Метод Гибсона позволяет успешно производить сборку множества фрагментов ДНК, невзирая на длину фрагментов и степень совместимости их концов друг с другом. Вскоре после первого применения метод Гибсона был адаптирован для нужд синтетической биологии. Сегодня методика широко применяется благодаря своей простоте, возможности применения для больших конструкций ДНК, и тому, что она легко подстраивается для любой конкретной задачи.
Предлагаемый набор позволяет эффективно сшивать большое количество фрагментов ДНК с перекрывающимися концами в одной изотермальной реакционной смеси (1,2) и может быть реализован на практике при помощи продукта компании Gibson Assembly Master Mix (NEB by Synthetic Genomics).
Реакционная смесь продукта включает в себя три различных энзиматических реактива, функционирование которых обеспечивется единым буферным раствором:
На рисунке представлена принципиальная схема, которая лежит в основе методики. После охлаждения реакционной смеси получают непрерывные двухцепочечные фрагменты ДНК, которые могут быть использованы далее для ПЦР, циклической амплификации или в других биологических процессах, включая прямую трансформацию. Данный метод был использован группой Гибсона и другими для сборки олигонуклеотидов длиной до нескольких сотен тысяч п.о., обладавших длиной перекрывающихся фрагментов от 15 до 80 п.о. (1-3).
Основными преимуществами Gibson Assembly Master Mix, которые привлекают пользователей являются:
Gibson Assembly Maser Mix эффективно обеспечивает сборку фрагментов ДНК различной сложности, и может быть выбран исследователями при сборке двухцепочечной ДНК из большого количества частей. Так, фрагменты ДНК, полученные сшиванием 6 фрагментов с использованием набора, были использованы для трансформации. Полученные колонии были протестированы на наличие собранного фрагмента ДНК. Проводили ПЦР с использованием праймеров для амплификации всего фрагмента целиком, и наблюдали 100% правильность собранных фрагментов.
Как уже упоминалось выше, Gibson Assembly Master Mix может быть использован для сборки фрагментов непосредственно после реакции ПЦР, без колоночного очищения или экстракции хлороформом/фенолом.
Некоторые советы по использованию помогут упросить работу с Gibson Assembly Master Mix и обеспечить успешную сборку и последующую трансформацию собранного фрагмента ДНК:
Дополнительная информация о Gibson Assembly Master Mix может быть также получена на следующих ресурсах: https://www.syntheticgenomics.com и https://www.jcvi.org
Если Вы заинтересовались новым продуктом, Gibson Assembly Master Mix можно ЗАКАЗАТЬ.
Присоединяйтесь к нам в Telegram!
Вебинары
Новости
Oxford Nanopore Technologies объявили о сотрудничестве с 10x Genomics
Мы в соцсетях