Нанопоровый секвенатор Нанопорус

Нанопорус - портативный прибор для секвенирования длинных прочтений, обеспечивающий доступ в режиме реального времени к результатам секвенирования.

Преимущества секвенатора Нанопорус

• Быстрая доставка по Москве за 3 дня.
• Максимальная производительность до 30 млрд. нуклеотидов за запуск.
• Низкая стоимость прочтения.
• Готовые рабочие пайплайны: 16S, SARS-COV-2, NO-MISS, gDNA, cDNA.
• Полная совместимость с проточными ячейками MinION, адаптером и проточными ячейками Flongle.
• Мобильность: прибор можно использовать в «полевых условиях» и перемещать даже во время работы. Благодаря усиленному корпусу прибор является более термостабильным. 
• Возможность остановки запуска в любой момент времени.

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом (и основным расходным материалом) нанопровых секвенаторов является проточная ячейка.

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Управление нанопоровым секвенатором Нанопорус

Через порт USB 3.0 секвенатор Нанопорус может быть подключен к управляющему ноутбуку или стационарному компьютеру, удовлетворяющему следующим характеристикам:

1. Операционная система Windows – 10, Linux – Ubuntu 22.04, 20.04 и 18.04 
2. Оперативная память 16Gb
3. Центральный процессор (CPU): Intel i7, i9, Xeon или лучше; Ryzen 5, 7 или более 
4. Встроенный SSD-диск: 1 Tb
5. Порт: USB 3.0 
6. GPU: NVIDIA GPU RTX 2060 SUPER не менее 8 Гб GPU или лучше

Программное обеспечение для Нанопорус

Нанопоровый секвенатор «Нанопорус» полностью совместим с программным обеспечением MinKNOW (Oxford Nanopore Technologies). Программа MinKNOW осуществляет контроль запуска – температуру камеры проточной ячейки, величину напряжения, а также регистрирует и сохраняет данные о величине ионного тока через нанопоры. Интерфейс отображает количество прочтений, их длину, процент работающих пор и дополнительную статистику. Данные, полученные на Нанопорусе, позволяют определить последовательность нуклеиновых кислот (ДНК, РНК), а также получить информацию о модификациях. Возможна установка полностью автономного программного обеспечения «Нанопорус».

Области применения секвенатора Нанопорус

• Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
• Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
• Детекция хромосомных аберраций,
• Исследование альтернативного сплайсинга,
• Определение копийности определенных последовательностей,
• Анализ экспрессии генов,
• Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
• Детекция модифицированных нуклеотидов,
• Анализ профиля метилирования и др.

По вопросам обращайтесь на sales@skygen.com