#10 Обновление линейки продуктов компании New England Biolabs

2020 год, наконец, близится к завершению, и мы желаем всем заслуженного отдыха! Мы хотим поблагодарить каждого из медико-биологического сообщества, кто адаптировался к новому, непривычному миру, и продолжает проводить новые исследования. В нашем последнем обзоре этого года мы расскажем о нескольких новых продуктах и методах компании New England Biolabs, которые помогут оптимизировать лабораторную работу и достигнуть максимальных результатов в 2021 году.

Набор для выделения высокомолекулярной ДНК "Monarch® HMW DNA Extraction Kit"

В каталог   Читать обзор

В этом месяце компания NEB анонсировала два новых набора для выделения высокомолекулярной ДНК «Monarch HMW DNA Extraction Kit»: один для работы с культурами клеток и кровью (Т 3050), а второй для работы с тканями и бактериями (Т 3060). Особенностью этих наборов является новый метод преципитации ДНК из раствора на поверхность крупных стеклянных шариков, позволяет легко и быстро получать фрагменты ДНК размером до 1 Mb, с превосходной степенью очистки.

Видео: Использование набора “Monarch HMW DNA Extraction Kit”

• Быстрый протокол:
  клетки - 30мин; кровь - 60мин; ткани и бактерии - 90мин.
• Длины фрагментов ДНК зависят от скорости центрифугирования на этапе лизиса.
• Прекрасные характеристики продукта для секвенирования длинных прочтений (ONT).

По-настоящему универсальными эти продукты делает широкий выбор исходного материала:

"Monarch® HMW DNA Extraction Kit"

Клеточные линии
		МИН. Количество образца (клеток)	МАКС. Количество образца (клеток) *	Рекомендуемое количество образца (клетки)	Выход продукта (мкг) из 1 X 106 клеток *	Параметры чистоты		Содержание РНК	Валидировано для ONT секвенирования?
						A260 / 280	A260 / 230
HEK293		1x105	1 x 107;	1 x 106;	11.5–13	1.86	2.4	≤1%	Yes
HeLa		1x105	1 x 107	1 x 106	12.9	1.86	2.4	≤1%	Yes
NIH3T3		1x105	1 x 107	1 x 106	9.4	1.86	2.4	≤1%	Yes
Jurkat		1x105	1 x 107	1 x 106	13.7	1.86	2.5	≤1%	Yes
K562 (suspension cells)		1x105	1 x 107	1 x 106	13.7	1.86	2.4	≤1%	Yes
HCT116		1x105	1 x 107	1 x 106	16.9	1.86	2.5	≤1%	Yes
A549		1x105	1 x 107	1 x 106	12.7	1.86	2.3	≤1%	Yes
U5Os		1x105	1 x 107	1 x 106	10.6	1.86	2.4	≤1%	Yes
HepG2		1x105	1 x 107	1 x 106	13.4	1.81	2.2	≤1%	Yes
NCI-460		1x105	1 x 107	1 x 106	9.5	1.86	2.4	≤1%	Yes
SK-N-SH		1x105	1 x 107	1 x 106	9.5	1.86	2.4	≤1%	Yes
Aa23		1x105	1 x 107	1 x 106	8.7	1.81	2.3	≤1%	Yes

Кровь млекопитающих
		МИН количество образца (мкл)	Максимальное количество образца (мкл)	Рекомендуемое количество образца (мкл)	Выход продукта (мкг) из 500 мкл **	Параметры чистоты		Содержание РНК	Валидировано для ONT секвенирования?
						A260 / 280	A260 / 230
Человека***	Fresh	100	2,000	500	12–32	1.86	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	100	2,000	500	9–30	1.86	2.4	≤1%	Yes
Мыши	Fresh	100	2,000	500	7–11	1.88	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	100	2,000	500	16–17	1.88	2.4	≤1%	ND
Крысы (fresh only)	Fresh	100	2,000	500	29–38	1.87	2.4	≤1%	Yes
Кролика	Fresh	100	500	200	12–15	1.72	1.9	≤1%	Yes
	Fresh	100	500	200	200 мкл: 4–5	1.89	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	100	500	200	200 мкл: 4–5	1.89	2.4	≤1%	Yes
Свиньи	Fresh	100	2,000	500	До 42	1.86	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	100	2,000	500	До 40	1.86	2.4	≤1%	Yes
Лошади	Fresh	100	2,000	500	16	1.86	2.3	≤1%	Yes
	Frozen	100	2,000	500	22.3	1.86	2.4	ND	ND
Коровы	Fresh	200	2,000	500	7	1.86	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	200	2,000	500	9.1	1.86	2.4	ND	ND
Макаки резус	Fresh	100	2,000	500	52	1.86	2.4	≤1%	Yes
	Frozen	100	2,000	500	52.6	1.86	2.5	ND	ND
Козы	Fresh	100	2,000	500	24	1.87	2.4	≤1%	Yes

Ядерная кровь
		МИН количество образца (мкл)	Максимальное количество образца (мкл)	Рекомендуемое количество образца (мкл)	Выход продукта (мкг) из 5 мкл	Параметры чистоты		Содержание РНК	Валидировано для ONT секвенирования?
						A260 / 280	A260 / 230
Курицы	Fresh	2	20	5	33	1.86	2.5	ND	Yes
	Frozen	2	20	5	30	1.86	2.5	ND	ND
Индейки	Fresh	2	20	5	37	1.87	2.4	ND	Yes
	Frozen	2	20	5	28	1.87	2.5	ND	ND

ND = Not determined/нет данных
* Для низкой скорости центрифугирования объем пробы не должен превышать 5 x 106 клеток
** Если не указано иное
*** Совместимо с K2-EDTA, цитратом Na,гепарином Na, PAXgene® Blood DNA

Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов клеток и крови "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3050)

"Monarch® HMW DNA Extraction Kit"

		МИН количество образца (мг)	Максимальное количество образца (мг)	Рекомендуемое количество образца	Выход продукта (мг) для рекомендуемого количества образца (выход из мг)	Параметры чистоты		Содержание РНК	Валидировано для ONT секвенирования?
						A260 / 280	A260 / 230
Ткани млекопитающих
Мозг мыши	Fresh	2**	20	15	12–21	1.87	2.39	ND	YES
	Frozen	2**	20	15	15–21 (1–1.5)	1.86	2.48	ND	YES
Печень мыши	Fresh (w/NaCl)	2	15	10	7	1.84	2.10	1.2%	YES
	Frozen (w/NaCl)	2	15	10	17–19 (1.7–1.9)	1.89	2.50	ND	YES
	Fresh*	2	15	10	20	1.84	1.52+	8.7%	YES
	Frozen*	2	15	10	27–31 (2.7–3.1)	1.89	1.93++	ND	YES
Мышцы мыши	Fresh	2**	25	20	8–9	1.87	2.25	2.1%	YES
	Frozen	2**	25	20	12–16 (0.6–0.8)	1.87	2.30	ND	YES
Почка мыши	Fresh	2	15	10	23–34	1.86	2.44	ND	YES
	Frozen	2	15	10	32–41 (3.2–4.1)	1.86	2.53	0.8%	YES
Хвост мыши	Frozen	2**	25	20	20 (1.8–2.1)	1.86	2.43	ND	YES+++
Дырокол для мыши	Fresh	2**	15	10	15–16 (1.5–1.6)	1.86	2.29	ND	ND
Почка крысы	Frozen	2	15	10	20–-25	1.87	2.40	ND	YES
Бактерии
Кишечная палочка (Грам-отрицательные)	Frozen	5x108 клеток	5x109 клеток	1x109 клеток	8–9	1.89	2.31	1.7%	YES
B. cereus (Грам-положительные)	Frozen	2x108 клеток	4x108 клеток	2x108 клеток	4–5	1.86	2.20	3.9%	YES
М. luteus (Грам-положительные)	Frozen	ND	ND	1x108 клеток	2.0	1.89	2.09	ND	ND
Амфибии
X. laevis	Fresh	ND	ND	3–4	5	1.86	2.51	2.3%	ND
Дрожжи
С. cerevisiae	Fresh	ND	ND	3.8x108 клеток	15	1.90	2.01	ND	ND
Насекомые
A. aegypti	Frozen	ND	ND	15	6	1.84	2.53++	2.7%	ND

ND = Not determined
* Standard protocol without recommended NaCl treatment
** If working with input amounts <5 mg, refer to the product manual for guidance on reducing buffer volumes
+ Measured with Nanodrop One; systems that differentiate turbidity in the content profiling will give higher values
++ Measured with Unchained Labs Lunatic (formerly Trinean DropSense16); devices without content profiling that differentiates turbidity may give lower values
+++ Size selection is recommended.

Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором Набор для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов ткани "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3060)

Наборы NEBNext для мультиплексирования библиотек с дважды индексирующими UMI адаптерами

В каталог

Технологии мультиплексирования библиотек прочно вошли в ассортимент методов пробоподготовки НК для NGS. Два новых набора праймеров линейки NEBNext, один для ДНК, а второй для РНК библиотек, помогут получить более точные данные секвенирования благодаря дополнительным уникальным молекулярным идентификаторам (UMI). Теперь доступны полноразмерные адаптеры, включающие дважды индексирующие праймеры и уникальные молекулярные идентификаторы, длиной 11 нуклеотидов.

Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7395) Позволяет отслеживать процесс секвенирования на уровне отдельных молекул Обеспечивает возможность удаления ошибок, вызванных амплификацией, и дубликатов, возникших при подготовке библиотек без ПЦР Позволяет удалить ошибочные прочтения при биоинформатической обработке Обеспечивает более чувствительное обнаружение редких однонуклеотидных замен (SNV) Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7416) Более точное определение копийности транскрипта Позволяет удалять дубликаты, возникшие при ПЦР-амплификации Подобрать нужный набор для мультиплексирования поможет сравнительная таблица на сайте New England Biolabs: перейти к выбору

Схема мультиплексирования с помощью набора NEBNext® для мультиплексирования библиотек с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina®.

Набор “LunaScript® RT SuperMix Kit”

В каталог

• Продукт включает одну пробирку с готовой смесью на основе новой термостабильной обратной;
• транскриптазы, что сокращает время ручной работы;
• Готовая смесь также включает случайный гексамер, олиго-dТ праймеры, смесь дНТФ, ингибитор РНКаз;
• Видимый краситель помогает избежать ошибок при подготовке реакционной смеси.

Набор «LunaScript RT SuperMix Kit» помогает провести синтез кДНК всего за 13 минут

Термостабильная WarmStart® ревертаза

Новая термостабильная ревертаза WarmStart® улучшает воспроизводимость результатов ОТ-qПЦР. В паре с Hot Start Taq-полимеразой, Luna WarmStart ревертаза увеличивает специфичность и робастность реакции. Luna WarmStart ревертаза входит в состав следующих продуктов:

Обратная транскриптаза Luna WarmStart помогает избежать получения ложных результатов амплификации, возникающих из-за начала работы фермента при комнатной температуре до начала инкубации.

NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool – бесплатный онлайн инструмент от NEB

Инструмент NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool предназначен для разработки дизайна индивидуальных зондов, которые помогут сделать удаление нежелательной РНК из любого образца максимально эффективным и специфичным, например в комплексе с набором базовых реагентов NEBNext® для избавления от РНК (арт. E7870).

Простой процесс включает всего три этапа: онлайн разработка последовательностей зондов, заказ синтеза оцДНК олигонуклеотидов у любого поставщика (рекомендуем Biolegio) и выполнение стандартного протокола удаления нежелательной РНК из образцов непосредственно перед подготовкой библиотек. Эффективность метода не зависит от природы исходного образца.

Исследователи по всему миру дают высокую оценку этому инструменту. Например, ниже приведен отзыв Владимира Бенеса, руководителя отдела геномики Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге. Он отмечает, что благодаря этому инструменту его научному коллективу удалось добиться полного удаления нецелевой РНК из образцов амфибий Xenopus laevis и удаления 90% нецелевой РНК из бактериальных образцов Eggerthella lenta.

Выборочное удаление нежелательной РНК при помощи NEBNext, увеличивает содержание целевой РНК в образце любой природы.