Реактивы и оборудование
для лабораторий

# 41 Обзор панелей Agilent для таргетного обогащения ClearSeq

Компания Agilent Technologies является общепризнанным мировым лидером в области технологий целевого обогащения и подготовки библиотек ДНК, а также решений для анализа ДНК и РНК.

Данный обзор мы решили посвятить целевому обогащению генов. Вы занимаетесь поиском соматических мутаций или исследованием генетических основ возникновения аритмий? Хотите ли вы получить весь кином в одной пробирке или обогатить Х-хромосому? С готовыми высокотехнологичными панелями Agilent такие задачи становится решать легко!

Решения Agilent включают в себя панели серии ClearSeq, разработанных на базе технологий обогащения HaloPlex и SureSelect, а также доступное программное обеспечение SureCall для анализа полученных данных. Созданные библиотеки с панелями ClearSeq подходят для дальнейшего анализа на ваших секвенаторах – MiSeq и ION PGM.



Гайд решений

ClearSeq_panels.jpg



CancerResearch.jpg

Панели для исследования онкологических заболеваний серии ClearSeq Cancer Research

Панели ClearSeq Cancer Research созданы для выявления соматических мутаций в солидных опухолях, а также для исследований в онкогематологии.
Разработанные в сотрудничестве с ведущими экспертами панели серии ClearSeq Cancer Research позволяют надежно определять мутации, инсерции и делеции, а также химерные гены из образцов FFPE, крови и костного мозга.

  • Оптимизированный контент
Панели позволяют обогащать целевые регионы, которые чаще всего подвергаются мутациям при раке. Дизайн панелей был оптимизирован совместно с исследователями из ведущих научно-исследовательских институтов.

  • Быстрое получение результата
Проверенный временем протокол обогащения целевых последовательностей, основанный на высокоэффективных методиках SureSelect и HaloPlex, обеспечивает быстрое получение результата и совместимость со сложными образцами.

  • Готовое решение
Бесплатное программное обеспечение SureCall позволит быстро обработать «сырые» данные и получить отчет по находкам NGS, включая CNV, LOH, SNP, Indels. Программное обеспечение SureCall поддерживает аннотацию вариантов из различных источников: NCBI, COSMIC, PubMed, ClinVar.


ClearSeq Comprehensive Cancer
Эта панель позволяет анализировать 151 ген, которые вовлечены в развитие различных онкологических заболеваний (рак молочной железы, рак легкого, колоректальный рак, острый миелоидный лейкоз (ОМЛ)). Дизайн панели позволяет получить глубокое покрытие целевых последовательностей для надежной детекции вариантов. Панель совместима с системой целевого обогащения SureSelect.

Список генов: ABL1, AKT1, ALK, APC, ASXL1, ATM, BRAF, ABCB1, ABCC2, ABL2, AKT2, AKT3, ATRX, CBL, CDA, CDH1, CDKN2B, CHD7, CHIC2, CREBBP, CRLF2, CSF1R, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, CEBPA, CTNNB1, DNMT3A, ERBB2, CYP19A1, CYP2A6, CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP2D6, DDR1, DDR2, DDX3X, DPYD, ERBB3, ERBB4, ERG, ESR2, EZH2, EGFR, ESR1, FGFR2, FLT3, HRAS, IDH1, IDH2, FBXW7, FGFR1, FGFR3, FGFR4, FLT1, FLT4, FSTL5, GNA11, GNAQ, GNAS, GSTP1, H3F3A, HNF1A, IKZF1, IL2RA, JAK2, KRAS, KIT, MAP2K2, MET, MLL, MPL, IL2RB, IL2RG, INPP4B, JAK1, JAK3, KDM6A, KDR, LAMA2, LCK, LTK, MAP2K1, MAP2K4, MAP3K1, MAPK1, MED13, MYC, MYD88, NF1, NOTCH1, NPM1, MTOR, PDGFRA, MLH1, MST1R, NELL2, PDGFRB, PHF6, PIK3R1, PSMB1, PSMB2, PSMB5, PSMD1, PSMD2, RAF1, RARA, RARB, RARG, PIK3CA, PTCH1, PTEN, PTPN11, NRAS, RB1, RET, ROS1, RPS6KB1, RXRA, RXRB, RXRG, SHH, SHOC2, SLC22A1, SLC22A2, SLC31A1, SLC34A2, SLC45A3, SLCO1B1, SMAD4, SMARCA4, RUNX1, SMO, STK11, TET2, TP53, VHL, WT1, SMARCB1, SNCAIP, SOS1, SPRED1, SRC, SUFU, TAS2R38, TRRAP, TYK2, UGT1A1, YES1, ZMYM3


ClearSeq Human DNA Kinome
Данная панель позволяет секвенировать кином человека – более 500 киназ с общим размером целевого региона 3,2 Mb. Эта панель совместима с системой целевого обогащения SureSelectXT (гибридизация происходит до пулирования библиотек) и SureSelectXT2 (гибридизация происходит после пулирования, гибридизуется сразу несколько библиотек).


ClearSeq Human RNA Kinome
Панель разработана для анализа более 500 киназ и ассоциированных с ними транскриптов. Панель совместима с системой целевого обогащения SureSelect.


ClearSeq AML
Эта панель позволяет провести анализ 20 генов, которые часто наблюдаются при остром миелоидном лейкозе (ОМЛ). Эта панель разработана для глубокого покрытия целевых регионов для надежной детекции вариантов. Панель совместима с системами целевого обогащения HaloPlexHS и HaloPlex.

Список генов (экзоны): ASXL1 (12), CSF3R (14, 17), CBL (8, 9), CEBPA (1), DNMT3A (4, 8, 13, 15, 16, 18, 19, 20, 22, 23), EZH2 (8, 17, 18), FLT3 (14, 20), IDH1 (4), IDH2 (4), JAK2 (12, 14), MPL (10), NPM1 (11), NRAS (2, 3), RUNX1 (3, 4, 8), SETBP1 (3), SF3B1 (13-15, 17), SRSF2 (1), TET2 (3, 9, 10, 11), TP53 (5-8), U2AF1 (2, 6)


ClearSeq Cancer
Панель позволяет выявлять по данным базы COSMIC соматические «hotspot» мутации в 47 генах, ассоциированных с онкологическими заболеваниями и связанными с таргетной терапией. Панель совместима с системами целевого обогащения HaloPlexHS и HaloPlex.

Список генов: ABL1, AKT1, ALK, AR, ATM, BRAF, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, FANCA, FANCC, FANCF, FANCG, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MET, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, PTEN, RET, RUNX1, SMAD4, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL, WT1



DiseaseResearch.jpg

Панели для исследований системных заболеваний серии Constitutional Disease Research Panels

Панели для высокоточного целевого обогащения позволяют анализировать регионы, отвечающие за развитие распространенных наследственных заболеваний, таких как наследуемые формы кардиомиопатий, аритмии и заболевания соединительной ткани. Панели разработаны в сотрудничестве с ведущими экспертами в области медицинской генетики. При помощи этих панелей возможно глубокое секвенирование целевых участков для возможности быстрого исследования мутаций, инделей и CNV в исследуемых участках генома.

  • Дизайн, оптимизированный экспертами
Высокоточное целевое обогащение позволяет анализировать регионы, включенные в патогенез редких заболеваний.

  • Быстрый ответ
Программное обеспечение для быстрого анализа Agilent SureCall позволяет максимально быстро обработать «сырые» данные и получить систематизированные, фильтрованные и аннотированные данные о мутациях.

ClearSeq Inherited Disease
Целевая панель, созданная для возможности анализа участков 2742 генов, приводящих к распространенным наследственным заболеваниям.
Панель совместима с системами целевого обогащение SureSelectXT и SureSelectXT2.


ClearSeq Cardiomyopathy
Создана для изучения наследственных форм кардиомиопатий, включая гипертрофическую, дилатационную и истинную.
Панель совместима с системами целевого обогащение HaloPlexHS и HaloPlex.

Список генов: TTR, MYL2, MYL3, MYOZ2, NEXN, MYH6, MYH7, MYBPC3, TNNT2, ACTC1, TNNI3, TPM1, TTN, ACTN2, CSRP3, PLN, TNNC1, TCAP, DES, LMNA, SGCD, VCL, LDB3, ABCC9, SCN5A, TAZ, RBM20, TGFB3, DSP, PKP2, DSG2, DSC2, TMEM43, JUP


ClearSeq Arrythmia
Создана для изучения регионов 20 генов, связанных с аритмией. Панель совместима с системой целевого обогащения 
HaloPlex.

Список генов: KCNQ1, KCNH2, KCNJ2, ANK2, KCNE1, KCNE2, CACNA1C, CAV3, SCN4B, AKAP9, SNTA1, SCN5A, GPD1L, CACNB2, SCN1B, KCNE3, SCN3B, RYR2, CASQ2


ClearSeq Noonan Syndrome
Эта панель предназначена для выявления генетических вариантов, которые, как известно, связаны с синдромом Нунана и другими связанными расстройствами, такими как LEOPARD, сердечно-кожно-лицевой (cardio-facio-cutaneous) синдром и синдром Костелло. Панель совместима с системами целевого обогащения HaloPlexHS и HaloPlex.

Список генов: BRAF, CBL, HRAS, MAP2K1, SPRED1, MAP2K2, NRAS, PTPN11, KRAS, RAF1, SHOC2, SOS1, NF1


ClearSeq Connective Tissue Disorders
Панель сфокусирована на 40 генах, играющих важную роль в наследуемых формах заболеваний соединительной ткани, включая синдром Марфана, синдром Элерса-Данлоса, синдром Лойса-Дитца, грудная аневризма аорты и диссекция (TAAD), синдром Штиклера и несовершенный остеогенез. Панель совместима с системой целевого обогащения HaloPlex.

Список генов: AMPD1, LMNA, SEPN1, TPM3, ACTA1, POMGNT1, ANO5, PYGM, TNNI2, CAPN3, CAV3, CHKB, LARGE, COL6A1, COL6A2, DES, DYSF, COL6A3, EMD, DMD, FHL1, ITGA7, ISPD, SGCE, LAMA2, POMT2, SGCA, TCAP, SGCB, TPM2, FKTN, POMT1, TRIM32, FKRP, TNNT1, MYOT SGCD, SIL1, PLEC, SGCG


ClearSeq ICCG
Целевая панель, созданная для анализа 180 генов, выбранных в качестве мишеней международным консорциумом International Collaboration for Clinical Genomics (ICCG). Панель совместима с системой целевого обогащения HaloPlex.


ClearSeq X-chromosome
Панель используется для получения полного мутационного профиля X-хромосомы человека. Панель совместима с системой целевого обогащения HaloPlex.




Показатели работы панелей на секвенаторах MiSeq и ION PGM:
clearseq.jpg






































Подробное описание панелей ClearSeq Cancer Research можно найти на сайте Agilent:
www.genomics.agilent.com/en/ClearSeq-Disease-Research-Panels/ClearSeq-Cancer-Research-Panels

Подробное описание панелей Constitutional Disease Research Panels можно найти на сайте Agilent:

к списку обзоров