Наборы для удаления коротких фрагментов ДНК от Circulomics

Дорогие друзья!

Портфолио SkyGen пополнилось наборами для удаления коротких фрагментов ДНК от Circulomics. Они дают возможность получать максимально длинные прочтения на платформах для нанопорового секвенирования Oxford Nanopore Technologies.

Каталог →

Протокол необычайно прост, занимает не более 40 минут и позволяет практически полностью избавиться от коротких прочтений в сиквенсе.

Концентрация ДНК, которая используется в качестве исходного материала, имеет значение. Перед выполнением протокола ее необходимо привести к определенным показателям (см. табл.). С этой целью Circulomics рекомендует использовать флуориметр Qubit с реагентами dsDNA Broad Range.

В состав наборов входят всего лишь 2 буферных раствора. На первом этапе к образцу ДНК добавляют буфер для осаждения SRE (Short Read Eliminator) и центрифугируют. После оседания высокомолекулярной ДНК на дне пробирки, супернатант отбирают, а осадок дважды промывают 70% этанолом и ресуспендируют в буфере для элюции. Весь процесс происходит при комнатной температуре.

Далее из такого образца можно приготовить библиотеку по протоколу Oxford Nanopore Technologies (например, с помощью набора SQK-LSK109), загрузить ее на проточную ячейку и отсеквенировать. При этом пик по длине ридов будет на уровне нескольких десятков тысяч пар нуклеотидов, а коротких прочтений практически не будет.

Всего портфолио Circulomics включает 3 набора для удаления коротких прочтений: Short Read Eliminator Kit XS, Short Read Eliminator Kit, Short Read Eliminator Kit XL. Выбор набора зависит от длины фрагментов ДНК в исходном образце.