Введение
Мы спешим порадовать всех, кто занимается секвенированием на платформе Applied Biosystems, и использует для реакции терминирующего секвенирования по Сэнгеру наборы BrightDye™, Bigdye™ v3.1 или Bigdye™ v1.1. Новый продукт на рынке - BrilliantDye™ Terminator Sequencing Kit, является альтернативой для всех трех наборов и сочетает в себе возможности секвенирования как коротких, так и длинных фрагментов.
В прошлом году лаборатории в России получили доступ к альтернативным реагентам BrightDye™ Terminator от Нимаген, этот набор позволяет заменить Bigdye™ v3.1. Однако исследователи, использующие Bigdye™ v1.1 не могли воспользоваться этим набором. Анонсируемый сегодня набор BrilliantDye™ Terminator позволяет нашим клиентам получить набор, который может быть использован как для экспериментов с подвижностью аналогичной Bigdye™ v3.1, так и v1.1.
1. Набор для реакции терминирующего секвенирования BrilliantDye™ Terminator
Набор для секвенирования BrilliantDye™ Terminator обеспечит проведения этапа реакции с терминирующими дидезоксинуклеотидоами для секвенирования по Сэнгеру на платформах ABI 310, 3100 (AVANT), 3130 (XL), 3500 (XL), 3730 (XL). Набор поставляется в виде готовой к использованию смеси для секвенирования с концентрацией 2,5Х, состав которой полностью оптимизирован для всего широкого спектра приложений.
Основные преимущества использования BrilliantDye™ Terminator:
Набор оптимизирован для работы с набором фильтров Е (Dye set У для Bigdye™ Terminator v1.1). С использованием инструкции к вашему прибору, вы с успехом откалибруете систему с данным набором красок. В то же время может быть использован набор Dyeset Z, но его использование менее оптимально.
В таб.1 представлен состав наборов BrilliantDye™ Terminator.
Все наборы BriliiantDye™ содержат контрольный образец ДНК (pGEM плазмидная ДНК) и контрольный праймер (-21M13). Использование 1 мкл образца и 1 мкл праймера для реакции секвенирования подтверждает оптимальное проведение всей последовательности экспериментов для проведения секвенирования. Показывает, что все сделано правильно, и нет ошибок в соответствии праймеров и матрицы. Последовательность праймера и матрицы для секвенирования приводится полностью в сопровождающих документах.
Название | Кол-во | Готовая смесь для секвенирования | 5ХБуфер для секвенирования | pGEM контроль | m13 (-21) праймер |
BRD1-010 | 10 | 1х80uL | 1x0.25mL | ||
BRD1-024 | 24 | 1x192uL | 1x0.65mL | 1x10uL | 1x10uL |
BRD1-100 | 100 | 1x800uL | 1x2.0mL | 1x10uL | 1x10uL |
BRD1-1000 | 1000 | 10x800uL | 8x2.0mL | 1x50uL | 1x50uL |
BRD1-5000 | 5000 | 50x800uL | 40x2.0mL | 5x50uL | 5x50uL |
Таблица 1: состав наборов BrilliantDye™ от Nimagen.
2. v1.1, v3.1 - о чем идет речь? Чем отличаются друг от друга два разных подхода на различной подвижности химии?
Для различных задач могут использоваться различные подходы, которые реализуются на рынке при помощи наборов Bigdye™ v1.1 и Bigdye™ v3.1, альтернативой которым являются предлагаемые компанией СкайДжин более доступные BrightDye™(v3.1) и BrilliantDye™ (химия v1.1 и v3.1) от компании Nimagen.
В таблице 1 представлены основные области применения v3.1 и v1.1. В целом, область применения v3.1 значительно выше, но для задач по секвенированию коротких ПЦР продуктов с использованием быстрого модуля работы приборов ABI. В таком случае прочтение начинается прямо от праймера, и не теряется порядка 20 нуклеотидов, как это может произойти в случае v3.1. Также можно отметить, что длина прочтения в случае v1.1 значительно меньше.
Задачи | Химия v3.1 (BrightDye™) |
Химия v1.1 |
Химия v1.1 & v3.1 (BrilliantDye™) | |
Секвенировние de novo | Оптимально | Удовлетворительно | Оптимально | |
Ресеквенирование | Оптимально | Удовлетворительно | Оптимально | |
Секвенирование сложных объектов | Удовлетворительно | Удовлетворительно | Удовлетворительно | |
Длинные фрагменты прочтения (>650 нукл.) | Оптимально | Удовлетворительно | Оптимально | |
Секвенирование различных объектов (плазмиды, BACs, фосмиды) | Оптимально | Удовлетворительно | Оптимально | |
Детекция смешанных оснований | Оптимально | Удовлетворительно | Оптимально | |
Секвенирование коротких ПЦР-продуктов, быстрый модуль электрофореза | Не оптимально | Оптимально | Оптимально | |
Высокая точность прочтения вблизи праймера |
Не оптимально |
Оптимально | Оптимально | |
Универсальный праймер-адаптер, отличный от праймера М13 | Удовлетворительно | Удовлетворительно | Удовлетворительно |
Таблица 2. Сравнительный обзор возможностей применения для секвенирования различных вариантов химии с разной подвижностью.
3. Какой набор от Nimagen лучше подойдет для Ваших целей: BrilliantDye™ Terminator или BrightDye™ Terminator?
Чем отличается новый набор BrilliantDye™ от BrightDye™ от Nimagen?
Принцип работы BrilliantDye™ Terminator основан на химии с подвижностью, аналогичной BigDye™ v1.1 и v3.1, в то время как BrightDye™ - на химии с подвижностью, аналогичной BigDye™ v3.1. Поэтому, мы рекомендуем пользователям химии v3.1 использовать BrightDye™, а пользователям химии v1.1 - BrilliantDye™.
Однако, если в вашей лаборатории используются оба типа подвижности - следует обратить внимание на BrilliantDye™.
4. Набор BrilliantDye Terminator обеспечивает прочтение с 1 до 990 нуклеотида последовательности, совмещая преимущества химии v1.1 и v3.1
На рис.1 представлены результаты секвенирования на платформе ABI 3130, где достоверное распознавание нуклеотидов начинается с 10 основания и заканчивается 980. Таким образом, набор сочетает в себе преимущества обоих подходов к секвенированию по Сэнгеру - как химии v1.1, так и химии v3.1. Как известно, при использовании химии v3.1 проводится секвенирование длинных фрагментов, до 950 нуклеотидов, но достоверное распознавание начинается примерно с 20 нуклеотида с начала сиквенса. При использовании химии v1.1 наоборот, прочтение начинается с первого нуклеотида последовательности, но для секвенирования подходят лишь короткие фрагменты.
Рис.1. Набор BrilliantDye™ Terminator v1.1 для секвениривания, 50 см, NanoPOP-7, StdSeqRun Module на 3130.
До конца 2015 года доступны упаковки реагента на 10 реакций, для тех, кто хочет опробовать новый реагент.
Мы надеемся, что информация этого обзора будет полезна и поможет в Вашей ежедневной работе!
Новости
Вебинары
Акции
Мероприятия
Обзоры
Мы в соцсетях