Реактивы и оборудование
для лабораторий
0

#29 Панель для обогащения экзома перед секвенированием NGS от IDT

29.10.2015

Введение

Секвенирование экзома является важной задачей в клинических исследованиях, и позволяет получить сиквенс лишь кодирующих регионов человеческого генома. Экзоны составляют 3% человеческого генома, поэтому возможность отделения кодирующей части генома от некодирующей позволяет эффективно сконцентрироваться на информативной части результатов. Захваченный в результате гибридизационного обогащения материал должен подходить для секвенирования, с высоким качеством покрытия регионов и с удовлетворительной глубиной секвенирования.

Панель xGen® для экзомного обогащения состоит из 429,826 xGen Lockdown® зондов, которые направлены на узнавание 39 Мб человеческого генома. Эти модифицированные на 5-конце биотином олигонуклеотиды синтезированы индивидуально, каждый из них прошел контроль качества при помощи ESI-MS масс-спектрометрии и оценки OD, далее каждый зонд был нормализован перед смешением.

Зонды, которые не проходят контроль качества, пересинтезируют. Такой контроль качества позволяет панели для обогащения xGEN выделиться на фоне других производителей реагентов для обогащения, особенно в сравнении с методиками обогащения при помощи мультиплексной ПЦР, где отсутствующие и поврежденные зонды не могут быть идентифицированы до проведения секвенирования. С использованием запатентованной методики синтеза IDT, даже зонды с высоким содержанием GC и AT представлены в панели в адекватном количестве.

Для увеличения зоны покрытия интересующих нас локусов, и для обеспечения возможности мультиплексировать образцы, при помощи панели для экзомного обогащения xGen®, обогащаются только кодирующие последовательности человеческих генов из базы RefSeq.

Преимущества панели для обогащения экзома xGen® v1.0

  • Получение воспроизводимых и последовательных результатов с использованием гибридизационных зондов, которые произведены с использованием GMP стандарта
  • Минимизировать необходимость последующего анализа с глубоким и универсальным покрытием
  • Интегрировать без приложения дополнительных усилий методику с протоколом секвенирования на основных платформах секвенирования, включая секвенаторы Ion Torrent™ и Illumina
  • Получить свои результаты быстро, при помощи протокола гибридизации за 4 часа
  • Панели и зонды xGen

    Зонды xGen - это индивидуально синтезированные олигонуклеотиды, биотинилированные на 5' конце для таргетного обогащения для применения совместно с протоколом секвенирования следующего поколения. Эти зонды используются для создания гибридизационных панелей - которые также могут быть оптимизированы, расширены, или скомбинированы с другими панелями. xGen Lockdown зонды могут быть использованы для улучшения степени прохождения реакции с существующими панелями, улучшать обогащение регионов, которые плохо представлены после обогащения, - например, это касается регионов с высоким содержанием GC. Если вы планируете использовать зонды xGen для вставки в существующие наборы зондов или панели - вы можете запросить о такой возможности по электронной почте info@skygen.com.

    xGen Lockdown панели - это обогащающие панели, принцип которых как правило основан на 1-кратном покрытии обогащаемых локусов при помощи xGen зондов. На сегодняшний момент, мы предлагаем панели для обогащения человеческого экзома, миелоидной лейкемии, генов сцепленных с раковыми заболеваниями и с наследственными заболеваниями.

    Блокирующие олигонуклеотиды xGen, и универсальные блокирующие олигонуклеотиды xGen связываются с специфичными к последовательности адаптеров, специфичных к платформе, на последовательность - инвертированную к синтетическим адаптерам. для предотвращения неспецифического связывания и увеличивая количество прочтений таргетных последовательностей, и увеличивая глубину обогащения.

    Также для проведения протокола исопользуется набор реагентов для гибридизационного обогащения xGen - компоненты набора реагентов xGen оптимизированы для гибридизации и промывочного этапа при проведении протокола таргетного обогащения с использованием зондов и панелей.

    Обратная связь

    © 2012-2019 SkyGen
    Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
    Изготовление сайта – НБС-Медиа
    На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает. ОK