#23 BrilliantDye™ Terminator - новая альтернатива для секвенирования по Сэнгеру на платформе ABI с химией v1.1!

Введение

Мы спешим порадовать всех, кто занимается секвенированием на платформе Applied Biosystems, и использует для реакции терминирующего секвенирования по Сэнгеру наборы BrightDye™, Bigdye™ v3.1 или Bigdye™ v1.1. Новый продукт на рынке - BrilliantDye™ Terminator Sequencing Kit, является альтернативой для всех трех наборов и сочетает в себе возможности секвенирования как коротких, так и длинных фрагментов.

В прошлом году лаборатории в России получили доступ к альтернативным реагентам BrightDye™ Terminator от Нимаген, этот набор позволяет заменить Bigdye™ v3.1. Однако исследователи, использующие Bigdye™ v1.1 не могли воспользоваться этим набором. Анонсируемый сегодня набор BrilliantDye™ Terminator позволяет нашим клиентам получить набор, который может быть использован как для экспериментов с подвижностью аналогичной Bigdye™ v3.1, так и v1.1.

1. Набор для реакции терминирующего секвенирования BrilliantDye™ Terminator

Набор для секвенирования BrilliantDye™ Terminator обеспечит проведения этапа реакции с терминирующими дидезоксинуклеотидоами для секвенирования по Сэнгеру на платформах ABI 310, 3100 (AVANT), 3130 (XL), 3500 (XL), 3730 (XL). Набор поставляется в виде готовой к использованию смеси для секвенирования с концентрацией 2,5Х, состав которой полностью оптимизирован для всего широкого спектра приложений.

Основные преимущества использования BrilliantDye™ Terminator:

Набор оптимизирован для работы с набором фильтров Е (Dye set У для Bigdye™ Terminator v1.1). С использованием инструкции к вашему прибору, вы с успехом откалибруете систему с данным набором красок. В то же время может быть использован набор Dyeset Z, но его использование менее оптимально.

В таб.1 представлен состав наборов BrilliantDye™ Terminator.

Все наборы BriliiantDye™ содержат контрольный образец ДНК (pGEM плазмидная ДНК) и контрольный праймер (-21M13). Использование 1 мкл образца и 1 мкл праймера для реакции секвенирования подтверждает оптимальное проведение всей последовательности экспериментов для проведения секвенирования. Показывает, что все сделано правильно, и нет ошибок в соответствии праймеров и матрицы. Последовательность праймера и матрицы для секвенирования приводится полностью в сопровождающих документах.

Таблица 1: состав наборов BrilliantDye™ от Nimagen.

2. v1.1, v3.1 - о чем идет речь? Чем отличаются друг от друга два разных подхода на различной подвижности химии?

Для различных задач могут использоваться различные подходы, которые реализуются на рынке при помощи наборов Bigdye™ v1.1 и Bigdye™ v3.1, альтернативой которым являются предлагаемые компанией СкайДжин более доступные BrightDye™(v3.1) и BrilliantDye™ (химия v1.1 и v3.1) от компании Nimagen.

В таблице 1 представлены основные области применения v3.1 и v1.1. В целом, область применения v3.1 значительно выше, но для задач по секвенированию коротких ПЦР продуктов с использованием быстрого модуля работы приборов ABI. В таком случае прочтение начинается прямо от праймера, и не теряется порядка 20 нуклеотидов, как это может произойти в случае v3.1. Также можно отметить, что длина прочтения в случае v1.1 значительно меньше.

Таблица 2. Сравнительный обзор возможностей применения для секвенирования различных вариантов химии с разной подвижностью.

3. Какой набор от Nimagen лучше подойдет для Ваших целей: BrilliantDye™ Terminator или BrightDye™ Terminator?

Чем отличается новый набор BrilliantDye™ от BrightDye™ от Nimagen?

Принцип работы BrilliantDye™ Terminator основан на химии с подвижностью, аналогичной BigDye™ v1.1 и v3.1, в то время как BrightDye™ - на химии с подвижностью, аналогичной BigDye™ v3.1. Поэтому, мы рекомендуем пользователям химии v3.1 использовать BrightDye™, а пользователям химии v1.1 - BrilliantDye™.

Однако, если в вашей лаборатории используются оба типа подвижности - следует обратить внимание на BrilliantDye™.

4. Набор BrilliantDye Terminator обеспечивает прочтение с 1 до 990 нуклеотида последовательности, совмещая преимущества химии v1.1 и v3.1

На рис.1 представлены результаты секвенирования на платформе ABI 3130, где достоверное распознавание нуклеотидов начинается с 10 основания и заканчивается 980. Таким образом, набор сочетает в себе преимущества обоих подходов к секвенированию по Сэнгеру - как химии v1.1, так и химии v3.1. Как известно, при использовании химии v3.1 проводится секвенирование длинных фрагментов, до 950 нуклеотидов, но достоверное распознавание начинается примерно с 20 нуклеотида с начала сиквенса. При использовании химии v1.1 наоборот, прочтение начинается с первого нуклеотида последовательности, но для секвенирования подходят лишь короткие фрагменты.

Рис.1. Набор BrilliantDye™ Terminator v1.1 для секвениривания, 50 см, NanoPOP-7, StdSeqRun Module на 3130.

До конца 2015 года доступны упаковки реагента на 10 реакций, для тех, кто хочет опробовать новый реагент.

Мы надеемся, что информация этого обзора будет полезна и поможет в Вашей ежедневной работе!