#35 Исследование вируса гриппа и борьба с ним при помощи методов молекулярной биологии

Январь и февраль - традиционные месяцы, когда эпидемия гриппа в России набирает обороты. Каждый год ситуация осложняется появлением опасных штаммов - таких как вирус птичьего гриппа, в этом году это штамм N1H1 - свиной грипп.

Ежегодно группа ученых создает предсказание штамма вируса, который окажется наиболее жизнеспособным и придет в эпидемию следующего года. Исследования, благодаря которым происходит предсказание - ведутся при помощи NGS секвенирования.

В результате секвенирования РНК/ДНК вируса создаются так называемые филогенетические деревья. Такие деревья показывают, как идет эволюция штаммов, а также в какие моменты идет разветвление родственной структуры вирусов. На рис.1 показано филогенетическое дерево эволюции вируса гриппа в последние годы. 

Рис.1

Так, видно, что с каждым годом популяции вируса меняются, происходит перетекание одного штамма в другой. Каждые несколько лет вирус настолько обновляется, что меняется его название.

Филодинамические методики комбинируют эпидемеологические и генетическую информацию для анализа эволюционной и временной динамики быстро развивающихся патогенов, таких как вирус гриппа или ВИЧ. Таким образом - происходит предсказание, какой штамм быстро меняющегося вируса будет актуален в следующем эпидемиологическом сезоне, и создается вакцина для массового использования для населения на следующий сезон.

Однако в некоторые годы, из-за большого количества непредсказуемых факторов, прогноз на следующий год не совпадает с ожидаемым, и в такие годы те, кто сделал прививку, заболевают. Что вызывает оптимизм в этой ситуации - в связи с развитием методик секвенирования, и с их удешевлением, охват анализируемых штаммов увеличивается. Следовательно - и вероятность подтверждения прогноза также. Значит, случаев, когда вакцинация не будет помогать - будет все меньше.

Что предлагает СкайДжин для секвенирования NGS?

Мы с удовольствием предлагаем все необходимые реагенты и лабораторный пластик, необходимые для пробоподготовки для секвенирования NGS на самых популярных платформах: Illumina, Ion Torrent, Solid, 454 Roche.

В нашем обзоре мы использовали информацию из презентации Георгия Базыкина, ИППИ РАН/ФББ МГУ, которая проходила 29.09.2014, в рамках школы MolPhy 2014, спонсором которой являлась наша компания. Полную презентацию можно найти на сайте школы - вот тут: https://mouse.belozersky.msu.ru/NGSphylo2014/

Мы надеемся, что информация в нашем обзоре будет интересна и полезна вам!