#52 Обзор по гликобиологии

Данный обзор представляет класс продуктов от компании New EnglandBiolabs, решающих задачи гликобиологии и модификации протеинов. Все реагенты проходят несколько этапов контроля, что гарантирует высочайшее качество реактивов. Компания SkyGen предлагает большой спектр ферментов, обеспечивающих решение всех возможных задач.

Гликозилирование является одним из самых распространённых посттрансляционных модификаций белков (см. Рис.1). N-связанное гликозилирование возникает, когда гликаны присоединяются к остаткам аспарагина. O-связанное гликозилирование происходит по остаткам серина и треонина.

Рис. 1. Схема гликопротеина с N- и O-связанным гликозилированием.

Существует два способа отделения олигосахаридов от гликопротеинов: химический и ферментативный. Химические методы зачастую удаляют не все олигосахариды или приводят к частичной деградации гликопротеинов, в то время как ферментативное удаление гликанов проходит в более мягких условиях и его эффективность выше.

В портфеле NEB есть несколько больших семейств ферментов:

• Дегликозилирующие энзимы - поставляются как в виде готовой смеси для дегликозилации, так и в виде отдельных ферментов.
• Для удаления N-связанных гликанов можно воспользоваться пептид-N-гликозидазой F (PNgase F), серией Remove-lt эндогликозидазами (Endo S, Endo D, PNgase F), эндогликозидазой Н, а для удаления О-связанных гликанов - O-эндогликозидазой. 
• Экзогликозидазы: нейроаминидаза, ~N-ацетилглюкозаминидаза, а1 -2-фукозидаза, различные варианты маннозидаз, галактозидаз и ацетилгексоаминидаз.
• Гепариназы (bacteroides гепариназы 1, 11, 111) для дегликозилации гликозаминогликанов.
• И, наконец, широко представлены такие ферменты как протеазы, протеиновые фосфатазы (и ингибиторы), протеинкиназы, маркеры для белковых гелей, а также наборы для работы с фаговым дисплеем.

Сравнение специфичности эндогликозидаз от компании NEB

Эндогликозидаза	Источник	Специфичность
Эндогликозидаза H	Streptomyces picatus
Эндогликозидаза Hf
Пептид-N-гликозидаза F	Elizabethkingia miricola
Remove-iT® пептид-N-гликозидаза F
Пептид-N-гликозидаза F рекомбинантная	Elizabethkingia miricola
Пептид-N-гликозидаза А	Oryza sativa
Rapid™ пептид N-гликозидаза F
Rapid™ пептид N-гликозидаза F (невосстанавливающая)
Эндогликозидаза S	Streptococcus pyogenes
Эндогликозидаза D	Streptococcus pneumoniae
Эндогликозидаза F2	Elizabethkingia miricola
Эндогликозидаза F3	Elizabethkingia miricola
O-гликозидаза	Enterococcus foecalis
Смесь для дегликозилирования белков II	Смесь эндогликозидаз позволяет удалить все N- и O- связанные гликаны

Легенда:

Сравнение специфичности экзогликозидаз от компании NEB

Эндогликозидаза	Источник	Специфичность
α2-3,6,8 Нейраминидаза	Clostridium perfringens
α2-3,6,8,9 Нейраминидаза А	Arthrobacter ureafaciens
α2-3 Нейраминидаза S	Streptococcus pneumoniae
β-N-Ацетилгексозаминидаза F	Streptomyces plicatus
β-N-Ацетилглюкозоаминидаза S	Streptococcus pneumoniae
α1-2 Фукозидаза	Xanthamonas manihotis
α1-2,3,4,6 Фукозидаза	Bovine kidney
α1-2,4,6 Фукозидаза О	Omnitrophica bacterium
α1-3,4 Фукозидаза	Almond meal
β1-3 Галактозидаза	Xanthamonas manihotis
β1-4 Галактозидаза S	Streptococcus pneumoniae
β1-3,4 Галактозидаза	Bovine testis
α1-6 Маннозидаза	Xanthamonas manihotis
α1-2,3 Маннозидаза	Xanthamonas manihotis
α1-2,3,6 Маннозидаза	Jack Bean
α1-3,6 Галактозидаза	Xanthamonas manihotis
α1-3,4,6 Галактозидаза	Green coffee bean
α-N-Ацетилгалактозаминидаза	Chryseobacterium meningosepticum

Легенда: