Онлайн-дизайнер праймеров для LAMP от New England Biolabs

Предложенный 20 лет назад метод петлевой изотермической амплификации нуклеиновых кислот (LAMP/RT-LAMP) приобрел особую популярность в начале 2020 года в связи с пандемией COVID19.

В отличие от ПЦР для постановки LAMP не требуется дорогого оборудования и оснащенной лаборатории. Реакция протекает при одной температуре, а анализировать результаты можно уже через 5-60 минут. Читать обзор →

Кроме того, для LAMP необходим набор не из 2, а из 4-6 праймеров. С одной стороны, это благотворно влияет на специфичность реакции. Но с другой – усложняет дизайн эксперимента.

Задачу по подбору LAMP-праймеров исследователи решают, как правило, с помощью специальных программ. И недавно компания New England Biolabs представила новый бесплатный онлайн-инструмент такого типа - NEB® LAMP Primer Design Tool. Он доступен по ссылке: https://lamp.neb.com.

В качестве исходных данных инструмент позволяет использовать последовательности ДНК длиной 100-2 000 п.н. в формате FASTA, GenBank или RAW. Их можно загружать из файла или вставлять непосредственно в специальное поле инструмента.

Также пользователь имеет возможность задать предпочитаемые характеристики потенциальных праймеров: длину, температуру отжига, GC-состав, расстояние между сайтами отжига и др.

Результаты отображаются в виде таблиц и схем, и вы можете отсортировать их по различным параметрам.

С полными возможностями NEB® LAMP Primer Design Tool вы можете ознакомиться в справочном разделе инструмента: https://lamp.neb.com/#!/help.