#12 Интерактивные Online инструменты от компании New England Biolabs

New England Biolabs предлагает установить на смартфон мобильное приложение NEBtools и воспользоваться разнообразными интерактивными онлайн-инструментами. Таким образом, планирование эксперимента в современной лаборатории становится еще проще!

Мобильное приложение NEB существует на английском языке для наиболее популярных платформ - iOS и Android.

При помощи мобильного приложения NEBTools вы сможете:

• Использовать Enzyme Finder для того, чтобы выбрать рестриктазу по категории и сайту узнавания.
• Найти информация о каждом ферменте NEB
• Отсортировать списки ферментов по желаемому признаку
• Отправить найденные результаты на ваш email
• Найти подходящий буферный раствор при планировании эксперимента с несколькими рестриктазами в одной реакционной смеси
• Быстро и легко выбрать высокоточные и сберегающие время ферменты и готовые смеси
• Спланировать ваш эксперимент и получить нужную информацию, в том числе о рестриктазах с помощью мобильного телефона, находясь вне лаборатории

Полный список доступных приложений на английском языке можно найти тут, а ниже мы остановимся на каждом приложении подробнее.

1. Инструмент для картирования ДНК-последовательностей – DNAsequenceMap.

Используйте инструмент для картирования ДНК-последовательностей, чтобы найти и получить информацию о последовательности наиболее популярных плазмид, векторов вирусов и бактериофагов.

Информацию о последовательностях векторов плазмид, генетических картах вирусов и бактериофагов, из каталога New England Biolabs, вместе с таблицами расположения сайтов узнавания рестриктаз можно скачать виде pdf файлов. Последовательности находятся в формате FASTA и/или GenBank.

2. Для планирования эксперимента по клонированию воспользуйтесь NEBcloner™.

Если вы используете традиционные методы клонирования, используйте этот инструмент, чтобы подобрать ферменты и протоколы, которые потребуются для каждого этапа клонирования (расщепление, модификация концов, лигирование, трансформация и др.).

3. Вам необходимо заменить одно или несколько оснований в последовательности - вам поможет NEBaseChanger.

NEBaseChanger можно использовать для дизайна специфических праймеров, при планировании экспериментов по мутагенезу, который проводится с использованием, например Q5® набора для сайт-направленного мутагенеза. Этот инструмент также подсчитает рекомендуемую температуру отжига на основании информации о праймерах, принимая в расчет несовпадающие пары оснований.

4. Инструмент для выбора ДНК-полимераз PCRSelector.

Используйте PCRSelector для того, чтобы выбрать подходящую ДНК-полимеразу для планируемого ПЦР-эксперимента. Работаете ли вы с длинным или сложным ампликоном, GC-богатым или с образцом, представленным в единственном экземпляре, при помощи PCRSelector возможно подобрать правильную ДНК-полимеразу и ее формат.

5. Инструмент для подбора условий одновременного использования двух и более рестриктаз Double Digest Finder.

Используйте этот инструмент для правильного подбора буферного раствора, при постановке реакции с использованием двух и более рестриктаз, чтобы сэкономить свое время, уменьшить неспецифическую активность активность и уменьшить потери образца во время очистки.

6. Калькулятор температуры отжига праймеров TmCalculator.

Используйте этот инструмент при создании протокола ПЦР для подсчета оптимальной температуры отжига праймеров для конкретного эксперимента. Введите в качестве исходных параметров название ДНК-полимеразы, концентрацию праймеров, и их последовательность. Получите в результате рекомендуемую температуру отжига праймеров.

7. Инструмент для планирования реакции с рестриктазами NEBCutter v.2.0.

Введите исходную последовательность ДНК и найдите все сайты узнавания для всех рестриктаз типа II и коммерчески доступных рестриктаз типа III, которые имеют лишь по одному сайту узнавания участок лишь один раз. Программа учитывает как все рестриктазы, доступные у New England Biolabs, так и другие ферменты.

Максимальный размер вводимого файла последовательности составляет 1 Мб, и максимальная длина последовательности - 300 тысяч оснований. Также программа посчитает частоту разрезания и чувствительность к степени метилирования.

8. Если вы используете наборы для сборки конструкций Gibson Assembly® или NEBuilder® от NEB, вам потребуется инструмент NEBuilder® Assembly Tool.

NEBuilder® Assembly Tool можно использовать для дизайна праймеров для проведения сборки методом Гибсона, основываясь на введенной последовательности фрагментов, а также ДНК-полимеразы, которая должна использоваться для амплификации. Важно указать количество фрагментов, из которых должна производиться сборка, и тип фермента для ПЦР. Фрагменты могут быть удалены, перегруппированы. В результате вы получаете список требуемых праймеров, температуры отжига и финальную последовательность собираемой конструкции.

9. Найдите свой фермент с Enzyme Finder.

С помощью этого инструмента вы сможете найти эндонуклеазу рестрикции по имени, сайту узнавания, типу или степени перекрывания. Укажите свою последовательность, и программа укажет правильные ферменты для разрезания.

10. При помощи NEB Golden Gate Assembly Tool можно автоматизировать in silico дизайн ДНК-конструкций с использованием метода Golden Gate

При помощи инструмента вы сможете:

• импортировать последовательности в большом количестве форматов, выбрать фрагменты для сборки,
• сделать автоматический дизайн праймеров для создания совмещаемых концов или с использованием существующих сайтов разрезания,
• сделать дизайн подходящих праймеров и введения точечных мутаций,

11. NEBioCalculator®

Используйте инструмент для подсчетов и перевода единиц для ДНК и РНК. Возможно конвертировать массу в моли, перевести о.е. в концентрацию, разбавление и молярность.

12. База данных InBase.

Интеины являются последовательностями, которые разрушают кодирующий регион в гене хозяина. В отличие от интронов, интеины вырезаются послетрансляционно из предшественника протеина при помощи самокатализируемого механизма сплайсинга пртеинов. InBase описывает действие интеинов, включает в себя их список и их свойства. Возможно найти информацию о таких свойствах, как: прототип, эндонуклеазную активность, расположение вырезаемых участков, комментарии по сайту вставки, открывателей и ссылки на литературу.

13. База данных PolBase.

Polbase является хранилищем биохимических, генетической и структурной информации о ДНК-полимеразах.

14. База данных REBASE.

Используйте этот инструмент в качестве гида в постоянно-меняющемся мире рестриктаз. REBASE - это, динамическая, постоянно обновляемая база данных рестриктаз и связанных с ними протеинов.

Мы надеемся, что использование данных программ существенно упростит работу в вашей лаборатории!