#5 Исследование опухоли с помощью анализа единичных клеток и пространственной мультиомики

Традиционные подходы позволили исследователям добиться больших успехов в понимании сложностей биологии рака и воплотить новаторские открытия в жизненно важные методы лечения онкологии. Тем не менее, многие вопросы остаются без ответа, требуя увеличения масштабов и разрешения. Какие механизмы лежат в основе различий в развитии, прогрессировании и метастазировании опухоли у разных пациентов? Как можно предсказать различные реакции на терапию в зависимости от типа рака и особенностей пациентов?

Коренным образом измените ваше понимание рака и ускорьте трансляционные исследования с помощью новых одноклеточных и пространственных решений, которые обеспечивают необходимую пропускную способность, воспроизводимость и мультиомные возможности.

Передовые решения для одноклеточного и пространственного анализа от 10x Genomics:

Множественная характеристика опухолевых, иммунных и факторов микроокружения с использованием решений для транскриптомного, эпигеномного, протеомного и иммунологического анализа. 

Обнаружение и таргетная валидация из одной и той же библиотеки экспрессии единичных клеток или библиотеки пространственной экспрессии, с использованием полнотранскриптомного или таргетного решения. 

Сокращение времени на анализ с помощью специфичных для онкологии или пользовательских панелей для таргетного секвенирования и определения профиля экспрессии генов. 

Крупномасштабные и лонгитюдные исследования с использованием гибких, ручных или автоматизированных решений для анализа от сотен до сотен тысяч единичных клеток в одном эксперименте. 

Воспроизводимые результаты с использованием проверенных продуктов и протоколов, а также автоматизированных решений.

Исследуйте сложные взаимодействия иммунного ответа и микроокружения опухоли

Для решения этих и других вопросов необходимы биологические инструменты, которые обеспечили бы понимание процессов, происходящих на уровне отдельных клеток. 10x Genomics предлагает самые современные решения, которые помогут вам точно проанализировать взаимодействия иммунного ответа и микроокружения опухоли.

A. Как клеточная функция и пространственная организация влияют на доступность и организацию иммунных клеток?
B. Какие типы клеток и транскрипционные программы формируют микроокружение опухоли во время прогрессирования рака и метастазирования?
C. Каковы факторы роста и рецепторы, индуцируемые онкогенными, метаболическими и воспалительными путями, которые способствуют ангиогенезу опухоли?

Spatial Gene Expression
Раскройте влияние архитектуры ткани на прогрессирование рака, иммунную инфильтрацию и терапевтический ответ, объединив гистологию с анализом полного транскриптома с пространственным разрешением в срезах тканей. 

Single Cell Gene Expression
Выявите новые и редкие типы клеток и их состояния, связанные с прогрессированием опухоли и метастазированием, которые ранее не были исследованы методами массового анализа. 

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Исследуйте как изменения в эпигенетической архитектуре приводят к гетерогенности транскрипции, в результате чего образуется разнообразие типов клеток, состояний и динамики в микроокружении опухоли. 

Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin (ATAC)
Раскройте эпигенетические регуляторы, управляющие различными фенотипами и траекториями развития в микроокружении опухоли. 

Single Cell Immune Profiling
Исследуйте динамическую экспансию иммунных клонов и клеточные фенотипы в микроокружении и периферии опухоли, измеряя экспрессию генов, наряду с полноразмерными, парными последовательностями рецепторов В-клеток и Т-клеток.

Передовые трансляционные исследования биомаркеров и терапия рака

Выявление новых терапевтических мишеней и биомаркеров, связанных с иммунным ответом и резистентностью, произведут фундаментальную революцию в методах лечения рака. Решения для анализа единичных клеток и пространственной транскриптомики от 10x Genomics предоставляют исследователям возможности для проведения лонгитюдных исследований и выявления новых генных сигнатур, связанных с терапевтическими результатами.

A. Какие соответствующие биомаркеры необходимы для сертификации лиц, реагирующих и не реагирующих на терапевтическое вмешательство?
B. Как следует применять комбинированные методы лечения в рамках конкретных терапевтических окон, чтобы свести к минимуму резистентность?
C. Какие клетки и молекулярные пути обладают наибольшим терапевтическим потенциалом?

Single Cell Gene Expression
Используйте крупномасштабные скрининговые анализы CRISPR для обнаружения новых терапевтических мишеней и оценки воздействия терапевтических агентов на все клетки и молекулярные пути в опухоли и ее микроокружении.
Проверяйте гипотезы в больших когортах пациентов с помощью таргетных панелей экспрессии генов, адаптированных к интересующим вас генам.
Используйте высокопроизводительные анализы единичных клеток для определения гетерогенности опухоли, характеристики ее микроокружения и наблюдения за взаимодействием лекарств, чтобы понять реакцию пациента 

Spatial Gene Expression
Раскройте возможности пространственного и фенотипического ремоделирования иммунных, стромальных и опухолевых компартментов в микроокружении опухоли в ответ на терапевтические вмешательства. 

Single Cell ATAC
Раскройте механизмы терапевтического ответа и резистентности, определяемые эпигенетическими изменениями в различных клеточных популяциях. 

Single Cell Immune Profiling
Исследуйте, как терапевтические вмешательства формируют клональность и фенотипы иммунных клеток, исследуя экспрессию генов наряду с полноразмерными, парными последовательностями рецепторов Т-клеток или В-клеток.

Определение структуры опухоли

Для полной характеристики строения опухоли требуются анализ единичных клеток и пространственный подход. Решения от 10x Genomics обеспечивают оптимальные разрешение и масштаб для построения интегрированных одноклеточных и пространственных атласов, выявления внутриопухолевой гетерогенности и отслеживания транскриптомных и эпигенетических модуляторов клональной эволюции внутри опухолей и между типами рака.

A. Каковы геномные, транскриптомные, эпигенетические и протеомные механизмы, определяющие гетерогенность опухоли, клональную эволюцию и метастазирование?
B. Как изменяется внутриопухолевая гетерогенность в ответ на терапевтическое вмешательство?
C. Как пространственное расположение клеток внури опухоли влияет на состояние опухолевых клеток?

Spatial Gene Expression
Определите патологические процессы в опухоли, совместив возможности пространственного анализа и данные полного транскриптома, чтобы также исследовать эволюцию гетерогенности внутри опухоли. 

Single Cell Gene Expression
Выявите глобальное транскрипционное разнообразие в опухолевых клонах, чтобы раскрыть механизмы терапевтической резистентности и иммунного ответа.
Определите механизмы, лежащие в основе развития, прогрессирования и метастазирования опухоли, путем комбинирования экспрессии генов единичных клеток с CRISPR-скринингом или экспрессией поверхностных белков в одних и тех же клетках. 

Single Cell ATAC
Выявите разнообразия типов опухолевых клеток, регуляторных состояний и сигнатур биомаркеров для различных типов рака. 

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Фиксируйте сложное взаимодействие транскрипционных состояний и эпигенетических регуляторов, определяющих эволюцию рака и внутриопухолевую гетерогенность, путем одновременного измерения экспрессии генов и профилей хроматина.

Таблица сравнения технологий

Публикации об использовании решений 10x Genomics

Решения для исследования опухоли

Иммунное микроокружение опухоли

Определите типы клеток, фенотипы транскрипции и эпигенетические регуляторы, связанные с иммунными и стромальными компартментами

• Single Cell Gene Expression with Feature Barcode technology
• Single Cell ATAC
• Spatial Gene Expression
• Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression

Определите механизмы ответа и резистентности к иммунотерапии, путем профилирования экспрессии генов, идентификации клонотипов и определения взаимодействий TCR–антиген в одном многофакторном анализе

• Single Cell Immune Profiling with Feature Barcode technology

Узнайте о движущих силах опухолевого иммунитета с помощью скрининговых анализов CRISPR

• Single Cell Gene Expression with Feature Barcode technology

Биомаркеры и разработка терапевтических средств

Выясните различия между исключительными респондентами и теми, кто не реагирует на лечение

• Single Cell Immune Profiling with Feature Barcode technology
• Single Cell ATAC
• Spatial Gene Expression

Определите синергические, аддитивные, нейтральные или антагонистические эффекты на клеточные и молекулярные мишени комбинированной терапии

• Single Cell Gene Expression with Feature Barcode technology

Выявите пространственные и фенотипические изменения в микроокружении опухоли в ответ на терапевтические вмешательства

• Spatial Gene Expression

Контекст опухоли

Определите транскрипционные и эпигенетические механизмы, лежащие в основе развития, прогрессирования и метастазирования опухоли

• Single Cell Gene Expression with Feature Barcode technology
• Single Cell ATAC
• Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression

Выявляйте разнообразие опухолевых клеток, идентифицируя типы клеток, состояния клеток и биомаркеры клеточной поверхности, уникальные для вашего типа рака

• Single Cell Gene Expression with Feature Barcode technology
• Single Cell ATAC
• Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression

Исследуйте клональную эволюцию и гетерогенность внутри опухоли

• Single Cell Gene Expression