Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

#18 Готовые двуцепочечные гены длиной до 5000 п.о. по доступным ценам от IDT DNA

28.05.2015

Данный обзор предназначен для всего широкого числа пользователей, которым необходимы протяженные двуцепопченые фрагменты генов, длиной от 200 до 5000 пар оснований, как в виде фрагментов двухцепочечной ДНК, так и в составе плазмиды.

1. Фрагменты двуцепочечных генов gBlocks®

gBlocks - это двуцепочечные фрагменты генов от компании IDT DNA Technologies. В чем преимущество этого продукта по сравнению с другими предложениями на рынке?

  • Проверенное временем качество IDT DNA, лидера рынка США и мира в области синтеза ДНК и РНК
  • Сроки поставки из США от 2 до 3 недель, в зависимости от сложности последовательности и длины гена
  • Подтвержденная секвенированием последовательность генов и высокая точность синтеза
  • gBlocks могут быть использованы для конструкции и модификации генов, разработки антител и в исследованиях с использованием системы редактирования генома CRISP, а также быть как стандарты для qPCR и для решения многих других задач. некоторые направления возможных приложений таких генов приведены на рисунке 1.

    Рисунок 1. Схема возможных направлений применения gBlocks от компании IDT DNA.

    gblockpng.png

    Кроме генов с определенной последовательностью, мы предлагаем библиотеки фрагментов двуцепочечных генов gBlocks - это множество генов, у которых консервативные участки перемежаются с участками до 18 последовательных варьирующихся оснований (N или K), такие библиотеки могут использоваться для производства рекомбинантных антител и конструирования белков.

    2. Какие форматы синтеза и доставки доступны в компании СкайДжин? 

    А. Вы можете заказать гены в виде протяженного фрагмента двухцепочечной ДНК - в виде gBlocks&trade, который далее может использоваться для любого метода клонирования, включая сборку по Гибсону, методы клонирования по тупым концам и клонирования с "липкими" концами. gBlocks могут быть синтезированы с/без фосфатной группой на 5'-конце. Длина таких фрагментов может составлять от 12 до 2000 п.о. Такие гены доставляются в сухом виде, с количеством вещества 200 нг.

    Б. Также возможно заказать двухцепочечный ген, клонированный в плазмидный вектор, уже готовый к введению в E.Coli. Такой вариант заказа гена называется Custom gene. Такой вектор может содержать участок устойчивости к ампициллину, канамицину или хлорамфениколу, а также сайты рестрикции на 3'- и 5'-концах. Также, для специальных задач по in vitro транскрипции можно выбрать вектор pIDTBlue для генов с длиной большей, чем 1500 п.о. Гены с длиной более чем 5000 п.о. поставляются в составе плазмид или бактериальных искусственных хромосом (BACs).

    Гены, встроенные в плазмиду длиной ≤5000 п.о., поставляются в количестве 4 мкг, в сухом виде. Гены длиной >5000 п.о., в составе бактериальных искусственных хромосом (BACs), доставляются в сухом виде, в количестве 1 мкг.

    3. При выборе синтеза гена в векторе, какие варианты плазмид доступны?

    Если вы приняли решение заказать ген в составе плазмиды, вы получите его в виде, готовом к трансформации в E. coli. При заказе гена с длиной менее чем 5000 п.о. вам предложат воспользоваться способом заказа “Best-Fit”

    В таком случае во время процесса клонирования, желаемый фрагмент ДНК будет встроен в наиболее подходящий вектор, что помогает избежать непредвиденных трудностей с клонировнаием или токсичностью. В таком случае не будет происходить задержек при синтезе.

    Гены, длина которых не превышает 1500 п.о. могут быть заказаны в векторе pIDTBlue, если предполагается использование гена в in vitro транскрипции. Аналогично вектору pBluescript II, вектор pIDTBlue содержит большое количество сайтов клонирования в альфа фрагменте гена LacZα и в промотерах T3 и T7, по краям сайта встраивания. PIDTBlue плазмида содержит устойчивость к ампициллину.

    BACs и гены длиной более чем 5000 п.о.

    Гены с длиной >5000 п.о. поставляются в BAC с устойчивостью к хлорамфениколу. Инструкции по тому, как работать с BAC векторами, на английском языке, могут быть найдены здесь. В таблице 1 представлены все возможные варианты векторов, в которые могут поставляться фрагменты генов.

    Таблица 1. Возможные варианты векторов, в которых могут поставляться фрагменты генов.

    название вектора Размер, п.о. Маркер для селекции Использование
    pUCIDT (Amp) 2752 Ампициллин Клонирование
    pUCIDT (Kan) 3409 Канамицин Клонирование
    pIDTSmart (Amp) 2056 Ампициллин Клонирование
    pIDTSmart (Kan) 1962 Канамицин Клонирование
    pIDTBlue 2951 Ампициллин Транскрипция in vitro
    pBRIDT 3170 Ампициллин Клонирование
    BAC 2 6944 Хлорамфеникол Клонирование
    BAC 3 8322 Хлорамфеникол Клонирование

    4. Какие шаги необходимо предпринять, чтобы заказать двухцепочечный ген в компании СкайДжин? 

    <К тексту обзора прикреплены форма для заказа генов, которую можно заполнить и выслать на почту info@skygen.com.

    При заполнении таблицы обратите внимание на то, что если ваш ген будет доставляться в плазмиде, необходимо указать сайты рестрикции на 3' и 5' концах и тип антибиотика, к которому должна быть резистентность.

    После этого будет сформирована цена, вам будет прислан на проверку скан заказа который надо будет подписать с вашей стороны, и мы попросим заполнить форму безопасности гена, которая также прикреплена к данному обзору.

    Для того, чтобы принять решение о возможности осуществить синтез и об его окончательной стоимости, принимаются во внимание следующие факторы:

  • Вторичная структура: шпильки длиной более 10 оснований, и GC-богатые участки
  • Повторы и гомополимерные участки: длинные повторы более чем 10 пар для G/C, или более чем 30 пар для A/T
  • Общее содержание GC >65% и содержание GC <25% в отдельных частях гена
  • Повторы рестрикционных сайтов и сайт метилирования Dam/Dcm, которые могут влиять на разрезание эндонуклеазами рестрикции
  • 5. Как правильно использовать полученные фрагменты генов gBlocks?

    Чтобы облегчить работу наших клиентов, мы предлагаем ряд опробованных и оптимизированных протоколов для использования фрагментов генов gBlocks. Следующие протоколы (на английском языке) - рекомендуются для сборки и амплификации фрагментов gBlocks. Условия работы с фрагментами и инструкции по хранению также включены.

    В дополнение к приведенным протоколам, можно привести несколько советов по работе с gBlocks.

    Клонирование с использованием gBlocks аналогично использованию очень чистого ПЦР-продукта. Для клонирования с рестриктазами важно добавить add 6–8 нуклеотидов на концы фрагментов, за пределами рестрикционного сайта узнавания. Большинство ферментов будет терять эффективность, если фрагмент гена будет заканчиваться сайтом рестрикции.

    Добавлять на 5′-конце фосфатную модификацию необязательно для большинства задач. Добавление 5′ фосфата необходимо для традиционного клонирования по тупым концам. Нельзя добавлять фосфорилирование при использовании Zero Blunt TOPO® клонирования.

    6. Биологическая безопасность синтезируемых генов

    Каждый синтезируемый ген контролируется для избежания содержания в них последовательности, кодирующей потенциально опасных патогенов, каждый пользователь должен подтвердить отсутствие таковых участков в составе заказываемого гена.

    Заключение

    Мы надеемся, что информация, представленная в этом обзоре, будет полезна и поможет Вам в ваших дальнейших исследованиях.

    Обратная связь

    © 2012-2019 SkyGen
    Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
    На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает.
    ОK