Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

Нанопоровый секвенатор MinION

Oxford Nanopore Technologies
Артикул Название товара Цена*
MinION Секвенатор MinION с базовым комплектом принадлежностей по запросу
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.

MinION – портативный высокопроизводительный нанопоровый секвенатор производства Oxford Nanopore Technologies, предназначенный для запуска одной стандартной проточной ячейки R9 или R10.

Нанопоровый секвенатор MinION

Главные преимущества MinION

  • Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов,
  • Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации,
  • Длинные прочтения без ограничения по длине,
  • Максимальная производительность до 30 млрд. нуклеотидов,
  • Низкая стоимость прочтения одного нуклеотида,
  • Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени,
  • Прибор очень легкий (87 г) и компактный (105 х 33 х 23 мм),
  • Мобильность: для работы прибора не требуется особого помещения, его можно использовать в «полевых» условиях и перемещать даже во время работы,
  • Управление осуществляется с помощью ноутбука, стационарного компьютера или компактного управляющего модуля MinIT,
  • Возможность остановки запуска в любой момент времени,
  • Прибор питается от управляющей станции и не требует специального источника бесперебойного питания.

Области применения MinION

  • Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
  • Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
  • Детекция хромосомных аббераций,
  • Исследование альтернативного сплайсинга,
  • Определение копийности определенных последовательностей,
  • Анализ экспрессии генов,
  • Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
  • Детекция модифицированных нуклеотидов,
  • Анализ профиля метилирования и др.

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом (и основным расходным материалом) нанопровых секвенаторов является проточная ячейка.

Секвенатор MinION с проточной ячейкой

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Принцип нанопорового секвенирование

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Принцип нанопорового секвенирование

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

Первичные данные нанопопрового секвенирования

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Видеообзор принципа нанопопрового секвенирования

Управление MinION

Через порт USB 3.0 секвенатор MinION может быть подключен к управляющему ноутбуку или стационарному компьютеру, удовлетворяющему следующим характеристикам:

Секвенатор MinION, подключенный к управляющей станции
  1. ОС Windows – 7, 8, 10, macOS – Sierra, High Sierra, ОС Linux – Ubuntu 14.04 или 16.04 ,
  2. Оперативная память: 16 Гб,
  3. Центральный процессор (CPU): Intel i7 или Xeon (4+ ядер),
  4. Встроенный SSD-диск: 1 Тб,
  5. Порт: USB 3.0,
  6. Наличие Интернет-подключения,
  7. Порт Ethernet: HTTPS/port 443 и HTTP/port 80 TCP доступ к IP-адресам с хостингом Linode 178.79.175.200, 96.126.99.215 и 106.187.40.102,
  8. Для стационарного компьютера: наличие монитора, клавиатуры и мыши.

Также управлять прибором можно с помощью модуля MinIT производства Oxford Nanopore Technologies. Эта компактная станция содержит все необходимое для работы с MinION, включая программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных.

Секвенатор MinION, подключенный к управляющему модулю MinIT

MinIT не имеет дисплея, но посредством Wi-Fi или Bluetooth можно подключить любое цифровое устройство с дисплеем для отображения интерфейса программного обеспечения: планшетный компьютер, ноутбук или смартфон. Используя внешний Wi-Fi модуль, подключенный к стационарному компьютеру, можно также подключиться к MinIT.

В случае, если памяти внутреннего накопителя будет недостаточно, к MinIT можно подключить внешний SSD-диск.

Программное обеспечение

Программа MinKNOW контролирует температуру камеры проточной ячейки во время секвенирования (+34° С), величину напряжения (варьирует в зависимости от длительности запуска), регистрирует и сохраняет в формате .FAST5 данные о величине ионного тока через нанопоры, а также позволяет проводить бейсколлинг в реальном времени. Интерфейс MinKNOW отображает количество прочтений, их длину, процент работающих пор и другие характеристики запуска.

Дополнительная программа Guppy предназначена для бейсколлинга по итогам запуска в режиме offline.

ПО MinKNOW и Guppy можно скачать бесплатно в личном кабинете на сайте Oxford Nanopore Technologies.

Первичные данные, получаемые на MinION, позволяют не только определить последовательность нуклеиновых кислот, но и получить информацию о содержании в них модифицированных нуклеотидов. Обработав эти данные специальным ПО, можно без дополнительной ручной работы с биоматериалом изучить профиль метилирования ДНК.

Также пользователи продукции Oxford Nanopore Technologies могут воспользоваться облачным сервисом EPI2ME от портала Metrichor, содержащим большое количество программных модулей (pipelines) для вторичной обработки данных.

Стартовая комплектация прибора

Компонент Артикул Количество
Секвенатор MinION MinION 1 шт.
USB 3.0 кабель 1 шт.
Тестовая ячейка для проверки конфигурации управляющей станции (не пригодна для секвенирования) 1 шт.
Проточная ячейка R9.4.1 FLO-MIN106 или
FLO-MIN106D
2 шт.
Набор для подготовки библиотек SQK-LSK109 или
SQK-RAD004
1 шт.
Набор реагентов для промывки проточной ячейки EXP-WSH002 1 шт.
Набор с контрольной ДНК EXP-CTL001 1 шт.

Видеообзор нанопорового секвенатора MinION

С этим товаром покупают

Артикул Название товара Цена*
SQK-DCS109 Набор для подготовки библиотек кДНК Direct cDNA Sequencing Kit (6 реакций) по запросу
SQK-PCS109 Набор реагентов для синтеза кДНК PCR-cDNA Sequencing Kit (6 реакций) по запросу
EXP-WSH002 Набор реагентов для промывки проточной ячейки (12 реакций) по запросу
SQK-LSK109 Набор для подготовки библиотек ДНК Ligation Sequencing kit 1D (6 реакций) по запросу
EXP-NBD104 Набор для PCR-free мультиплексирования Native Barcoding Kit 1D (6 реакций) по запросу
EXP-NBD114 Набор для PCR-free мультиплексирования Native Barcoding Kit 1D 13-24 (6 реакций) по запросу
EXP-PBC096 Набор для мультиплексирования PCR Barcoding Kit 96 (R9) (10 реакций) по запросу
SQK-RBK004 Набор для быстрого мультиплексирования Rapid Barcoding Sequencing Kit (12x) (6 реакций) по запросу
T3010 L Набор Monarch® для выделения геномной ДНК (150 выделений) 37 632 руб.
531.83
E7180 S Модуль NEBNext® для подготовки библиотек Oxford Nanopore Technologies® (24 реакции) 87 649 руб.
1 238.69
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.

Обратная связь

© 2012-2019 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает.
ОK