Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

#55 Преимущества нанопорового секвенирования для идентификации бактерий-патогенов

17.08.2018

Стандартные методы идентификации патогенных агентов включают этап культивирования, за счёт чего общее время исследования может занимать от двух-трёх дней до нескольких недель. Кроме того, далеко не все виды патогенных бактерий возможно культивировать в лабораторных условиях.

Секвенирование ДНК заметно увеличивает скорость проведения таких исследований. Однако только с открытием нанопорового секвенирования удалось сократить время получения результата до 2-4 часов (рис.1). В будущем эта технология позволит вносить корректировки в схему терапии антибиотиками и значительно ускорит переход от препаратов общего спектра к специфичным, а также быстрее перейти на препараты второй и последующих линий.

11.png

Рисунок 1

Бактериальный состав образца плеврального выпота у пациента с эмпиемой, выявленный в результате нанопорового секвенирования на MinION в различные промежутки времени. (рисунок предоставлен проф. Иманиши, Tokai University School of Medicine, Канагава, Япония)

Нанопоровое секвенирование позволяет быстро и эффективно изучать резистентность к антибиотикам.

Своевременное изучение такой проблемы, как антибиотикорезистнетность, позволит в будущем предотвратить усиление этого эффекта и его распространение на различные штаммы. Нанопоровое секвенирование позволяет изучать резистентность к антибиотикам уже на стадии образца метагенома, без этапа выделения и культивирования бактериальных клеток. Кроме этого, секвенирование на нанопорах даёт более полную информацию о AMR-профиле по сравнению с технологиями NGS, генерирующими короткие прочтения.

Нанопоровое секвенирование успешно применялось для анализа антибиотикорезистентности как в качестве отдельно взятого тула, так и в комплексе с другими методиками. В обоих случаях успешно удавалось изучить сложные регионы с повторами. Длинные прочтения идеально подходят для изучения новых и уже известных бактериальных генов, перестройки в которых обеспечивают устойчивость к антибиотикам.

122.png

Рисунок 2

Нанопоровое секвенирование помогло исследовать гены резистентности к антибиотикам. Длинные прочтения, содержащие гены резистентности aadA и dfrA оказались на 99% идентичны интегрону Salmonella enterica и плазмиде E.Coli pH1038-142. С помощью нанопоровых ридов удалось установить, что регион attC (фланкирует опероны, ассоциированные с резистентностью) фланкирует ген aadA и расположен рядом с ybeA (обнаружен в интегронах класса 2). (рисунок предоставлен проф. Соммером, Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability, Датский технический университет, Люнгбю, Дания).



кнопка подписки.jpg

Вебинары

Подробнее о вебинаре
Вебинар "Варианты подготовки NGS-библиотек" 13 августа!

Акции

Акция на реагенты AJ.jpg
Акция: скидка 15% на реагенты Analytik Jena со склада!

Aкция SkyGen
Акция: бонус при покупке экспресс-тестов для диагностики COVID-19!

Новости


картинка новость 14.08 панели на патогены.jpg
Новости компании Agilent Technologies!

Перейти к новости
Новые решения в портфолио 10x Genomics!

Новый набор NEB
Новый набор для детекции коронавируса SARS-CoV-2 от New England Biolabs

биомолтекст.jpg
SkyGen - спонсор "Био/мол/текст"-2020/2021!

Реагенты для диагностики COVID-19 в портфеле SkyGen
Реагенты для диагностики COVID-19 в портфеле SkyGen!

Свежие обзоры

выделение НК.jpg
Очистка нуклеиновых кислот: многообразие методов и подходов

#18 Реагенты для диагностики COVID-19 в портфолио SkyGen
Реагенты для диагностики COVID-19 в портфолио SkyGen

Обогащение длинных фрагментов генома с помощью нуклеазы Cas9 от Oxford Nanopore Technologies Новый метод обогащения длинных фрагментов генома с помощью нуклеазы Cas9 от Oxford Nanopore Technologies

Петлевая изотермическая амплификация ДНК и РНК Петлевая изотермическая амплификация ДНК и РНК (LAMP и RT-LAMP): решения New England Biolabs

Автоматизация-шаг в будущее.jpg Автоматизация лаборатории – шаг в будущее. Индивидуальный подход от компании Analytik Jena

62 Новое решение Visium от 10x Genomics для анализа пространственной экспрессии генов
Новое решение Visium от 10x Genomics для анализа пространственной экспрессии генов

Мы в соцсетях

© 2012-2020 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой