2020 год, наконец, близится к завершению, и мы желаем всем заслуженного отдыха! Мы хотим поблагодарить каждого из медико-биологического сообщества, кто адаптировался к новому, непривычному миру, и продолжает проводить новые исследования. В нашем последнем обзоре этого года мы расскажем о нескольких новых продуктах и методах компании New England Biolabs, которые помогут оптимизировать лабораторную работу и достигнуть максимальных результатов в 2021 году.
В этом месяце компания NEB анонсировала два новых набора для выделения высокомолекулярной ДНК «Monarch HMW DNA Extraction Kit»: один для работы с культурами клеток и кровью (Т 3050), а второй для работы с тканями и бактериями (Т 3060). Особенностью этих наборов является новый метод преципитации ДНК из раствора на поверхность крупных стеклянных шариков, позволяет легко и быстро получать фрагменты ДНК размером до 1 Mb, с превосходной степенью очистки.
Видео: Использование набора “Monarch HMW DNA Extraction Kit”
По-настоящему универсальными эти продукты делает широкий выбор исходного материала:
Клеточные линии |
|||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
МИН. Количество образца (клеток) | МАКС. Количество образца (клеток) * |
Рекомендуемое количество образца (клетки) |
Выход продукта (мкг) из 1 X 106 клеток * |
Параметры чистоты | Содержание РНК | Валидировано для ONT секвенирования? | ||
A260 / 280 | A260 / 230 | ||||||||
HEK293 |
1x105 |
1 x 107; |
1 x 106; |
11.5–13 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
HeLa |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
12.9 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
NIH3T3 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
9.4 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Jurkat |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
13.7 |
1.86 |
2.5 |
≤1% |
Yes |
|
K562 (suspension cells) |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
13.7 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
HCT116 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
16.9 |
1.86 |
2.5 |
≤1% |
Yes |
|
A549 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
12.7 |
1.86 |
2.3 |
≤1% |
Yes |
|
U5Os |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
10.6 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
HepG2 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
13.4 |
1.81 |
2.2 |
≤1% |
Yes |
|
NCI-460 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
9.5 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
SK-N-SH |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
9.5 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Aa23 |
1x105 |
1 x 107 |
1 x 106 |
8.7 |
1.81 |
2.3 |
≤1% |
Yes |
Кровь млекопитающих |
|||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
МИН количество образца (мкл) | Максимальное количество образца (мкл) | Рекомендуемое количество образца (мкл) | Выход продукта (мкг) из 500 мкл ** | Параметры чистоты | Содержание РНК | Валидировано для ONT секвенирования? | |
A260 / 280 | A260 / 230 | ||||||||
Человека*** |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
12–32 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
100 |
2,000 |
500 |
9–30 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Мыши |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
7–11 |
1.88 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
100 |
2,000 |
500 |
16–17 |
1.88 |
2.4 |
≤1% |
ND |
|
Крысы (fresh only) |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
29–38 |
1.87 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Кролика |
Fresh |
100 |
500 |
200 |
12–15 |
1.72 |
1.9 |
≤1% |
Yes |
Fresh |
100 |
500 |
200 |
200 мкл: 4–5 |
1.89 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Frozen |
100 |
500 |
200 |
200 мкл: 4–5 |
1.89 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Свиньи |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
До 42 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
100 |
2,000 |
500 |
До 40 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
|
Лошади |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
16 |
1.86 |
2.3 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
100 |
2,000 |
500 |
22.3 |
1.86 |
2.4 |
ND |
ND |
|
Коровы |
Fresh |
200 |
2,000 |
500 |
7 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
200 |
2,000 |
500 |
9.1 |
1.86 |
2.4 |
ND |
ND |
|
Макаки резус |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
52 |
1.86 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Frozen |
100 |
2,000 |
500 |
52.6 |
1.86 |
2.5 |
ND |
ND |
|
Козы |
Fresh |
100 |
2,000 |
500 |
24 |
1.87 |
2.4 |
≤1% |
Yes |
Ядерная кровь |
|||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
МИН количество образца (мкл) | Максимальное количество образца (мкл) | Рекомендуемое количество образца (мкл) |
Выход продукта (мкг) из 5 мкл | Параметры чистоты | Содержание РНК | Валидировано для ONT секвенирования? | |
A260 / 280 | A260 / 230 | ||||||||
Курицы |
Fresh |
2 |
20 |
5 |
33 |
1.86 |
2.5 |
ND |
Yes |
Frozen |
2 |
20 |
5 |
30 |
1.86 |
2.5 |
ND |
ND |
|
Индейки |
Fresh |
2 |
20 |
5 |
37 |
1.87 |
2.4 |
ND |
Yes |
Frozen |
2 |
20 |
5 |
28 |
1.87 |
2.5 |
ND |
ND |
ND = Not determined/нет данных
* Для низкой скорости центрифугирования объем пробы не должен превышать 5 x 106 клеток
** Если не указано иное
*** Совместимо с K2-EDTA, цитратом Na,гепарином Na, PAXgene® Blood DNA
Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов клеток и крови "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3050)
|
МИН количество образца (мг) | Максимальное количество образца (мг) | Рекомендуемое количество образца | Выход продукта (мг) для рекомендуемого количества образца (выход из мг) | Параметры чистоты | Содержание РНК | Валидировано для ONT секвенирования? | ||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
A260 / 280 | A260 / 230 | ||||||||
Ткани млекопитающих |
|||||||||
Мозг мыши |
Fresh |
2** |
20 |
15 |
12–21 |
1.87 |
2.39 |
ND |
YES |
Frozen |
2** |
20 |
15 |
15–21 (1–1.5) |
1.86 |
2.48 |
ND |
YES |
|
Печень мыши |
Fresh (w/NaCl) |
2 |
15 |
10 |
7 |
1.84 |
2.10 |
1.2% |
YES |
Frozen (w/NaCl) |
2 |
15 |
10 |
17–19 (1.7–1.9) |
1.89 |
2.50 |
ND |
YES |
|
Fresh* |
2 |
15 |
10 |
20 |
1.84 |
1.52+ |
8.7% |
YES |
|
Frozen* |
2 |
15 |
10 |
27–31 (2.7–3.1) |
1.89 |
1.93++ |
ND |
YES |
|
Мышцы мыши |
Fresh |
2** |
25 |
20 |
8–9 |
1.87 |
2.25 |
2.1% |
YES |
Frozen |
2** |
25 |
20 |
12–16 (0.6–0.8) |
1.87 |
2.30 |
ND |
YES |
|
Почка мыши |
Fresh |
2 |
15 |
10 |
23–34 |
1.86 |
2.44 |
ND |
YES |
Frozen |
2 |
15 |
10 |
32–41 (3.2–4.1) |
1.86 |
2.53 |
0.8% |
YES |
|
Хвост мыши |
Frozen |
2** |
25 |
20 |
20 (1.8–2.1) |
1.86 |
2.43 |
ND |
YES+++ |
Дырокол для мыши |
Fresh |
2** |
15 |
10 |
15–16 (1.5–1.6) |
1.86 |
2.29 |
ND |
ND |
Почка крысы |
Frozen |
2 |
15 |
10 |
20–-25 |
1.87 |
2.40 |
ND |
YES |
Бактерии |
|||||||||
Кишечная палочка (Грам-отрицательные) |
Frozen |
5x108 клеток |
5x109 клеток |
1x109 клеток |
8–9 |
1.89 |
2.31 |
1.7% |
YES |
B. cereus (Грам-положительные) |
Frozen |
2x108 клеток |
4x108 клеток |
2x108 клеток |
4–5 |
1.86 |
2.20 |
3.9% |
YES |
М. luteus (Грам-положительные) |
Frozen |
ND |
ND |
1x108 клеток |
2.0 |
1.89 |
2.09 |
ND |
ND |
Амфибии |
|||||||||
X. laevis |
Fresh |
ND |
ND |
3–4 |
5 |
1.86 |
2.51 |
2.3% |
ND |
Дрожжи |
|||||||||
С. cerevisiae |
Fresh |
ND |
ND |
3.8x108 клеток |
15 |
1.90 |
2.01 |
ND |
ND |
Насекомые |
|||||||||
A. aegypti |
Frozen |
ND |
ND |
15 |
6 |
1.84 |
2.53++ |
2.7% |
ND |
ND = Not determined
* Standard protocol without recommended NaCl treatment
** If working with input amounts <5 mg, refer to the product manual for guidance on reducing buffer volumes
+ Measured with Nanodrop One; systems that differentiate turbidity in the content profiling will give higher values
++ Measured with Unchained Labs Lunatic (formerly Trinean DropSense16); devices without content profiling that differentiates turbidity may give lower values
+++ Size selection is recommended.
Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором Набор для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов ткани "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3060)
Технологии мультиплексирования библиотек прочно вошли в ассортимент методов пробоподготовки НК для NGS. Два новых набора праймеров линейки NEBNext, один для ДНК, а второй для РНК библиотек, помогут получить более точные данные секвенирования благодаря дополнительным уникальным молекулярным идентификаторам (UMI). Теперь доступны полноразмерные адаптеры, включающие дважды индексирующие праймеры и уникальные молекулярные идентификаторы, длиной 11 нуклеотидов.
Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7395)
Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7416)
|
![]()
Схема мультиплексирования с помощью набора NEBNext® для мультиплексирования библиотек с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina®.
|
Набор «LunaScript RT SuperMix Kit» помогает провести синтез кДНК всего за 13 минут
Новая термостабильная ревертаза WarmStart® улучшает воспроизводимость результатов ОТ-qПЦР. В паре с Hot Start Taq-полимеразой, Luna WarmStart ревертаза увеличивает специфичность и робастность реакции. Luna WarmStart ревертаза входит в состав следующих продуктов:
Артикул | Наименование |
E3005 | Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени |
E3006 | Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с ДНК-зондами |
E3007 | Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с ДНК-зондами без ROX |
M3019 | Универсальная готовая смесь (4X) Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с УДГ |
Обратная транскриптаза Luna WarmStart помогает избежать получения ложных результатов амплификации, возникающих из-за начала работы фермента при комнатной температуре до начала инкубации.
Инструмент NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool предназначен для разработки дизайна индивидуальных зондов, которые помогут сделать удаление нежелательной РНК из любого образца максимально эффективным и специфичным, например в комплексе с набором базовых реагентов NEBNext® для избавления от РНК (арт. E7870).
Простой процесс включает всего три этапа: онлайн разработка последовательностей зондов, заказ синтеза оцДНК олигонуклеотидов у любого поставщика (рекомендуем Biolegio) и выполнение стандартного протокола удаления нежелательной РНК из образцов непосредственно перед подготовкой библиотек. Эффективность метода не зависит от природы исходного образца.
Исследователи по всему миру дают высокую оценку этому инструменту. Например, ниже приведен отзыв Владимира Бенеса, руководителя отдела геномики Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге. Он отмечает, что благодаря этому инструменту его научному коллективу удалось добиться полного удаления нецелевой РНК из образцов амфибий Xenopus laevis и удаления 90% нецелевой РНК из бактериальных образцов Eggerthella lenta.
Выборочное удаление нежелательной РНК при помощи NEBNext, увеличивает содержание целевой РНК в образце любой природы.
Обновление линейки продуктов компании New England Biolabs
Новые наборы для выделения высокомолекулярной ДНК "Monarch® HMW DNA Extraction Kit"
Очистка нуклеиновых кислот: многообразие методов и подходов