Реактивы и оборудование
для лабораторий
0

#12 Интерактивные Online инструменты от компании New England Biolabs

21.01.2015

New England Biolabs предлагает мобильное приложение на телефон NEB Tool и разнообразные интерактивные онлайн-инструменты. Таким образом, планирование эксперимента в современной лаборатории становится еще проще!

Мобильное приложение NEB существует на английском языке для наиболее популярных платформ - iPhone и Android.

При помощи мобильного приложения NEBTools вы сможете:

  • Использовать Enzyme Finder для того, чтобы выбрать рестриктазу по категории и сайту узнавания.
  • Найти информация о каждом ферменте NEB
  • Отсортировать списки ферментов по желаемому признаку
  • Отправить найденные результаты на ваш email
  • Найти подходящий буферный раствор при планировании эксперимента с несколькими рестриктазами в одной реакционной смеси
  • Быстро и просто выбрать высокоточные и сберегающие время ферменты и готовые смеси
  • Спланировать ваш эксперимент и получить нужную информацию, в том числе о рестриктазах с помощью мобильного телефона, находясь вне лаборатории
  • Полный список доступных приложений на английском языке можно найти тут, а ниже мы остановимся на каждом приложении подробнее.

    1. Инструмент для картирования ДНК-последовательностей - DNAsequenceMap

    Используйте инструмент для картирования ДНК-последовательностей, чтобы найти и получить информацию о последовательности наиболее популярных плазмид, векторов вирусов и бактериофагов.

    Информацию о последовательностях векторов плазмид, генетических картах вирусов и бактериофагов, из каталога New England Biolabs, вместе с таблицами расположения сайтов узнавания рестриктаз можно скачать виде pdf файлов. Последовательности находятся в формате FASTA и/или GenBank.

    2. Для планирования эксперимента по клонированию воспользуйтесь NEBcloner™

    Если вы используете традиционные методы клонирования, используйте этот инструмент для того чтобы подобрать ферменты и протоколы, которые потребуются для каждого этапа клонировнаия (расщепление, модификация концов, лигирование, трансформация и др.).

    3. Вам необходимо заменить одно или несколько оснований в последовательности - вам поможет NEBaseChanger

    NEBaseChanger_WebTool_NEB.png

    NEBaseChanger может быть использован для дизайна специфических праймеров, при планировании экспериментов по мутагенезу, который проводится с использованием, например Q5® набора для сайт-направленного мутагенеза. Этот инструмент также подсчитает рекомендуемую температуру отжига на основании информации о праймерах, принимая в расчет несовпадающие пары оснований.

    4. Инструмент для выбора ДНК-полимераз PCRSelector

    PCRSelector_WebTool_NEB.png

    Используйте PCRSelector для того, чтобы выбрать подходящую ДНК-полимеразу для планируемого ПЦР-эксперимента. Работаете ли вы с длинным или сложным ампликоном, GC-богатым или с образцом, представленным в единственном экземпляре, при помощи PCRSelector возможно подобрать правильную ДНК-полимеразу и ее формат.

    5. Инструмент для подбора условий одновременного использования двух и более рестриктаз Double Digest Finder

    DoubleDigestFinder_WebTool_NEB.png

    Используйте этот инструмент для правильного подбора буферного раствора, при постановке реакции с использованием двух и более рестриктаз, чтобы сэкономить свое время, уменьшить звездчатую активность и уменьшить потери образца во время очистки.

    6. Калькулятор температуры отжига праймеров TmCalculator

    TmCalculator_WebTool_NEB.png

    Используйте этот инструмент при создании протокола ПЦР для подсчета оптимальной температуры отжига праймеров для конкретного эксперимента. Введите в качестве исходных параметров название ДНК-полимеразы, концентрацию праймеров, и их последовательность. Получите в результате рекомендуемую температуру отжига праймеров.

    7. Инструмент для планирования реакции с рестриктазамиNEBCutter v.2

    NEBCutter_WebTool_NEB.png

    Введите свою исходную последовательность ДНК, и найдите все сайты узнавания для всех рестриктаз типа II и коммерчески доступных рестриктаз типа III, которые имеют лишь по одному сайту узнавания участок лишь один раз. Программа учитывает как все рестриктазы, доступные у New England Biolabs, так и другие ферменты.

    Максимальный размер вводимого файла последовательности составляет 1 Мб, и максимальная длина последовательности - 300 тысяч оснований. Также программа посчитает частоту разрезания и чувствительность к степени метилирования.

    8. Если вы используете наборы для лигирования Gibson Assembly или NEBuilder от NEB - вам потребуется инструментNEBuilder Assembly Tool.

    NEBuilder_hifi_logo.png

    NEBuilder® Assembly Tool может быть использован для дизайна праймеров для проведения сборки при помощи метода Гибсона , основываясь на введенной последовательности фрагментов, а также ДНК-полимеразы, которая должна использоваться для амплификации. Важно указать количество фрагментов, из которых должна производиться сборка, и тип фермента для ПЦР. Фрагменты могут быть удалены, перегруппированы. В результате вы получаете список требуемых праймеров, температуры отжига и финальную последовательность собираемого конструкта.

    9. Найдите свой фермент сEnzymeFinder"

    EnzymeFinder_WebTool_NEB.png

    С использованием этого инструмента вы сможете найти эндонуклеазу рестрикции по имени, сайту узнавания, типу или степени перекрывания. Укажите свою последовательность, и программа укажет правильные ферменты для разрезания.

    10. При помощи NEB Golden Gate Assembly Tool возможно автоматизировть in silico дизайн ДНК с использованием метода Golden Gate

    NEBGoldenGate_WebTool_NEB.png

    При помощи инструмента вы сможете:

  • импортировать последовательности в большом количестве форматов, выбрать фрагменты для сборки
  • сделать автоматический дизайн праймеров для создания совмещаемых концов или с использованием существующих сайтов разрезания
  • сделать дизайн подходящих праймеров и введения точечных мутаций
  • 11. NEBioCalculator®

    NEBioCalculator_WebTool_NEB.png

    Используйте инструмент для подсчетов, и перевода единиц для ДНК и РНК. Возможно конвертировать массу в моли, перевести о.е. в концентрацию, разбавление и молярность.

    12.База данных InBase

    InBase_WebTool_NEB.png

    Интеины являются последовательностями, которые разрушают кодирующий регион в гене хозяина. В отличие от интронов, интеины вырезаются послетрансляционно из предшественника протеина при помощи самокатализируемого механизма сплайсинга пртеинов. InBase описывает действие интеинов, включает в себя их список и их свойства. Возможно найти информацию о таких свойствах, как: прототип, эндонуклеазную активность, расположение вырезаемых участков, комментарии по сайту вставки, открывателей и ссылки на литературу.

    13. База данных PolBase 

    PolBase_WebTool_NEB.png

    Polbase является хранилищем биохимических, генетической и структурной информации о ДНК-полимеразах.

    14. База данных REBASE

    REBASE_WebTool_NEB.png

    Используйте этот инструмент в качестве гида в постоянно-меняющемся мире рестриктаз. REBASE - это, динамическая, постоянно обновляемая база данных рестриктаз и связанных с ними протеинов.

    Мы надеемся, что использование данных программ существенно упростит работу в вашей лаборатории!

    Обратная связь

    © 2012-2019 SkyGen
    Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
    Изготовление сайта – НБС-Медиа
    На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает. ОK