Реактивы, оборудование и
расходные материалы
для лабораторий
English version
пн-пт: 9:30-18:00 по МСК
0

Нанопоровый секвенатор GridION

Oxford Nanopore Technologies
Артикул Название товара Цена*
GridION X5 Нанопоровый секвенатор GridION X5 по запросу
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.
Нанопоровый секвенатор GridION

GridION – высокопроизводительный нанопоровый секвенатор производства Oxford Nanopore Technologies со встроенной управляющей станцией. Прибор позволяет одновременно и независимо друг от друга процессировать от 1 до 5 стандартных проточных ячеек R9 или R10. В рамках одного запуска на разных ячейках можно секвенировать образцы, подготовленные по разным протоколам.

Главные преимущества GridION

  • Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов,
  • Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации,
  • Длинные прочтения без ограничения по длине,
  • Максимальная производительность - до 150 млрд. нуклеотидов (до 30 млрд. нуклеотидов с одной ячейки),
  • Низкая стоимость прочтения одного нуклеотида,
  • Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени,
  • Небольшие размеры и вес прибора (36 х 36 х 20 cм, 11 кг),
  • Для работы не требуется внешней управляющей станции – она уже встроена в прибор,
  • Программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных установлено в приборе,
  • Встроенная управляющая станция обрабатывает данные в десятки раз быстрее, чем станционарный компьютер или ноутбук,
  • Возможность остановки запуска в любой момент времени,
  • Прибор не требует специального источника бесперебойного питания.

Области применения GridION

  • Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование,
  • Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах,
  • Детекция хромосомных аббераций,
  • Исследование альтернативного сплайсинга,
  • Определение копийности определенных последовательностей,
  • Анализ экспрессии генов,
  • Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК),
  • Детекция модифицированных нуклеотидов,
  • Анализ профиля метилирования и др.

Технология нанопорового секвенирования

Ключевым компонентом и основным расходным материалом нанопровых секвенаторов является проточная ячейка (обозначены на рисунке ниже X1, X2, X3, X4 и X5).

Пять проточных ячеек, установленных в нанопоровый секвенатор GridION

Процесс секвенирования происходит в камере ячейки, содержащей непроводящую мембрану, в которую встроены проводящие белковые нанопоры. Обе стороны мембраны омывают растворы электролитов.

Во время пробоподготовки к концам фрагментов нуклеиновых кислот пришиваются специальные моторные белки. При попадании образца в камеру проточной ячейки эти белки связываются с нанопорами.

При запуске прибора между сторонами мембраны возникает разность потенциалов. Под действием электрического поля и при участии молекул АТФ моторные белки расплетают двухцепочечную нуклеиновую кислоту и направляют одну из цепей в нанопору. (При этом вторая цепь может присоединиться к соседней поре либо остаться в растворе.)

Принцип нанопорового секвенирование

Дальнейшее движение фрагмента нуклеиновой кислоты через канал осуществляется за счет его отрицательного заряда. Одновременно с исследуемой молекулой под напряжением через нанопоры движутся ионы, содержащиеся в растворах электролитов. Поскольку размер нуклеотидов неодинаков, величина ионного тока зависит от последовательности участка нуклеиновой кислоты, проходящего через канал в данный момент времени. В ходе секвенирования происходит регистрация этого тока.

Принцип нанопорового секвенирование

Таким образом, первичные данные нанопорового секвенирования представляют собой совокупность скачков силы тока ионов.

Первичные данные нанопопрового секвенирования

После секвенирования одного фрагмента нанопора остается активной и может аналогично пропустить через себя множество других цепей нуклеиновых кислот.

Бейсколлинг – распознавание нуклеотидов по исходному сигналу – осуществляет специальное программное обеспечение.

Видеообзор принципа нанопопрового секвенирования

Управление GridION

В отличие от младшей модели нанопоровых секвенаторов MinION, в корпус GridION уже встроены все компоненты, необходимые для управления секвенированием и обработки данных:

  1. SSD-диск: 4 Тб,
  2. Оперативная память: 64 Гб,
  3. Центральный процессор последнего поколения,
  4. Ускорители на основе графического процессора (видеокарта Nvidia GV100, 100 Тфлопс),
  5. ОС Linux,
  6. Программное обеспечение для секвенирования и обработки данных.

Дополнительно к прибору требуется подключить только периферические устройства: монитор, мышь и клавиатуру.

Программное обеспечение

Программное обеспечение, необходимое для первичной и вторичной обработки данных (GridION Software и EPI2ME) уже установлено на приборе. Оно работает на ресурсах графического процессора, что позволяет в десятки раз ускорить сбор данных и бейсколлинг в реальном времени (по сравнению, например, с программой MinKNOW для MinION, работающей на ресурсах центрального процессора).

Интерфейс ПО, установленного на GridION, идентичен интерфейсу программ, используемым с другими секвенаторами Oxford Nanopore Technologies.

Стартовая комплектация прибора

Компонент Артикул Количество
Секвенатор GridION GridION X5 1 шт.
Набор кабелей 1 шт.
Проточная ячейка R9.4.1 FLO-MIN106 или
FLO-MIN106D
48 шт.
Набор для подготовки библиотек SQK-LSK109
1 шт.
Набор реагентов для промывки проточной ячейки EXP-WSH002 1 шт.
Набор с контрольной ДНК EXP-CTL001 1 шт.
Лицензия на использование ПО - 3 года

Видеообзор нанопорового секвенатора GridION

С этим товаром покупают

Артикул Название товара Цена*
SQK-DCS109 Набор для подготовки библиотек кДНК Direct cDNA Sequencing Kit (6 реакций) по запросу
SQK-PCS109 Набор реагентов для синтеза кДНК PCR-cDNA Sequencing Kit (6 реакций) по запросу
FLO-MIN107 Проточная ячейка для нанопорового секвенирования R9.5.1 (1 шт.) по запросу
FLO-MIN106D Проточная ячейка для нанопорового секвенирования R9.4.1 (1 шт.) по запросу
EXP-WSH002 Набор реагентов для промывки проточной ячейки (12 реакций) по запросу
SQK-LSK309 Набор для подготовки библиотек ДНК Ligation Sequencing kit 1D2 (R9.5) (6 реакций) по запросу
SQK-LSK109 Набор для подготовки библиотек ДНК Ligation Sequencing kit 1D (6 реакций) по запросу
EXP-NBD104 Набор для PCR-free мультиплексирования Native Barcoding Kit 1D (6 реакций) по запросу
EXP-NBD114 Набор для PCR-free мультиплексирования Native Barcoding Kit 1D 13-24 (6 реакций) по запросу
EXP-PBC096 Набор для мультиплексирования PCR Barcoding Kit 96 (R9) (10 реакций) по запросу
SQK-RBK004 Набор для быстрого мультиплексирования Rapid Barcoding Sequencing Kit (12x) (6 реакций) по запросу
T3010 L Набор Monarch® для выделения геномной ДНК (150 выделений) 37 585 руб.
531.83
E7180 S Модуль NEBNext® для подготовки библиотек Oxford Nanopore Technologies® (24 реакции) 87 538 руб.
1 238.69
*Все цены указаны с учетом НДС. Стоимость доставки рассчитывается отдельно.

Обратная связь

© 2012-2019 SkyGen
Информация и цены на сайте не являются публичной офертой
На нашем веб-сайте мы используем файлы cookie, которые помогают нам создать максимально удобные для посетителя условия пользования сайтом. Если Вы продолжите использовать сайт, мы будем считать что Вас это устраивает.
ОK