#50 Обзор высокопроизводительного нанопорового секвенатора GridION X5

Если вы хотите применить новую технологию нанопорового секвенирования для реализации больших проектов, то GridION X5 разработан специально для вас!

 GridION X5 – это компактная настольная система, предназначенная для запуска и анализа до пяти проточных ячеек MinION. Он идеально подходит для лабораторий с различными проектами, которые нуждаются в преимуществах нанопорового секвенирования: простая подготовка библиотек, анализ в реальном времени и получение длинных ридов. Установив GridION X5, вы можете сертифицировать свою лабораторию и предлагать эксклюзивные услуги по секвенированию.

GridION X5 позволяет проводить до пяти независимых экспериментов одновременно или выполнять один большой проект. Текущая версия химии и программного обеспечения позволяет генерировать до 100 Gb данных во время одного запуска GridION X5, а вычислительный модуль способен анализировать эти данные в реальном времени.

Возможность работать с пятью независимыми ячейками позволит максимально эффективно использовать прибор GridION X5:

1)      Оптимизировать стоимость запуска при анализе малого числа образцов (возможен запуск с одной ячейкой);

2)      Возможен запуск прибора с различными типами образцов или библиотеками на независимо работающих ячейках (полногеномный анализ, метагеномный 16S анализ, секвенирование ампликонов и т.п.)

Кроме этого, прибор GridION X5 можно остановить в любой момент работы при получении необходимой информации об образце. Далее вы можете промыть ячейку с помощью буфера и запустить ее повторно!

Посмотреть видеодемонстрацию запуска GridION X5 вы можете, перейдя по ссылке.

 Уникальная технология секвенирования GridION X5 позволяет анализировать фрагменты ДНК большой длины: до 1 000 000 п.о. Это дает преимущества при обработке данных и получения наилучших результатов при сборке геномов человека или растений, анализе повторов и сложных генетических регионов, проведения гибридной сборки с данными Illumina или Ion Torrent, а также уточнения уже секвенированных геномов.

Технология Oxford Nanopore Technologies впервые в мире позволяет секвенировать РНК напрямую, без постановки обратной транскрипции и получения кДНК. Это сделало возможным напрямую секвенировать РНК-содержащие вирусы, анализировать профили экспрессии генов клеток и получать информацию о полноразмерных транскриптах.

Итак, отличительные особенности секвенатора GridION X5 на основе нанопор:

·         Длина чтения фрагментов ДНК: до 1 000 000 п.о.

·         Общая производительность: до 100 млрд. п.о.

·         Гибкость в работе: одновременная работа до 5 проточных ячеек – каждая способна прочитать по 20 млрд. п.о.

·         Прямой анализ РНК без проведения этапа синтеза кДНК 

Благодаря мощному встроенному компьютеру, прибору GridION X5 не нужен дополнительный сервер, что упростит и удешевит эксплуатацию прибора и оснащение помещения. Все данные секвенирования GridION X5 хранятся локально в лаборатории и не передаются на хранение на внешние сервера заграницей.

Спецификации встроенного компьютера GridION X5:

• 4 TB SSD
• 64 GB RAM
• Процессор последнего поколения
• Поддержка basecalling в режиме реального времени
• Программное обеспечение для запуска и анализа данных уже предустановлено на приборе
• Linux OS

Данные с прибора можно передавать через локальную сеть.

Несмотря на уникальность технологии, прибор GridION позволяет генерировать файлы стандартного формата (FASTQ), которые можно обрабатывать практически всеми доступными биоинформатическими инструментами.

Выбираете нанопоровый секвенатор? Выберите GridION X5, если вы:

·         планируете осуществлять сервис по секвенированию

·         ответственны за Центр коллективного пользования

·         работаете над большими проектами (50 - 100 Gb за 48 часов)

·         хотели бы проводить basecalling сразу на приборе

Более подробную консультацию по секвенаторам Oxford Nanopore Technologies вы можете получить у наших специалистов, позвонив по телефону +7 (495) 215-02-22 или бесплатной линии 8 (800) 333-12-26 или отправив вопрос по адресу [email protected].