NimaGen

NimaGen - голландская компания, поставляющая альтернативные реактивы для секвенаторов Applied Biosystems. В портфолио NimaGen входят различные наборы, буферы и стандарты, совместимые с платформами ABI 3100, 3130, 3130xl, 3500, 3500xl, 3730 и 3730xl.

Каталог реагентов NimaGen

• Капиллярный электрофорез
• Магнитные штативы
• Секвенирующая реакция по Сэнгеру

Секвенирование по Сэнгеру - метод секвенирования ДНК, основанный на селективном включении терминирующих дидезоксинуклеотидов ДНК-полимеразой во время репликации ДНК in vitro. 

Этот метод был разработан Фредериком Сэнгером и его коллегами в 1977 г. и, несмотря на появление массового параллельного секвенирования (NGS), метод Сэнгера остается золотым стандартом секвенирования и широко используется для небольших проектов или валидации результатов NGS. 

Флуоресцентный анализ фрагментов ДНК является одним из самых востребованных методов в молекулярной биологии. Метод с очень высоким разрешением и воспроизводимостью измеряет относительный размер фрагментов ДНК методом капиллярного электрофореза флуоресцентно меченых фрагментов ДНК на автоматическом генетическом анализаторе, использующем флуоресцентные стандарты размеров для сравнения.

Этапы работы

На первом этапе необходимо выделить и очистить ДНК и амплифицировать интересующие фрагменты. Затем очистить реакционную смесь от остатков праймеров и невключенных в цепь дезоксинуклеотидфосфатов. Для этого этапа подойдут наборы AmpliClean или ExS-Pure.

После проверки качества очистки и оценки количества ДНК (например, при помощи биоанализаторов от Agilent Technologies)  можно приступить к реакции терминирующего секвенирования: введения флуоресцентной метки в фрагменты ДНК разной длины, которые будут далее анализироваться на одной из платформ. Фрагменты разной длины образуются благодаря обрыву цепи во время ПЦР, который происходит во время встраивания флуоресцентно меченых дидезоксинуклеотидов, так называемых красителей-терминаторов. Для решения этой задачи вам потребуются наборы BrilliantDye.

После проведения реакции секвенирования грамотная очистка образца при помощи наборов D-Pure или iX-Pure обеспечивает стабильность высокого качества результатов секвенирования. 

Последним этапом является проведение капиллярного электрофореза, и, по желанию, очистка капилляров. Для ABI анализаторов потребуется заполнить капилляры вашего прибора полимером, тип которого зависит от прибора и задач эксперимента. Между собой полимеры отличаются процентным содержанием диметилакриламида.