Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

#22 Набор NEBNext Quant для количественной характеристики библиотек NGS для платформы Illumina методом реал-тайм ПЦР

29.06.2015

На сегодняшний день, все исследователи, кто готовит библиотеки для секвенирования NGS на платформе Illumina, нуждаются в точном способе количественной характеристики приготовленных библиотек. Это является важным этапом, и обеспечивает оптимальный процесс генерации кластеров. Платформа Illumina требует использования библиотек высокого качества определенной концентрации.

Набор NEBNext Quant для Illumina позволяет аккуратно провести определение количества NGS библиотек, и сочетает в себе высокое качество и доступную стоимость. Набор позволяет характеризовать различные типы библиотек, которые приготовлены для секвенирования на платформе Illumina. Набор основан на технологии qPCR.

Набор NEBNext Quant совместим и протестирован со всеми наборами и модулями для создания библиотек NEBNext для Illumina.

quant1.png

Рис 1. Результаты, полученные с помощью набора NEBNext Quant на приборах Bio-Rad CFX96 Touch (A) и Applied Biosystems 7500 Fast для реал-тайм амплификации (B). Кривые амплификации показаны слева и после стандартизации справа. Все параметры при использовании платформ были выставлены по умолчанию. При использовании ABI 7500 Fast использовали 1X ROX (низкая концентрация) и нормализация по ROX.

Прекрасное разрешение

  • Превосходная аккуратность определения количества и корреляции с плотностью кластеров
  • Воспроизводимость результатов
  • Одинаковая консистентность от лота к лоту
  • 4 внутренних стандарта
  • Разбавление поставляемого буфера
  • Одинаковое время удлинения для всех библиотек, вне зависимости от размера вставки
  • Готовая смесь Quant требует добавления лишь праймеров, что уменьшает раскапывания
  • Применение

  • количественная характеристика библиотек для секвенирования Illumina
  • Для достижения более высокого качества секвенирования, плотность кластеров должна быть оптимальной, и количество библиотеки, которая берется для генерации кластеров должна быть внутри специфического разброса - для достижения оптимального секвенирования

    В дополнение, при введении мультплексированной библиотеки, смесь должна быть эквимолярна для каждой из библиотек, это требует определения количества библиотеки также. Как видно на рисунке о генерации кластеров, фрагменты должны иметь адаптеры на каждом конце.

    Компоненты набора:

  • Готовая смесь NEBNext Quant
  • Готовая смесь праймеров NEBNext Quant
  • ДНК стандарты 1-4 NEBNext Quant
  • Буфер для разбавления NEBNext библиотек (10X)
  • Краситель ROX (низкой концентрации)
  • Краситель ROX (высокой концентрации)
  • quant2.png

    Рис. 2. qПЦР обеспечивает меньший разброс в данных по концентрации NGS-библиотеки по сравнению с анализом при помощи Bioanalyzer®

    Концентрации 4 библиотек определялись при помощи NEBNext Quant (оранжевый и результаты сопоставлялись с результатами определения полученными при помощи Aglient Bioanalyzer (голубой цвет). Видно, что разброс результатов, полученных при помощи набора NEBNext, в основе которое лежит qPCR, меньше, чем разброс данных, полученных при помощи Bioanalyzer.

    quant3.png

    Рис.3. Повышенная воспроизводимость результатов оценки количества библиотеки с использованием набора NEBNext Quant

     

    Три NGS библиотеки, с длиной фрагментов 340–400 п.о. характеризовались с использованием 4 различных исследователей 2–4 раза с использованием набора NEBNext или KapaTM Library Quantification Kit (универсальный). Значительное улучшение результатов и уменьшение разброса наблюдались для концентраций библиотек с использованием NEBNext Kit (оранжевый) по сравнению с Kapa kit (серый).

    quant4.png

    Рис.4. Меньший разброс результатов с использованием различных лотом стандартов с использованием NEBNext Quant

    Аккуратное определение с помощью qPCR требует использование использование ДНК чрезвычайного высокого качества с известной концентрацией. Набор NEBNext Quant содержит 4 стандартов полученных с высоким уровнем точности и низким разбросом. Этот рисунок показывает данные за >70 суммарного количества runs из 4 лотов обоих наборов NEBNext (оранжевый) и Kapa (серый) стандартов, со всеми Cq значениями на графике. NEBNext стандарты библиотек показывает более низкую вариацию в Cq, в результате получается меньший разброс в результатах изменения концентрации.

    quant5.png

    Рис.5.Набор NEBNext Quant позволяет получить оптимальные концентрации плотности кластеров.

    7 различных библиотек были проанализированы с использованием набора NEBNext Quant (оранжевый) или набора Kapa Library Quantification Kit (универсальный) (серый). Концентрация неразбавленной библиотеки находилась в области от 2–200 нM. Библиотеки были разбавлены до 8 pM и загружены в MiSeq® (химия v2; MCS v2.4.1.3). Концентрации библиотек с использованием набора NEBNext характеризовались в примерной средней плотности 1160 к/мм2, напрямую в оптимальный диапазон 900–1300 к/мм2. Для сравнения, библиотеки, определенные при помощи Kapa в среднем в среднем 660 к/мм2.

    quant6.png

    Рис.6. Оптимальная плотность кластеров может быть достигнута с использованием набора NEBNext Quant, при использовании его для большого разброса библиотек различного размера и GC-состава.

    Библиотеки с размером 310–963 п.о. из указанных источников были охарактеризованы при помощи NEBNext Quant, then diluted to 8 pM and loaded onto a MiSeq (v2 chemistry; MCS v2.4.1.3). Концентрация библиотек была в пределах 7–120 нM, и результирующая концентрация плотности кластеров для всех библиотек была 965–1300 к/мм2 (в среднем =1199). Оптимальная цоенцентрация кластеров достигалась с использованием набора NEBNext Quant для библиотек всех размеров.

    quant7.png

    Рис.7. Точная оценка количества библиотеки NGS для различного спектра различных размеров библиотек GC-состава.

    Выборка нескольких библиотек были количественно охарактеризованы при помощи NEBNext Quant. Библиотеки были распределены по размеру, начиная от маленького размера (sRNA, FFPE) длиной150–230 п.о. до более длинных, длиной до 980 п.о. использовали большое количество различных источников, GC-состав варьировали от 20 до 70%, что показано при помощи цвета текста на рисункею. Библиотеки были подготовлены с использованием наборов для пробоподготовки NEBNext, Illumina TruSeq® Nano and Kapa Hyper (данные не представлены). Не было выявлено зависимости от размера или GC-состава библиотек во время определения концентрации библиотек с использованием NEBNext.

    Материалы, которые не поставляются, но требуются для реализации протокола:

  • Вода без нуклеаз
  • qPCR амплификатор
  • пластик для проведения qPCR
  • пробирки в ПЦР-стрипах или же микроцентрифужные пробирки
  • конические центрифужные пробирки
  • Все компоненты набора NEBNext Quant для Illumina могут храниться при –20°C в течение 2-х лет. Количество возможных циклов замораживания/размораживания для компонентов набора, включая готовую смесь NEBNext Quant и смесь праймеров - 30.

    После добавления смеси праймеров к готовой смеси NEBNext Quant (см. протокол на странице 6), полученная смесь может храниться при –20°C в течение 7 месяцев. Для быстрого использования, эта смесь может храниться при 4°C в течение 6 недель.

    Реакции могут готовиться при комнатной температуре, но неиспользованные части набора должны храниться на льду после раpмораживания.

    кнопка подписки.jpg

    Вебинары

    Подробнее о вебинаре
    Вебинар "Варианты подготовки NGS-библиотек" 13 августа!

    Акции

    Акция на реагенты AJ.jpg
    Акция: скидка 15% на реагенты Analytik Jena со склада!

    Aкция SkyGen
    Акция: бонус при покупке экспресс-тестов для диагностики COVID-19!

    Новости


    картинка новость 14.08 панели на патогены.jpg
    Новости компании Agilent Technologies!

    Перейти к новости
    Новые решения в портфолио 10x Genomics!

    Новый набор NEB
    Новый набор для детекции коронавируса SARS-CoV-2 от New England Biolabs

    биомолтекст.jpg
    SkyGen - спонсор "Био/мол/текст"-2020/2021!

    Реагенты для диагностики COVID-19 в портфеле SkyGen
    Реагенты для диагностики COVID-19 в портфеле SkyGen!

    Свежие обзоры

    выделение НК.jpg
    Очистка нуклеиновых кислот: многообразие методов и подходов

    #18 Реагенты для диагностики COVID-19 в портфолио SkyGen
    Реагенты для диагностики COVID-19 в портфолио SkyGen

    Обогащение длинных фрагментов генома с помощью нуклеазы Cas9 от Oxford Nanopore Technologies Новый метод обогащения длинных фрагментов генома с помощью нуклеазы Cas9 от Oxford Nanopore Technologies

    Петлевая изотермическая амплификация ДНК и РНК Петлевая изотермическая амплификация ДНК и РНК (LAMP и RT-LAMP): решения New England Biolabs

    Автоматизация-шаг в будущее.jpg Автоматизация лаборатории – шаг в будущее. Индивидуальный подход от компании Analytik Jena

    62 Новое решение Visium от 10x Genomics для анализа пространственной экспрессии генов
    Новое решение Visium от 10x Genomics для анализа пространственной экспрессии генов

    Мы в соцсетях

    © 2012-2020 SkyGen
    Информация и цены на сайте не являются публичной офертой