Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

#10 Обновление линейки продуктов компании New England Biolabs

25.12.2020

2020 год, наконец, близится к завершению, и мы желаем всем заслуженного отдыха! Мы хотим поблагодарить каждого из медико-биологического сообщества, кто адаптировался к новому, непривычному миру, и продолжает проводить новые исследования. В нашем последнем обзоре этого года мы расскажем о нескольких новых продуктах и методах компании New England Biolabs, которые помогут оптимизировать лабораторную работу и достигнуть максимальных результатов в 2021 году.

Набор для выделения высокомолекулярной ДНК "Monarch® HMW DNA Extraction Kit"

В каталог   Читать обзор

В этом месяце компания NEB анонсировала два новых набора для выделения высокомолекулярной ДНК «Monarch HMW DNA Extraction Kit»: один для работы с культурами клеток и кровью (Т 3050), а второй для работы с тканями и бактериями (Т 3060). Особенностью этих наборов является новый метод преципитации ДНК из раствора на поверхность крупных стеклянных шариков, позволяет легко и быстро получать фрагменты ДНК размером до 1 Mb, с превосходной степенью очистки.


Видео: Использование набора “Monarch HMW DNA Extraction Kit”

  • Быстрый протокол:
    клетки - 30мин; кровь - 60мин; ткани и бактерии - 90мин.
  • Длины фрагментов ДНК зависят от скорости центрифугирования на этапе лизиса.
  • Прекрасные характеристики продукта для секвенирования длинных прочтений (ONT).

По-настоящему универсальными эти продукты делает широкий выбор исходного материала:

"Monarch® HMW DNA Extraction Kit"


Клеточные линии

МИН. Количество образца (клеток) МАКС. Количество образца (клеток) * Рекомендуемое количество образца
(клетки)
Выход продукта (мкг) из 1 X 106 клеток *
Параметры чистоты Содержание РНК Валидировано для ONT секвенирования?
A260 / 280 A260 / 230
   
HEK293   
   
1x105
   
1 x 107;
   
1 x 106;
   
11.5–13   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
HeLa   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
12.9   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
NIH3T3   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
9.4   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Jurkat   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
13.7   
   
1.86   
   
2.5   
   
≤1%   
   
Yes   
   
K562 (suspension cells)   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
13.7   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
HCT116   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
16.9   
   
1.86   
   
2.5   
   
≤1%   
   
Yes   
   
A549   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
12.7   
   
1.86   
   
2.3   
   
≤1%   
   
Yes   
   
U5Os   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
10.6   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
HepG2   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
13.4   
   
1.81   
   
2.2   
   
≤1%   
   
Yes   
   
NCI-460   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
9.5   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
SK-N-SH   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
9.5   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Aa23   
   
1x105
   
1 x 107
   
1 x 106
   
8.7   
   
1.81   
   
2.3   
   
≤1%   
   
Yes   


Кровь млекопитающих


МИН количество образца (мкл) Максимальное количество образца (мкл) Рекомендуемое количество образца (мкл) Выход продукта (мкг) из 500 мкл ** Параметры чистоты Содержание РНК Валидировано для ONT секвенирования?
A260 / 280 A260 / 230
   
Человека***   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
12–32   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
9–30   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Мыши   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
7–11   
   
1.88   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
16–17   
   
1.88   
   
2.4   
   
≤1%   
   
ND   
   
Крысы (fresh only)   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
29–38   
   
1.87   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Кролика   
   
Fresh   
   
100   
   
500   
   
200   
   
12–15   
   
1.72   
   
1.9   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Fresh   
   
100   
   
500   
   
200   
   
200 мкл: 4–5   
   
1.89   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
500   
   
200   
   
200 мкл: 4–5   
   
1.89   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Свиньи   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
До 42   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
До 40   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Лошади   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
16   
   
1.86   
   
2.3   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
22.3   
   
1.86   
   
2.4   
   
ND   
   
ND   
   
Коровы   
   
Fresh   
   
200   
   
2,000   
   
500   
   
7   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
200   
   
2,000   
   
500   
   
9.1   
   
1.86   
   
2.4   
   
ND   
   
ND   
   
Макаки резус   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
52   
   
1.86   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   
   
Frozen   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
52.6   
   
1.86   
   
2.5   
   
ND   
   
ND   
   
Козы   
   
Fresh   
   
100   
   
2,000   
   
500   
   
24   
   
1.87   
   
2.4   
   
≤1%   
   
Yes   


Ядерная кровь


МИН количество образца (мкл) Максимальное количество образца (мкл) Рекомендуемое количество образца
(мкл)
Выход продукта (мкг) из 5 мкл Параметры чистоты Содержание РНК Валидировано для ONT секвенирования?
A260 / 280 A260 / 230
   
Курицы   
   
Fresh   
   
2   
   
20   
   
5   
   
33   
   
1.86   
   
2.5   
   
ND   
   
Yes   
   
Frozen   
   
2   
   
20   
   
5   
   
30   
   
1.86   
   
2.5   
   
ND   
   
ND   
   
Индейки   
   
Fresh   
   
2   
   
20   
   
5   
   
37   
   
1.87   
   
2.4   
   
ND   
   
Yes   
   
Frozen   
   
2   
   
20   
   
5   
   
28   
   
1.87   
   
2.5   
   
ND   
   
ND   

ND = Not determined/нет данных
* Для низкой скорости центрифугирования объем пробы не должен превышать 5 x 106 клеток
** Если не указано иное
*** Совместимо с K2-EDTA, цитратом Na,гепарином Na, PAXgene® Blood DNA

Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов клеток и крови "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3050)

"Monarch® HMW DNA Extraction Kit"


МИН количество образца (мг) Максимальное количество образца (мг) Рекомендуемое количество образца Выход продукта (мг) для рекомендуемого количества образца (выход из мг) Параметры чистоты Содержание РНК Валидировано для ONT секвенирования?
A260 / 280 A260 / 230

Ткани млекопитающих

Мозг мыши
   
Fresh   
   
2**   
   
20   
   
15   
   
12–21   
   
1.87   
   
2.39   
   
ND   
   
YES   
   
Frozen   
   
2**   
   
20   
   
15   
   
15–21 (1–1.5)   
   
1.86   
   
2.48   
   
ND   
   
YES   

Печень мыши
   
Fresh (w/NaCl)   
   
2   
   
15   
   
10   
   
7   
   
1.84   
   
2.10   
   
1.2%   
   
YES   
   
Frozen (w/NaCl)   
   
2   
   
15   
   
10   
   
17–19 (1.7–1.9)   
   
1.89   
   
2.50   
   
ND   
   
YES   
   
Fresh*   
   
2   
   
15   
   
10   
   
20   
   
1.84   
   
1.52+   
   
8.7%   
   
YES   
   
Frozen*   
   
2   
   
15   
   
10   
   
27–31 (2.7–3.1)   
   
1.89   
   
1.93++   
   
ND   
   
YES   

Мышцы мыши
   
Fresh   
   
2**   
   
25   
   
20   
   
8–9   
   
1.87   
   
2.25   
   
2.1%   
   
YES   
   
Frozen   
   
2**   
   
25   
   
20   
   
12–16 (0.6–0.8)   
   
1.87   
   
2.30   
   
ND   
   
YES   

Почка мыши
   
Fresh   
   
2   
   
15   
   
10   
   
23–34   
   
1.86   
   
2.44   
   
ND   
   
YES   
   
Frozen   
   
2   
   
15   
   
10   
   
32–41 (3.2–4.1)   
   
1.86   
   
2.53   
   
0.8%   
   
YES   

Хвост мыши
   
Frozen   
   
2**   
   
25   
   
20   
   
20 (1.8–2.1)   
   
1.86   
   
2.43   
   
ND   
   
YES+++   

Дырокол для мыши
   
Fresh   
   
2**   
   
15   
   
10   
   
15–16 (1.5–1.6)   
   
1.86   
   
2.29   
   
ND   
   
ND   

Почка крысы
   
Frozen   
   
2   
   
15   
   
10   
   
20–-25   
   
1.87   
   
2.40   
   
ND   
   
YES   

Бактерии

Кишечная палочка

(Грам-отрицательные)
   
Frozen   
   
5x10клеток   
   
5x10клеток   
   
1x10клеток   
   
8–9   
   
1.89   
   
2.31   
   
1.7%   
   
YES   

B. cereus

(Грам-положительные)
   
Frozen   
   
2x10клеток   
   
4x10клеток   
   
2x10клеток   
   
4–5   
   
1.86   
   
2.20   
   
3.9%   
   
YES   

М. luteus

(Грам-положительные)
   
Frozen   
   
ND   
   
ND   
   
1x10клеток   
   
2.0   
   
1.89   
   
2.09   
   
ND   
   
ND   

Амфибии

X. laevis
   
Fresh   
   
ND   
   
ND   
   
3–4   
   
5   
   
1.86   
   
2.51   
   
2.3%   
   
ND   

Дрожжи

С. cerevisiae
   
Fresh   
   
ND   
   
ND   
   
3.8x10клеток   
   
15   
   
1.90   
   
2.01   
   
ND   
   
ND   

Насекомые

A. aegypti
   
Frozen   
   
ND   
   
ND   
   
15   
   
6   
   
1.84   
   
2.53++   
   
2.7%   
   
ND   

ND = Not determined
* Standard protocol without recommended NaCl treatment
** If working with input amounts <5 mg, refer to the product manual for guidance on reducing buffer volumes
+ Measured with Nanodrop One; systems that differentiate turbidity in the content profiling will give higher values
++ Measured with Unchained Labs Lunatic (formerly Trinean DropSense16); devices without content profiling that differentiates turbidity may give lower values
+++ Size selection is recommended.

Валидированные типы образцов, которые можно использовать в качестве исходного материала при работе с набором Набор для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов ткани "Monarch® HMW DNA Extraction Kit" (Т 3060)

Наборы NEBNext для мультиплексирования библиотек с дважды индексирующими UMI адаптерами

В каталог

Технологии мультиплексирования библиотек прочно вошли в ассортимент методов пробоподготовки НК для NGS. Два новых набора праймеров линейки NEBNext, один для ДНК, а второй для РНК библиотек, помогут получить более точные данные секвенирования благодаря дополнительным уникальным молекулярным идентификаторам (UMI). Теперь доступны полноразмерные адаптеры, включающие дважды индексирующие праймеры и уникальные молекулярные идентификаторы, длиной 11 нуклеотидов.


Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7395)

  • Позволяет отслеживать процесс секвенирования на уровне отдельных молекул
  • Обеспечивает возможность удаления ошибок, вызванных амплификацией, и дубликатов, возникших при подготовке библиотек без ПЦР
  • Позволяет удалить ошибочные прочтения при биоинформатической обработке
  • Обеспечивает более чувствительное обнаружение редких однонуклеотидных замен (SNV)

Набор NEBNext® для мультиплексирования библиотек ДНК с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina® (арт E7416)

  • Более точное определение копийности транскрипта
  • Позволяет удалять дубликаты, возникшие при ПЦР-амплификации
  • Подобрать нужный набор для мультиплексирования поможет сравнительная таблица на сайте New England Biolabs: перейти к выбору

Схема мультиплексирования с помощью набора NEBNext® для мультиплексирования библиотек с комплектом из 96 пар дважды индексирующих адаптеров c UMI №1 для платформы Illumina®.

Набор “LunaScript® RT SuperMix Kit”

В каталог

  • Продукт включает одну пробирку с готовой смесью на основе новой термостабильной обратной;
  • транскриптазы, что сокращает время ручной работы;
  • Готовая смесь также включает случайный гексамер, олиго-dТ праймеры, смесь дНТФ, ингибитор РНКаз;
  • Видимый краситель помогает избежать ошибок при подготовке реакционной смеси.

Набор «LunaScript RT SuperMix Kit» помогает провести синтез кДНК всего за 13 минут


Сравнение разных наборов для синтеза кДНК по времени выполнения и температурным режимам, в соответствии с протоколами производителей. Набор «LunaScript RT SuperMix Kit» сочетает в себе самое короткое время проведения реакции и устойчивость фермента к повышенным температурам, что позволяет избежать проблем из-за образования вторичных структур РНК.

Термостабильная WarmStart® ревертаза

Новая термостабильная ревертаза WarmStart® улучшает воспроизводимость результатов ОТ-qПЦР. В паре с Hot Start Taq-полимеразой, Luna WarmStart ревертаза увеличивает специфичность и робастность реакции. Luna WarmStart ревертаза входит в состав следующих продуктов:


Артикул Наименование
E3005 Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени
E3006 Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с ДНК-зондами
E3007 Универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с ДНК-зондами без ROX
M3019 Универсальная готовая смесь (4X) Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР в реальном времени с УДГ

Обратная транскриптаза Luna WarmStart помогает избежать получения ложных результатов амплификации, возникающих из-за начала работы фермента при комнатной температуре до начала инкубации.

Графики амплификации и кривые плавления гена рибосомального белка человека L32 методом ОТ-qПЦР провели до и после 24х часовой инкубации при комнатной температуре, в трех провторностях. Для постановки реакции использовали 5-log разведение суммарной РНК Jurkat человека и нецелевую контрольную последовательность. Вне зависимости от наличия инкубации, универсальный набор Luna® для одноэтапной ОТ-ПЦР (арт. E3005) в реальном времени, включающий ОТ Luna WarmStart показал стабильный результат, а не целевая последовательность осталось не детектированной.

NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool – бесплатный онлайн инструмент от NEB

Инструмент NEBNext® Custom RNA Depletion Design Tool предназначен для разработки дизайна индивидуальных зондов, которые помогут сделать удаление нежелательной РНК из любого образца максимально эффективным и специфичным, например в комплексе с набором базовых реагентов NEBNext® для избавления от РНК (арт. E7870).

Простой процесс включает всего три этапа: онлайн разработка последовательностей зондов, заказ синтеза оцДНК олигонуклеотидов у любого поставщика (рекомендуем Biolegio) и выполнение стандартного протокола удаления нежелательной РНК из образцов непосредственно перед подготовкой библиотек. Эффективность метода не зависит от природы исходного образца.

Исследователи по всему миру дают высокую оценку этому инструменту. Например, ниже приведен отзыв Владимира Бенеса, руководителя отдела геномики Европейской лаборатории молекулярной биологии в Гейдельберге. Он отмечает, что благодаря этому инструменту его научному коллективу удалось добиться полного удаления нецелевой РНК из образцов амфибий Xenopus laevis и удаления 90% нецелевой РНК из бактериальных образцов Eggerthella lenta.

обзор 10 Обновление линейки продуктов компании New England Biolabs - Word.jpg

Выборочное удаление нежелательной РНК при помощи NEBNext, увеличивает содержание целевой РНК в образце любой природы.

11.jpg

Онлайн инструмент NEBNext Custom RNA Depletion Design Tool использовали при разработке зондов для рРНК комара Aedes aegypti, а также архей видов Thermococcus kodakarensis и Pyrococcus furiosus. В качестве исходного материала использовали суммарную РНК (1мкг, 100 нг или 10 нг). Удаление нецелевых фрагментов проводили, используя набором базовых реагентов NEBNext® для избавления от РНК (арт. E7870) и разработанные зонды. Библиотеки РНК затем подготовили с помощью набора NEBNext® Ultra™ II Directional для создания библиотек РНК (арт. E7760) и секвенировали.


© 2012-2021 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой