Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

#5 Исследование опухоли с помощью анализа единичных клеток и пространственной мультиомики

17.08.2022

Традиционные подходы позволили исследователям добиться больших успехов в понимании сложностей биологии рака и воплотить новаторские открытия в жизненно важные методы лечения онкологии. Тем не менее, многие вопросы остаются без ответа, требуя увеличения масштабов и разрешения. Какие механизмы лежат в основе различий в развитии, прогрессировании и метастазировании опухоли у разных пациентов? Как можно предсказать различные реакции на терапию в зависимости от типа рака и особенностей пациентов?

Коренным образом измените ваше понимание рака и ускорьте трансляционные исследования с помощью новых одноклеточных и пространственных решений, которые обеспечивают необходимую пропускную способность, воспроизводимость и мультиомные возможности.

Передовые решения для одноклеточного и пространственного анализа от 10x Genomics:

Множественная характеристика опухолевых, иммунных и факторов микроокружения с использованием решений для транскриптомного, эпигеномного, протеомного и иммунологического анализа. 

Обнаружение и таргетная валидация из одной и той же библиотеки экспрессии единичных клеток или библиотеки пространственной экспрессии, с использованием полнотранскриптомного или таргетного решения. 

Сокращение времени на анализ с помощью специфичных для онкологии или пользовательских панелей для таргетного секвенирования и определения профиля экспрессии генов. 

Крупномасштабные и лонгитюдные исследования с использованием гибких, ручных или автоматизированных решений для анализа от сотен до сотен тысяч единичных клеток в одном эксперименте. 

Воспроизводимые результаты с использованием проверенных продуктов и протоколов, а также автоматизированных решений.

Исследуйте сложные взаимодействия иммунного ответа и микроокружения опухоли

Для решения этих и других вопросов необходимы биологические инструменты, которые обеспечили бы понимание процессов, происходящих на уровне отдельных клеток. 10x Genomics предлагает самые современные решения, которые помогут вам точно проанализировать взаимодействия иммунного ответа и микроокружения опухоли.

pic1.PNG

A. Как клеточная функция и пространственная организация влияют на доступность и организацию иммунных клеток?
B. Какие типы клеток и транскрипционные программы формируют микроокружение опухоли во время прогрессирования рака и метастазирования?
C. Каковы факторы роста и рецепторы, индуцируемые онкогенными, метаболическими и воспалительными путями, которые способствуют ангиогенезу опухоли?

Spatial Gene Expression
Раскройте влияние архитектуры ткани на прогрессирование рака, иммунную инфильтрацию и терапевтический ответ, объединив гистологию с анализом полного транскриптома с пространственным разрешением в срезах тканей. 

Single Cell Gene Expression
Выявите новые и редкие типы клеток и их состояния, связанные с прогрессированием опухоли и метастазированием, которые ранее не были исследованы методами массового анализа. 

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Исследуйте как изменения в эпигенетической архитектуре приводят к гетерогенности транскрипции, в результате чего образуется разнообразие типов клеток, состояний и динамики в микроокружении опухоли. 

Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin (ATAC)
Раскройте эпигенетические регуляторы, управляющие различными фенотипами и траекториями развития в микроокружении опухоли. 

Single Cell Immune Profiling
Исследуйте динамическую экспансию иммунных клонов и клеточные фенотипы в микроокружении и периферии опухоли, измеряя экспрессию генов, наряду с полноразмерными, парными последовательностями рецепторов В-клеток и Т-клеток.

Передовые трансляционные исследования биомаркеров и терапия рака

Выявление новых терапевтических мишеней и биомаркеров, связанных с иммунным ответом и резистентностью, произведут фундаментальную революцию в методах лечения рака. Решения для анализа единичных клеток и пространственной транскриптомики от 10x Genomics предоставляют исследователям возможности для проведения лонгитюдных исследований и выявления новых генных сигнатур, связанных с терапевтическими результатами.

pic2.PNG

A. Какие соответствующие биомаркеры необходимы для сертификации лиц, реагирующих и не реагирующих на терапевтическое вмешательство?
B. Как следует применять комбинированные методы лечения в рамках конкретных терапевтических окон, чтобы свести к минимуму резистентность?
C. Какие клетки и молекулярные пути обладают наибольшим терапевтическим потенциалом?

Single Cell Gene Expression
Используйте крупномасштабные скрининговые анализы CRISPR для обнаружения новых терапевтических мишеней и оценки воздействия терапевтических агентов на все клетки и молекулярные пути в опухоли и ее микроокружении.
Проверяйте гипотезы в больших когортах пациентов с помощью таргетных панелей экспрессии генов, адаптированных к интересующим вас генам.
Используйте высокопроизводительные анализы единичных клеток для определения гетерогенности опухоли, характеристики ее микроокружения и наблюдения за взаимодействием лекарств, чтобы понять реакцию пациента 

Spatial Gene Expression
Раскройте возможности пространственного и фенотипического ремоделирования иммунных, стромальных и опухолевых компартментов в микроокружении опухоли в ответ на терапевтические вмешательства. 

Single Cell ATAC
Раскройте механизмы терапевтического ответа и резистентности, определяемые эпигенетическими изменениями в различных клеточных популяциях. 

Single Cell Immune Profiling
Исследуйте, как терапевтические вмешательства формируют клональность и фенотипы иммунных клеток, исследуя экспрессию генов наряду с полноразмерными, парными последовательностями рецепторов Т-клеток или В-клеток.

Определение структуры опухоли

Для полной характеристики строения опухоли требуются анализ единичных клеток и пространственный подход. Решения от 10x Genomics обеспечивают оптимальные разрешение и масштаб для построения интегрированных одноклеточных и пространственных атласов, выявления внутриопухолевой гетерогенности и отслеживания транскриптомных и эпигенетических модуляторов клональной эволюции внутри опухолей и между типами рака.

pic3.PNG

A. Каковы геномные, транскриптомные, эпигенетические и протеомные механизмы, определяющие гетерогенность опухоли, клональную эволюцию и метастазирование?
B. Как изменяется внутриопухолевая гетерогенность в ответ на терапевтическое вмешательство?
C. Как пространственное расположение клеток внури опухоли влияет на состояние опухолевых клеток?

Spatial Gene Expression
Определите патологические процессы в опухоли, совместив возможности пространственного анализа и данные полного транскриптома, чтобы также исследовать эволюцию гетерогенности внутри опухоли. 

Single Cell Gene Expression
Выявите глобальное транскрипционное разнообразие в опухолевых клонах, чтобы раскрыть механизмы терапевтической резистентности и иммунного ответа.
Определите механизмы, лежащие в основе развития, прогрессирования и метастазирования опухоли, путем комбинирования экспрессии генов единичных клеток с CRISPR-скринингом или экспрессией поверхностных белков в одних и тех же клетках. 

Single Cell ATAC
Выявите разнообразия типов опухолевых клеток, регуляторных состояний и сигнатур биомаркеров для различных типов рака. 

Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
Фиксируйте сложное взаимодействие транскрипционных состояний и эпигенетических регуляторов, определяющих эволюцию рака и внутриопухолевую гетерогенность, путем одновременного измерения экспрессии генов и профилей хроматина.

Таблица сравнения технологий

Решения 10Х Разрешение в 1 клетку Пространственный контекст Анализируемые параметры Охват Объем на образец
Single Cell Gene Expression Да Нет Транскриптом + Feature Barcode
Technology для скрининга белков клеточной поверхности или экранов CRISPR
Полный транскриптом + Таргетное секвенирование 500 - 80 000 клеток/ядер
Feature Barcode technology: тысячи параметров на клетку
Single Cell Gene Expression HT  Да Нет Транскриптом + Feature Barcode
Technology для скрининга белков клеточной поверхности или экранов CRISPR
Полный транскриптом + Таргетное секвенирование 2 000 - 320 000 клеток/ядер
Feature Barcode technology: тысячи параметров/клетку
Single Cell ATAC Да Нет Эпигеном, доступность хроматина Полный эпигеном 500 - 80 000 ядер
Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression Да Нет Транскриптом и эпигеном через анализ доступности хроматина Полный эпигеном + транскриптом 500 - 80 000 ядер
Single Cell Immune Profiling Да Нет Транскриптом, В/Т-клеточные рецепторы + Feature Barcode Technology (специфичность поверхностных белков/антигенов Полный транскриптом + Таргетное секвенирование 500 - 80 000 клеток/ядер
Feature Barcode technology: тысячи параметров на клетку
Single Cell Immune Profiling HT Да Нет Транскриптом, В/Т-клеточные рецепторы + Feature Barcode Technology (специфичность поверхностных белков/антигенов) Полный транскриптом + Таргетное секвенирование 2 000 - 320 000 клеток/ядер
Feature Barcode technology: тысячи параметров на клетку
Spatial Gene Expression 1-10 клеток Да Транскриптом + анализ белков Полный транскриптом + Таргетное секвенирование Полный анализ среза ткани
Традиционные подходы
Bulk RNA-seq Нет Нет Транскриптом Транскриптом + Таргетное секвенирование N/A
Flow Cytometry Да Нет Белки Таргетное секвенирование 15 - 20 параметров/клетк
Mass Cytometry Да Нет Белки Таргетное секвенирование ~100 параметров на клетку
RNA in situ hybridization Да Да Нет Таргетное секвенирование Полный анализ среза ткани

Публикации об использовании решений 10x Genomics

pic4.PNG

Решения для исследования опухоли

Иммунное микроокружение опухоли

Определите типы клеток, фенотипы транскрипции и эпигенетические регуляторы, связанные с иммунными и стромальными компартментами

Определите механизмы ответа и резистентности к иммунотерапии, путем профилирования экспрессии генов, идентификации клонотипов и определения взаимодействий TCR–антиген в одном многофакторном анализе

Узнайте о движущих силах опухолевого иммунитета с помощью скрининговых анализов CRISPR

Биомаркеры и разработка терапевтических средств

Выясните различия между исключительными респондентами и теми, кто не реагирует на лечение

Определите синергические, аддитивные, нейтральные или антагонистические эффекты на клеточные и молекулярные мишени комбинированной терапии

Выявите пространственные и фенотипические изменения в микроокружении опухоли в ответ на терапевтические вмешательства

Контекст опухоли

Определите транскрипционные и эпигенетические механизмы, лежащие в основе развития, прогрессирования и метастазирования опухоли

Выявляйте разнообразие опухолевых клеток, идентифицируя типы клеток, состояния клеток и биомаркеры клеточной поверхности, уникальные для вашего типа рака

Исследуйте клональную эволюцию и гетерогенность внутри опухоли

Написать гендиректору  

подписаться на рассылку.jpg

Помогите нам стать лучше  

телеграм.png

Присоединяйтесь к нам в Telegram!

Новости 
10х+ONT.pngOxford Nanopore Technologies объявили о сотрудничестве с 10x Genomics

10х BEAM-Ab BEAM-T.pngНовый набор от 10x Genomics!

Мы в соцсетях

© 2012-2022 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой