей, приблизительная оценка размера белков |
|
· Замена для P7712 · 11 разноцветных бэндов (9 синих и 2 референсных: оранжевый – 72 кДа, зеленый – 26 кДа) · 10-250 кДа · 3 мкл на дорожку · 750/150 дорожек · Наблюдение за разделением белков в ходе SDS-ПААГ, оценка эффективности вестерн-блоттинга, флуоресцентная окраска белковых гелей, приблизительная оценка размера белков |
|
|
|
|
|||
Маркеры поставляются в готовом к употреблению виде: они не требуют смешивания с буфером для нанесения и нагрева.
Нуклеаза EnGen® Sau Cas9 (арт. M0654 S/T)
Нуклеаза EnGen® Sau Cas9 дополнила линейку реагентов New England Biolabs для редактирования геном по протоколу CRISPR/Cas. Эта РНК-зависимая ДНК-эндонуклеаза Staphylococcus aureus катализирует сайт-специфическое расщепление двухцепочечной ДНК за 3 нуклеотида до PAM-мотива (5′-NNGRRT-3′). При этом PAM-мотив должен следовать за целевым участком ДНК, а 5’-конец гидовой РНК должен быть комплементарен второй цепи целевого участка.
Более длинный по сравнению с Cas9 S. pyogenes PAM-мотив (5′-NNGRRT-3′) увеличивает специфичность редактирования.
Модуль NEBNext® для подготовки библиотек Oxford Nanopore Technologies® (арт. E7180 S)
Включает в себя реагенты для восстановления ДНК, выделенной из FFPE-образцов, восстановления концов ДНК и лигирования адаптеров. Предназначен для выполнения соответствующих этапов протокола подготовки библиотек к секвенированию на платформах Oxford Nanopore Technologies (MinION®, GridION®, PromethION™) с помощью набора Ligation Sequencing kit 1D (арт. SQK-LSK109).
Набор NEBNext® для избавления от глобиновой и рибосомальной РНК (человека, мышей, крыс) (арт. E7750 L/S/X)
Набор NEBNext® для избавления от глобиновой и рибосомальной РНК (человека, мышей, крыс) c магнитными шариками для очистки (арт. E7755 L/S/X)
Образцы тотальной РНК, выделенной из крови, содержат большое количество рРНК и глобиновой мРНК. Принцип работы набора основан на связывании вышеуказанных компонентов со специфическими ДНК-зондами и последующем расщеплении РНК/ДНК -гибридов РНКазой H и ДНКазой I. Необходимое количество исходного материала – от 10 нг до 1 мкг. Протокол занимает не более 2 часов, при том что на долю ручных манипулаций приходится 10 минут.
Набор доступен в двух комплектациях: с магнитными шариками для очистки и без них.
Протеиназа K термолабильная (арт. P8111 S)
Представляет собой мутантную форму протеиназы K, обладающую повышенной термолабильностью. Фермент можно полностью инактивировать при 55°С в течение 10 минут и использовать для расщепления термостабильных рестриктаз после реакции рестрикции.
Модуль NEBNext® для лизиса единичных клеток (арт. E5530 S)
Модуль предназначен для лизиса единичных культивируемых или первичных клеток с целью последующей подготовки библиотек РНК для секвенирования следующего поколения. Состоит из лизирующего буфера и мышиного ингибитора РНКаз. Совместим с Набором NEBNext® для создания библиотек РНК из единичных клеток или из маленького количества образца для платформы Illumina® и Модулем NEBNext® для синтеза и амплификации кДНК из РНК единичных клеток или маленького количества образца.
Буфер NEBNext® для разбавления раствора адаптеров (арт. B1430 S)
Буфер предназначен для разбавления адаптеров, входящих в состав наборов NEBNext® для пробоподготовки к секвенированию следующего поколения на платформе Illumina®. Подобрав оптимальную концентрацию адаптеров, можно повысить эффективность их лигирования к фрагментам ДНК. Буфер не требует разведения.
Маркер TriDye™ ультрамалых длин ДНК (арт. N0558 S)
|
|
Маркер Plus 1 т.п.н. длин ДНК для готовых агарозных гелей (арт. N0559 S)
|
|
α-Литическая протеаза (арт. P8113 L/S)
α-Литическая протеаза расщепляет белки после треониновых, аланиновых, сериновых и валиновых аминокислотных остатков. Фермент используют для анализа сложных протеомов, в том числе методом масс-спектрометрии. Подходит для расщепления белков как в растворах, так и в гелях. Происхождение фермента - Lysobacter enzymogenes.
Фермент yDcpS для декэпирования мРНК (арт. M0463 S)
Фермент гидролизует фосфодиэфирные связи между γ- и β-фосфатными группами в m7G-кэпированной (Cap0) или m7GpppNm-кэпированной (Cap1) мРНК. В результате реакции образуется мРНК с дифосфорилированными 5’-концами и m7GMP. Фермент получают путем экспрессии гена DCS1 дрожжей S. cerevisiae в E.coli.
Tte UvrD ДНК-геликаза (арт. M1202 S)
Представляет собой термостабильную ДНК-геликазу термофильных бактерий Thermoanaerobacter tengcongensis. При использовании в качестве добавки в реакционную смесь фермент повышает специфичность изотермической амплификации, например при работе с Набором для петлевой изотермической WarmStart® амплификации ДНК и РНК. Tte UvrD ДНК-геликаза является частью проекта Enzyme for Innovation (EFI), в рамках которого компания New England Biolabs предлагает научному сообществу ферменты с уникальными и необычными свойствами.
Эндонуклеаза рестрикции AleI-v2 (арт. R0685 L/S)
Представляет собой улучшенную версию рестриктазы AleI. Новый фермент так же получают из штамма E.coli, экспрессирующего ген AleI Aureobacterium liquefaciens. Однако благодаря особым модификациям нуклеотидной последовательности гена рестриктазу AleI-v2 можно хранить при температуре -20°C. В то время как предыдущая версия требовала более низкой температуры: -80°C.
Эндонуклеаза рестрикции PsiI-v2 (Time-Saver™) (арт. R0744 L/S)
Представляет собой усовершенствованную версию рестриктазы PsiI. Новый фермент так же получают из штамма E.coli, экспрессирующего ген PsiI Pseudomonas species SE-G49. Но благодаря особым модификациям нуклеотидной последовательности гена рестриктаза PsiI-v2 приобрела статус Time-Saver™. То есть с ее помощью можно разрезать субстрат ДНК за 5-15 минут.
Штатив NEBNext® для микропробирок объемом 0,2 мл для магнитного разделения (арт. S1515 S)
Представляет собой штатив из анодированного алюминия с неодимферроборовыми (NdFeB) магнитами (самыми сильными из коммерчески доступных магнитов). Имеет 24 лунки для пробирок объемом 0,2 мл. Также можно использовать со стрипами из 8 или 12 пробирок. Предназначен для использования на этапах очистки библиотек ДНК и отбору по размеру с помощью магнитных частиц в протоколах пробоподготовки к секвенированию следующего поколения.
Штатив Monarch® для микропробирок объемом 0,5 и 1,5/2,0 мл (арт. T5020 S)
Представляет собой двухсторонний штатив, с одной стороны которого предусмотрено 48 мест для пробирок объемом 0,5 мл, а с другой – 48 мест для пробирок объемом 1,5/2,0 мл. Выполнен из пластика, неиспользованного при изготовлении спин-колонок для наборов линейки Monarch®. В комплект поставки входят 2 штатива.
Продукты New England Biolabs, снятые с производства
| Сняты с производства | Замена | ||
| Артикул | Наименование | Артикул | Наименование |
| M0290 L/S | Щелочная фосфатаза из кишечника теленка | M0525 L/S | Быстрая щелочная фосфатаза из кишечника теленка |
| M0508 L/S | Набор для быстрого дефосфорилирования | M0525 L/S | Быстрая щелочная фосфатаза из кишечника теленка |
| P7704 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (10-200 кДа), неокрашенный | P7717 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (10-200 кДа), неокрашенный |
| P7706 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (11-190 кДа), предокрашенный синий | P7718 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (11-250 кДа), предокрашенный синий |
| P7712 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (11-245 кДа), предокрашенный разноцветный | P7719 L/S | Маркер молекулярной массы белков широкого спектра (10-250 кДа), предокрашенный разноцветный |
| R0634 L/S | Эндонуклеаза рестрикции AleI | R0685 L/S | Эндонуклеаза рестрикции AleI-v2 |
| R0657 L/S | Эндонуклеаза рестрикции PsiI | R0744 L/S | Эндонуклеаза рестрикции PsiI-v2 |
| S9107 S | Флуоресцентный субстрат SNAP-Cell® Fluorescein | Нет | |
| B9005 S | Буфер ThermoPol® II для термофильных полимераз (не содержит Mg) | ||
| M0394 L/S | АТФ-сульфурилаза | ||
